# TARGET YGR018C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR018C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.009 0.845 0.004 0.004 0.027 0.001 0.001 0.016 0.020 0.007 0.012 0.053 2 I 0.007 0.040 0.662 0.011 0.006 0.055 0.004 0.004 0.052 0.028 0.009 0.051 0.073 3 D 0.018 0.056 0.425 0.012 0.012 0.072 0.010 0.014 0.085 0.065 0.018 0.064 0.148 4 I 0.021 0.022 0.337 0.023 0.039 0.126 0.011 0.019 0.073 0.103 0.086 0.041 0.100 5 S 0.012 0.016 0.330 0.017 0.036 0.093 0.007 0.011 0.047 0.123 0.174 0.063 0.071 6 H 0.005 0.019 0.274 0.008 0.051 0.052 0.002 0.005 0.018 0.171 0.324 0.024 0.046 7 G 0.004 0.017 0.310 0.012 0.031 0.029 0.001 0.002 0.012 0.259 0.274 0.023 0.027 8 H 0.008 0.027 0.476 0.010 0.035 0.031 0.001 0.002 0.011 0.216 0.104 0.026 0.053 9 T 0.019 0.069 0.340 0.011 0.040 0.059 0.003 0.004 0.018 0.200 0.100 0.040 0.096 10 S 0.019 0.038 0.360 0.017 0.050 0.080 0.003 0.003 0.011 0.175 0.122 0.062 0.059 11 C 0.017 0.040 0.373 0.007 0.055 0.087 0.003 0.002 0.008 0.171 0.124 0.028 0.084 12 S 0.011 0.025 0.375 0.010 0.072 0.106 0.001 0.001 0.005 0.169 0.155 0.028 0.041 13 S 0.011 0.020 0.276 0.008 0.083 0.129 0.001 0.001 0.004 0.212 0.206 0.019 0.030 14 H 0.010 0.029 0.303 0.004 0.084 0.132 0.001 0.001 0.005 0.193 0.175 0.026 0.037 15 R 0.009 0.040 0.323 0.003 0.088 0.148 0.001 0.001 0.003 0.169 0.161 0.017 0.036 16 S 0.008 0.022 0.288 0.004 0.113 0.171 0.001 0.001 0.003 0.134 0.218 0.013 0.025 17 S 0.005 0.013 0.224 0.005 0.101 0.172 0.001 0.001 0.002 0.176 0.273 0.012 0.016 18 S 0.006 0.026 0.268 0.003 0.060 0.187 0.001 0.001 0.002 0.209 0.197 0.009 0.031 19 L 0.005 0.017 0.413 0.003 0.037 0.217 0.001 0.001 0.003 0.196 0.053 0.031 0.025 20 P 0.006 0.012 0.303 0.008 0.056 0.380 0.001 0.001 0.003 0.075 0.101 0.009 0.044 21 S 0.027 0.016 0.164 0.007 0.077 0.458 0.002 0.002 0.009 0.062 0.120 0.023 0.032 22 V 0.087 0.017 0.132 0.004 0.061 0.422 0.008 0.005 0.025 0.055 0.064 0.037 0.082 23 F 0.151 0.013 0.118 0.016 0.043 0.392 0.018 0.006 0.028 0.033 0.053 0.038 0.091 24 W 0.180 0.009 0.108 0.018 0.045 0.303 0.018 0.006 0.029 0.048 0.053 0.108 0.076 25 K 0.155 0.014 0.095 0.014 0.057 0.279 0.025 0.007 0.029 0.038 0.058 0.048 0.180 26 I 0.137 0.011 0.134 0.019 0.073 0.235 0.020 0.005 0.019 0.064 0.077 0.099 0.107 27 H 0.093 0.021 0.206 0.016 0.055 0.131 0.015 0.002 0.018 0.077 0.131 0.084 0.153 28 L 0.027 0.029 0.338 0.011 0.031 0.077 0.006 0.001 0.013 0.164 0.128 0.038 0.135 29 S 0.004 0.013 0.543 0.006 0.016 0.031 0.001 0.001 0.004 0.233 0.076 0.032 0.040 30 P 0.001 0.008 0.504 0.004 0.024 0.047 0.001 0.001 0.004 0.264 0.099 0.019 0.025 31 P 0.001 0.026 0.585 0.005 0.036 0.052 0.001 0.001 0.004 0.139 0.100 0.007 0.045 32 L 0.001 0.031 0.554 0.006 0.042 0.067 0.001 0.001 0.006 0.195 0.051 0.026 0.020 33 P 0.002 0.013 0.454 0.012 0.079 0.098 0.001 0.001 0.004 0.130 0.157 0.010 0.040 34 S 0.009 0.016 0.362 0.012 0.101 0.113 0.001 0.001 0.007 0.112 0.200 0.018 0.047 35 F 0.021 0.024 0.328 0.004 0.073 0.166 0.004 0.002 0.016 0.123 0.087 0.068 0.084 36 K 0.043 0.027 0.329 0.008 0.044 0.173 0.005 0.003 0.022 0.073 0.075 0.069 0.128 37 F 0.043 0.031 0.301 0.009 0.044 0.198 0.005 0.003 0.020 0.089 0.064 0.058 0.136 38 K 0.026 0.023 0.339 0.018 0.040 0.188 0.003 0.003 0.014 0.106 0.090 0.075 0.075 39 K 0.017 0.014 0.313 0.010 0.049 0.185 0.002 0.001 0.009 0.151 0.124 0.042 0.084 40 S 0.011 0.017 0.413 0.007 0.043 0.159 0.001 0.001 0.007 0.143 0.100 0.040 0.059 41 T 0.008 0.019 0.375 0.005 0.046 0.168 0.001 0.001 0.005 0.167 0.127 0.026 0.052 42 E 0.009 0.013 0.293 0.007 0.063 0.229 0.001 0.001 0.004 0.151 0.165 0.028 0.036 43 S 0.015 0.012 0.333 0.006 0.055 0.233 0.001 0.001 0.003 0.136 0.130 0.030 0.046 44 T 0.020 0.023 0.345 0.009 0.043 0.215 0.002 0.001 0.004 0.137 0.100 0.034 0.067 45 Q 0.025 0.019 0.293 0.007 0.037 0.286 0.002 0.001 0.006 0.124 0.087 0.050 0.065 46 R 0.033 0.017 0.296 0.013 0.043 0.284 0.004 0.001 0.006 0.110 0.073 0.027 0.093 47 Q 0.021 0.011 0.329 0.009 0.033 0.262 0.004 0.001 0.011 0.098 0.063 0.102 0.056 48 T 0.016 0.027 0.330 0.008 0.024 0.259 0.004 0.001 0.013 0.087 0.055 0.019 0.156 49 I 0.005 0.015 0.419 0.009 0.021 0.221 0.003 0.001 0.014 0.127 0.025 0.109 0.033 50 P 0.003 0.011 0.565 0.008 0.038 0.169 0.002 0.001 0.011 0.056 0.056 0.012 0.070 51 K 0.008 0.029 0.397 0.006 0.093 0.197 0.002 0.001 0.013 0.070 0.125 0.025 0.032 52 F 0.006 0.023 0.344 0.004 0.076 0.159 0.002 0.001 0.013 0.162 0.146 0.021 0.043 53 S 0.005 0.022 0.382 0.006 0.059 0.124 0.001 0.001 0.008 0.200 0.144 0.018 0.030 54 S 0.001 0.010 0.456 0.002 0.039 0.119 0.001 0.001 0.003 0.285 0.046 0.023 0.015 55 P 0.001 0.018 0.293 0.003 0.142 0.204 0.001 0.001 0.002 0.110 0.193 0.003 0.030 56 A 0.003 0.014 0.142 0.002 0.295 0.203 0.001 0.001 0.003 0.077 0.246 0.006 0.008 57 S 0.004 0.010 0.166 0.003 0.320 0.160 0.001 0.001 0.003 0.124 0.190 0.009 0.010 58 S 0.004 0.017 0.240 0.003 0.204 0.155 0.001 0.001 0.009 0.125 0.210 0.009 0.023 59 L 0.006 0.040 0.324 0.003 0.078 0.155 0.001 0.001 0.009 0.193 0.152 0.014 0.025 60 A 0.003 0.027 0.552 0.003 0.040 0.082 0.001 0.001 0.005 0.157 0.084 0.027 0.020 61 P 0.001 0.014 0.423 0.008 0.051 0.093 0.001 0.001 0.003 0.128 0.244 0.005 0.030 62 S 0.003 0.023 0.331 0.009 0.048 0.156 0.001 0.001 0.004 0.185 0.212 0.012 0.015 63 T 0.002 0.013 0.436 0.003 0.021 0.103 0.001 0.001 0.006 0.321 0.035 0.039 0.019 64 P 0.005 0.021 0.466 0.007 0.053 0.144 0.003 0.001 0.014 0.059 0.096 0.008 0.125 65 L 0.042 0.034 0.269 0.020 0.106 0.203 0.010 0.006 0.023 0.064 0.103 0.055 0.065 66 W 0.062 0.026 0.191 0.008 0.117 0.179 0.010 0.008 0.021 0.109 0.082 0.098 0.088 67 S 0.045 0.022 0.214 0.006 0.126 0.206 0.006 0.005 0.018 0.103 0.107 0.042 0.102 68 L 0.029 0.013 0.191 0.012 0.152 0.237 0.002 0.002 0.009 0.114 0.150 0.029 0.061 69 S 0.030 0.013 0.163 0.047 0.140 0.154 0.002 0.002 0.007 0.144 0.212 0.038 0.047 70 S 0.046 0.008 0.154 0.041 0.140 0.124 0.003 0.001 0.012 0.158 0.196 0.048 0.069 71 C 0.112 0.011 0.196 0.021 0.075 0.130 0.010 0.004 0.022 0.099 0.078 0.059 0.184 72 L 0.259 0.016 0.118 0.014 0.018 0.073 0.031 0.017 0.045 0.046 0.033 0.203 0.126 73 L 0.254 0.018 0.094 0.013 0.015 0.059 0.046 0.034 0.075 0.026 0.026 0.087 0.252 74 V 0.246 0.010 0.142 0.062 0.016 0.064 0.029 0.022 0.065 0.030 0.022 0.101 0.192 75 S 0.162 0.013 0.125 0.100 0.019 0.052 0.018 0.014 0.046 0.063 0.029 0.240 0.118 76 E 0.113 0.014 0.137 0.032 0.061 0.068 0.018 0.011 0.050 0.070 0.069 0.054 0.303 77 V 0.134 0.015 0.196 0.044 0.057 0.054 0.032 0.013 0.049 0.061 0.040 0.145 0.160 78 S 0.116 0.026 0.185 0.039 0.058 0.050 0.026 0.011 0.043 0.072 0.067 0.133 0.174 79 F 0.090 0.030 0.198 0.014 0.047 0.057 0.018 0.011 0.027 0.112 0.077 0.092 0.228 80 W 0.029 0.028 0.401 0.009 0.034 0.043 0.006 0.004 0.017 0.142 0.061 0.114 0.110 81 P 0.009 0.016 0.236 0.011 0.063 0.074 0.001 0.001 0.004 0.183 0.326 0.015 0.060 82 G 0.008 0.015 0.198 0.014 0.083 0.085 0.001 0.001 0.003 0.183 0.374 0.017 0.020 83 A 0.015 0.011 0.192 0.013 0.125 0.117 0.001 0.001 0.003 0.160 0.314 0.016 0.033 84 G 0.048 0.009 0.180 0.021 0.109 0.114 0.004 0.002 0.005 0.144 0.279 0.032 0.054 85 F 0.135 0.024 0.225 0.003 0.079 0.111 0.013 0.022 0.017 0.082 0.079 0.086 0.125 86 L 0.146 0.045 0.160 0.014 0.049 0.135 0.022 0.042 0.038 0.054 0.075 0.048 0.172 87 Y 0.126 0.029 0.176 0.024 0.052 0.147 0.014 0.045 0.027 0.063 0.090 0.121 0.086 88 N 0.070 0.013 0.160 0.113 0.057 0.078 0.005 0.008 0.013 0.123 0.232 0.049 0.079 89 D 0.070 0.006 0.186 0.055 0.079 0.051 0.006 0.004 0.016 0.149 0.234 0.060 0.083 90 L 0.220 0.019 0.164 0.011 0.043 0.048 0.025 0.013 0.035 0.071 0.046 0.076 0.229 91 V 0.317 0.018 0.101 0.013 0.013 0.026 0.049 0.019 0.054 0.023 0.015 0.207 0.145 92 C 0.327 0.016 0.102 0.013 0.008 0.022 0.050 0.024 0.047 0.021 0.014 0.102 0.253 93 L 0.210 0.025 0.221 0.025 0.009 0.038 0.022 0.013 0.035 0.056 0.028 0.146 0.172 94 D 0.042 0.032 0.449 0.012 0.014 0.036 0.004 0.003 0.017 0.114 0.041 0.067 0.170 95 R 0.008 0.016 0.234 0.009 0.090 0.132 0.001 0.001 0.004 0.189 0.253 0.016 0.047 96 E 0.004 0.009 0.158 0.013 0.134 0.131 0.001 0.001 0.003 0.155 0.365 0.012 0.016 97 D 0.007 0.011 0.221 0.010 0.162 0.131 0.001 0.001 0.005 0.186 0.217 0.016 0.032 98 H 0.014 0.028 0.301 0.006 0.095 0.165 0.002 0.003 0.010 0.147 0.151 0.030 0.047 99 C 0.036 0.060 0.286 0.010 0.068 0.156 0.004 0.004 0.009 0.122 0.117 0.037 0.091 100 L 0.028 0.044 0.289 0.008 0.047 0.199 0.003 0.005 0.009 0.135 0.108 0.049 0.077 101 S 0.012 0.027 0.311 0.009 0.042 0.215 0.001 0.002 0.006 0.141 0.166 0.022 0.046 102 N 0.005 0.019 0.275 0.007 0.046 0.205 0.001 0.001 0.004 0.237 0.160 0.019 0.023 103 S 0.004 0.021 0.318 0.006 0.070 0.192 0.001 0.001 0.003 0.188 0.153 0.011 0.033 104 A 0.007 0.032 0.275 0.004 0.132 0.172 0.001 0.001 0.005 0.156 0.168 0.022 0.025 105 S 0.006 0.017 0.266 0.005 0.127 0.180 0.001 0.001 0.007 0.161 0.191 0.013 0.026 106 H 0.009 0.023 0.298 0.003 0.082 0.145 0.001 0.001 0.007 0.209 0.174 0.020 0.027 107 S 0.006 0.042 0.401 0.001 0.038 0.117 0.002 0.001 0.007 0.173 0.158 0.023 0.033 108 C 0.002 0.035 0.709 0.001 0.014 0.067 0.001 0.001 0.007 0.038 0.090 0.006 0.030 109 G 0.001 0.003 0.945 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.001 0.004