# TARGET YGR022C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR022C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.175 0.094 0.036 0.172 0.029 0.039 0.143 0.085 0.087 0.046 2 D 0.108 0.176 0.098 0.030 0.188 0.020 0.025 0.129 0.082 0.091 0.052 3 E 0.088 0.127 0.066 0.024 0.145 0.018 0.030 0.226 0.150 0.087 0.039 4 E 0.065 0.144 0.066 0.019 0.130 0.020 0.038 0.271 0.131 0.083 0.032 5 E 0.086 0.121 0.049 0.021 0.144 0.023 0.040 0.243 0.119 0.108 0.045 6 S 0.093 0.148 0.083 0.034 0.144 0.023 0.036 0.195 0.096 0.101 0.049 7 S 0.065 0.153 0.088 0.037 0.116 0.021 0.031 0.235 0.118 0.100 0.034 8 E 0.059 0.106 0.048 0.029 0.110 0.026 0.042 0.279 0.145 0.122 0.033 9 D 0.041 0.125 0.061 0.044 0.082 0.041 0.073 0.268 0.109 0.120 0.036 10 N 0.110 0.096 0.051 0.021 0.144 0.014 0.027 0.197 0.083 0.182 0.075 11 V 0.083 0.161 0.049 0.014 0.143 0.014 0.025 0.295 0.126 0.062 0.029 12 D 0.076 0.099 0.044 0.022 0.137 0.017 0.026 0.308 0.147 0.088 0.037 13 E 0.047 0.098 0.044 0.017 0.095 0.014 0.032 0.406 0.163 0.064 0.020 14 R 0.085 0.096 0.034 0.007 0.152 0.010 0.035 0.341 0.108 0.099 0.033 15 V 0.126 0.158 0.046 0.015 0.209 0.018 0.029 0.199 0.074 0.083 0.044 16 S 0.086 0.262 0.117 0.023 0.182 0.015 0.024 0.156 0.050 0.053 0.031 17 S 0.062 0.133 0.068 0.023 0.108 0.011 0.015 0.300 0.156 0.094 0.030 18 E 0.030 0.067 0.030 0.013 0.078 0.011 0.028 0.475 0.213 0.043 0.012 19 E 0.030 0.043 0.020 0.010 0.053 0.014 0.061 0.562 0.137 0.053 0.017 20 L 0.046 0.033 0.020 0.026 0.053 0.049 0.105 0.343 0.099 0.197 0.029 21 C 0.032 0.220 0.095 0.074 0.084 0.045 0.063 0.232 0.077 0.063 0.015 22 G 0.035 0.053 0.058 0.061 0.040 0.019 0.015 0.165 0.137 0.334 0.083 23 K 0.044 0.203 0.116 0.025 0.112 0.019 0.050 0.259 0.104 0.048 0.019 24 E 0.118 0.135 0.048 0.011 0.176 0.009 0.028 0.251 0.096 0.086 0.044 25 V 0.117 0.121 0.042 0.020 0.180 0.020 0.036 0.258 0.097 0.074 0.036 26 K 0.048 0.156 0.072 0.037 0.112 0.047 0.066 0.287 0.082 0.070 0.022 27 D 0.145 0.105 0.044 0.015 0.179 0.010 0.018 0.240 0.088 0.096 0.060 28 T 0.035 0.078 0.038 0.017 0.068 0.013 0.019 0.428 0.208 0.078 0.019 29 E 0.039 0.042 0.023 0.015 0.056 0.013 0.031 0.508 0.185 0.064 0.022 30 A 0.043 0.081 0.033 0.013 0.079 0.012 0.032 0.521 0.122 0.045 0.020 31 I 0.076 0.048 0.020 0.015 0.103 0.026 0.071 0.403 0.105 0.104 0.029 32 L 0.037 0.236 0.107 0.055 0.114 0.049 0.062 0.206 0.072 0.047 0.015 33 G 0.111 0.103 0.090 0.045 0.105 0.012 0.010 0.119 0.053 0.250 0.102 34 V 0.077 0.104 0.029 0.014 0.108 0.021 0.029 0.382 0.141 0.060 0.035 35 D 0.024 0.057 0.045 0.028 0.050 0.027 0.039 0.560 0.113 0.040 0.016 36 K 0.026 0.033 0.014 0.006 0.037 0.006 0.020 0.602 0.167 0.075 0.015 37 L 0.035 0.039 0.014 0.006 0.048 0.006 0.013 0.630 0.144 0.054 0.012 38 A 0.021 0.042 0.010 0.004 0.054 0.003 0.021 0.678 0.135 0.024 0.008 39 L 0.045 0.040 0.011 0.004 0.090 0.006 0.029 0.651 0.092 0.021 0.011 40 L 0.047 0.040 0.010 0.008 0.078 0.019 0.063 0.611 0.077 0.035 0.011 41 V 0.107 0.027 0.010 0.008 0.119 0.011 0.025 0.440 0.129 0.077 0.047 42 A 0.026 0.087 0.046 0.040 0.068 0.043 0.053 0.470 0.131 0.027 0.009 43 S 0.046 0.094 0.038 0.009 0.140 0.010 0.042 0.418 0.114 0.066 0.024 44 V 0.116 0.034 0.009 0.007 0.112 0.016 0.068 0.356 0.133 0.106 0.042 45 L 0.042 0.272 0.055 0.026 0.210 0.035 0.066 0.166 0.068 0.045 0.015 46 D 0.243 0.119 0.038 0.010 0.242 0.006 0.009 0.063 0.044 0.115 0.111 47 V 0.060 0.111 0.053 0.028 0.112 0.035 0.063 0.222 0.168 0.114 0.035 48 N 0.048 0.189 0.096 0.060 0.112 0.039 0.052 0.143 0.088 0.129 0.044 49 D 0.083 0.112 0.050 0.026 0.141 0.019 0.028 0.164 0.143 0.173 0.060 50 S 0.050 0.099 0.054 0.020 0.096 0.020 0.039 0.309 0.153 0.126 0.034 51 T 0.052 0.125 0.050 0.012 0.099 0.012 0.027 0.357 0.137 0.100 0.028 52 A 0.054 0.097 0.043 0.013 0.083 0.011 0.024 0.448 0.124 0.077 0.027 53 E 0.049 0.051 0.022 0.012 0.072 0.012 0.024 0.527 0.149 0.058 0.023 54 S 0.032 0.074 0.031 0.011 0.075 0.009 0.023 0.556 0.140 0.037 0.012 55 E 0.039 0.044 0.016 0.007 0.076 0.009 0.034 0.592 0.115 0.054 0.015 56 V 0.066 0.051 0.017 0.008 0.069 0.014 0.043 0.557 0.100 0.052 0.023 57 M 0.053 0.076 0.052 0.029 0.081 0.028 0.038 0.455 0.094 0.071 0.023 58 E 0.025 0.135 0.076 0.061 0.058 0.051 0.079 0.359 0.096 0.047 0.014 59 G 0.050 0.072 0.081 0.061 0.064 0.022 0.019 0.203 0.108 0.247 0.072 60 A 0.046 0.161 0.073 0.018 0.132 0.017 0.049 0.344 0.086 0.061 0.014 61 V 0.221 0.084 0.016 0.004 0.248 0.005 0.019 0.229 0.062 0.060 0.052 62 L 0.101 0.179 0.037 0.043 0.218 0.047 0.040 0.211 0.051 0.042 0.031 63 D 0.149 0.114 0.032 0.017 0.313 0.027 0.047 0.198 0.033 0.042 0.029 64 V 0.340 0.051 0.007 0.003 0.422 0.004 0.008 0.079 0.019 0.016 0.051 65 V 0.163 0.138 0.015 0.009 0.512 0.014 0.017 0.092 0.015 0.007 0.018 66 L 0.277 0.086 0.017 0.003 0.429 0.006 0.014 0.073 0.016 0.019 0.058 67 L 0.200 0.086 0.041 0.035 0.215 0.048 0.058 0.119 0.045 0.068 0.086 68 A 0.049 0.173 0.108 0.143 0.099 0.064 0.077 0.133 0.065 0.062 0.026 69 G 0.063 0.104 0.124 0.114 0.085 0.045 0.034 0.092 0.070 0.204 0.066 70 T 0.055 0.214 0.085 0.052 0.135 0.043 0.068 0.166 0.098 0.063 0.021 71 N 0.071 0.085 0.062 0.052 0.102 0.039 0.054 0.185 0.105 0.174 0.069 72 S 0.080 0.131 0.059 0.027 0.129 0.021 0.043 0.219 0.135 0.112 0.044 73 C 0.121 0.134 0.054 0.016 0.195 0.014 0.024 0.202 0.110 0.084 0.046 74 E 0.100 0.102 0.033 0.014 0.157 0.018 0.044 0.253 0.148 0.089 0.042 75 R 0.108 0.128 0.038 0.014 0.196 0.016 0.041 0.247 0.121 0.059 0.033 76 T 0.099 0.136 0.055 0.020 0.146 0.022 0.058 0.262 0.091 0.076 0.036 77 L 0.108 0.099 0.064 0.035 0.136 0.041 0.047 0.215 0.080 0.127 0.048 78 S 0.036 0.162 0.111 0.116 0.065 0.068 0.072 0.207 0.073 0.068 0.022 79 G 0.031 0.068 0.090 0.096 0.043 0.027 0.017 0.242 0.130 0.197 0.060 80 S 0.029 0.167 0.093 0.019 0.083 0.013 0.037 0.418 0.092 0.039 0.011 81 V 0.117 0.051 0.016 0.005 0.126 0.007 0.019 0.476 0.103 0.051 0.029 82 V 0.044 0.085 0.026 0.024 0.086 0.040 0.059 0.492 0.094 0.033 0.017 83 N 0.069 0.086 0.045 0.017 0.112 0.013 0.030 0.464 0.075 0.064 0.025 84 A 0.063 0.044 0.014 0.006 0.075 0.008 0.025 0.545 0.124 0.070 0.027 85 M 0.058 0.099 0.023 0.013 0.146 0.014 0.027 0.473 0.100 0.030 0.017 86 R 0.073 0.073 0.017 0.006 0.154 0.010 0.033 0.512 0.082 0.021 0.018 87 I 0.108 0.042 0.009 0.005 0.172 0.011 0.032 0.508 0.069 0.024 0.022 88 V 0.121 0.037 0.007 0.007 0.182 0.012 0.033 0.432 0.096 0.036 0.036 89 L 0.061 0.110 0.037 0.015 0.154 0.028 0.055 0.398 0.087 0.035 0.020 90 H 0.179 0.129 0.038 0.008 0.234 0.008 0.018 0.164 0.052 0.096 0.075 91 I 0.052 0.068 0.023 0.017 0.079 0.030 0.038 0.410 0.190 0.070 0.024 92 D 0.034 0.072 0.042 0.025 0.055 0.025 0.059 0.483 0.131 0.053 0.019 93 R 0.021 0.044 0.021 0.012 0.034 0.015 0.029 0.520 0.175 0.113 0.017 94 L 0.035 0.071 0.026 0.008 0.053 0.011 0.020 0.592 0.118 0.052 0.014 95 E 0.018 0.028 0.010 0.005 0.023 0.005 0.018 0.693 0.135 0.051 0.013 96 A 0.015 0.031 0.012 0.006 0.030 0.008 0.015 0.720 0.127 0.028 0.008 97 E 0.015 0.027 0.010 0.005 0.033 0.006 0.029 0.740 0.104 0.024 0.005 98 L 0.031 0.010 0.003 0.002 0.041 0.004 0.017 0.725 0.121 0.034 0.011 99 F 0.036 0.032 0.007 0.008 0.066 0.008 0.029 0.665 0.111 0.028 0.011 100 F 0.035 0.052 0.014 0.004 0.098 0.007 0.035 0.630 0.090 0.023 0.009 101 L 0.089 0.021 0.010 0.009 0.080 0.021 0.075 0.513 0.089 0.065 0.029 102 V 0.035 0.143 0.067 0.056 0.095 0.052 0.093 0.312 0.086 0.048 0.014 103 G 0.086 0.090 0.063 0.038 0.106 0.020 0.022 0.225 0.107 0.169 0.075 104 L 0.092 0.129 0.042 0.015 0.198 0.020 0.037 0.258 0.129 0.052 0.028 105 Q 0.120 0.099 0.035 0.021 0.193 0.026 0.059 0.221 0.114 0.068 0.044 106 L 0.115 0.196 0.048 0.018 0.244 0.016 0.036 0.153 0.080 0.059 0.035 107 A 0.116 0.154 0.072 0.023 0.211 0.015 0.033 0.097 0.073 0.150 0.057 108 I 0.069 0.310 0.219 0.036 0.184 0.016 0.021 0.053 0.029 0.035 0.029 109 P 0.074 0.262 0.138 0.030 0.186 0.023 0.039 0.101 0.054 0.055 0.039