# TARGET YGR018C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR018C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H I M P Q S T Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.912 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.005 0.039 2 I 0.003 0.051 0.703 0.003 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 0.040 0.011 0.143 3 D 0.008 0.055 0.494 0.008 0.022 0.022 0.001 0.004 0.002 0.048 0.079 0.027 0.230 4 I 0.007 0.031 0.525 0.016 0.045 0.036 0.001 0.003 0.003 0.040 0.097 0.060 0.138 5 S 0.006 0.029 0.488 0.010 0.033 0.038 0.001 0.002 0.002 0.026 0.153 0.092 0.123 6 H 0.004 0.015 0.273 0.012 0.054 0.056 0.001 0.001 0.001 0.015 0.271 0.227 0.072 7 G 0.004 0.013 0.326 0.012 0.038 0.040 0.001 0.001 0.001 0.011 0.306 0.186 0.062 8 H 0.011 0.024 0.431 0.011 0.047 0.049 0.001 0.002 0.002 0.016 0.169 0.121 0.118 9 T 0.017 0.050 0.358 0.009 0.052 0.070 0.001 0.003 0.003 0.020 0.158 0.104 0.157 10 S 0.020 0.049 0.391 0.016 0.052 0.073 0.001 0.004 0.005 0.025 0.124 0.087 0.154 11 C 0.017 0.036 0.389 0.006 0.059 0.108 0.001 0.004 0.004 0.021 0.123 0.082 0.150 12 S 0.016 0.025 0.384 0.008 0.061 0.122 0.001 0.003 0.004 0.016 0.137 0.120 0.102 13 S 0.011 0.018 0.247 0.007 0.079 0.130 0.001 0.002 0.002 0.010 0.218 0.202 0.073 14 H 0.009 0.023 0.300 0.006 0.084 0.124 0.001 0.001 0.001 0.006 0.187 0.189 0.071 15 R 0.006 0.020 0.340 0.003 0.090 0.139 0.001 0.001 0.001 0.005 0.162 0.177 0.053 16 S 0.006 0.022 0.261 0.004 0.131 0.160 0.001 0.001 0.001 0.003 0.149 0.219 0.042 17 S 0.004 0.012 0.237 0.003 0.109 0.164 0.001 0.001 0.001 0.002 0.195 0.238 0.036 18 S 0.004 0.015 0.276 0.002 0.084 0.196 0.001 0.001 0.001 0.002 0.183 0.209 0.027 19 L 0.004 0.014 0.461 0.004 0.045 0.169 0.001 0.001 0.001 0.003 0.184 0.072 0.042 20 P 0.009 0.010 0.372 0.011 0.080 0.223 0.001 0.001 0.001 0.005 0.102 0.135 0.051 21 S 0.035 0.015 0.200 0.019 0.103 0.257 0.001 0.003 0.003 0.015 0.101 0.143 0.106 22 V 0.103 0.020 0.141 0.008 0.063 0.299 0.001 0.010 0.006 0.038 0.059 0.061 0.192 23 F 0.201 0.014 0.098 0.024 0.033 0.247 0.001 0.019 0.008 0.046 0.029 0.037 0.243 24 W 0.206 0.011 0.074 0.033 0.027 0.230 0.001 0.019 0.011 0.043 0.027 0.037 0.282 25 K 0.192 0.008 0.067 0.021 0.029 0.219 0.001 0.026 0.008 0.027 0.030 0.051 0.320 26 I 0.170 0.009 0.102 0.011 0.024 0.195 0.001 0.019 0.007 0.037 0.044 0.055 0.328 27 H 0.115 0.017 0.219 0.014 0.017 0.139 0.001 0.022 0.004 0.033 0.055 0.086 0.279 28 L 0.025 0.028 0.375 0.009 0.017 0.067 0.001 0.008 0.001 0.022 0.154 0.106 0.188 29 S 0.004 0.019 0.503 0.011 0.012 0.024 0.001 0.001 0.001 0.005 0.271 0.069 0.081 30 P 0.001 0.004 0.481 0.006 0.018 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.313 0.110 0.042 31 P 0.001 0.019 0.620 0.003 0.031 0.023 0.001 0.001 0.001 0.003 0.138 0.122 0.040 32 L 0.002 0.033 0.586 0.002 0.033 0.025 0.001 0.001 0.001 0.008 0.203 0.046 0.061 33 P 0.002 0.009 0.548 0.006 0.053 0.056 0.001 0.001 0.001 0.013 0.155 0.106 0.050 34 S 0.006 0.013 0.353 0.011 0.101 0.107 0.001 0.001 0.001 0.014 0.142 0.183 0.067 35 F 0.016 0.032 0.324 0.005 0.085 0.134 0.001 0.002 0.001 0.025 0.150 0.074 0.153 36 K 0.025 0.025 0.316 0.009 0.060 0.155 0.001 0.003 0.002 0.034 0.085 0.068 0.219 37 F 0.027 0.028 0.326 0.007 0.049 0.154 0.001 0.004 0.002 0.027 0.085 0.060 0.231 38 K 0.026 0.032 0.374 0.020 0.041 0.133 0.001 0.004 0.003 0.017 0.105 0.067 0.178 39 K 0.012 0.012 0.310 0.007 0.041 0.152 0.001 0.001 0.001 0.009 0.202 0.123 0.131 40 S 0.008 0.012 0.456 0.005 0.032 0.144 0.001 0.001 0.001 0.004 0.145 0.108 0.085 41 T 0.007 0.018 0.392 0.003 0.039 0.184 0.001 0.001 0.001 0.004 0.155 0.112 0.083 42 E 0.006 0.009 0.262 0.003 0.053 0.295 0.001 0.001 0.001 0.004 0.154 0.155 0.058 43 S 0.007 0.011 0.290 0.004 0.063 0.307 0.001 0.001 0.001 0.004 0.134 0.115 0.064 44 T 0.011 0.016 0.271 0.004 0.069 0.315 0.001 0.001 0.001 0.004 0.117 0.106 0.085 45 Q 0.013 0.013 0.243 0.004 0.062 0.355 0.001 0.002 0.001 0.006 0.092 0.120 0.088 46 R 0.015 0.017 0.253 0.006 0.082 0.339 0.001 0.003 0.001 0.008 0.075 0.104 0.097 47 Q 0.010 0.014 0.274 0.006 0.064 0.270 0.001 0.002 0.001 0.012 0.108 0.117 0.121 48 T 0.009 0.030 0.310 0.005 0.054 0.249 0.001 0.003 0.001 0.016 0.105 0.120 0.098 49 I 0.002 0.019 0.507 0.004 0.034 0.121 0.001 0.001 0.001 0.013 0.175 0.043 0.080 50 P 0.002 0.015 0.612 0.007 0.046 0.083 0.001 0.001 0.001 0.012 0.077 0.087 0.059 51 K 0.003 0.025 0.378 0.004 0.088 0.122 0.001 0.001 0.001 0.013 0.107 0.199 0.058 52 F 0.003 0.026 0.416 0.002 0.060 0.101 0.001 0.001 0.001 0.014 0.182 0.141 0.054 53 S 0.002 0.022 0.478 0.004 0.038 0.078 0.001 0.001 0.001 0.006 0.240 0.097 0.033 54 S 0.001 0.011 0.483 0.002 0.033 0.082 0.001 0.001 0.001 0.003 0.281 0.078 0.024 55 P 0.001 0.013 0.451 0.002 0.091 0.140 0.001 0.001 0.001 0.002 0.106 0.170 0.024 56 A 0.001 0.015 0.262 0.001 0.204 0.185 0.001 0.001 0.001 0.003 0.109 0.200 0.018 57 S 0.002 0.019 0.241 0.003 0.218 0.196 0.001 0.001 0.001 0.004 0.131 0.164 0.022 58 S 0.002 0.014 0.270 0.002 0.174 0.196 0.001 0.001 0.001 0.004 0.135 0.181 0.022 59 L 0.003 0.031 0.329 0.002 0.085 0.183 0.001 0.001 0.001 0.004 0.194 0.137 0.033 60 A 0.002 0.024 0.460 0.003 0.055 0.112 0.001 0.001 0.001 0.003 0.183 0.115 0.041 61 P 0.001 0.009 0.325 0.003 0.066 0.124 0.001 0.001 0.001 0.003 0.164 0.278 0.027 62 S 0.002 0.013 0.324 0.003 0.059 0.113 0.001 0.001 0.001 0.003 0.228 0.230 0.024 63 T 0.001 0.014 0.482 0.002 0.038 0.100 0.001 0.001 0.001 0.004 0.266 0.063 0.029 64 P 0.003 0.013 0.433 0.004 0.069 0.202 0.001 0.001 0.001 0.009 0.094 0.130 0.040 65 L 0.014 0.023 0.250 0.005 0.116 0.288 0.001 0.002 0.003 0.015 0.092 0.114 0.077 66 W 0.028 0.030 0.210 0.008 0.127 0.261 0.001 0.005 0.009 0.016 0.099 0.087 0.119 67 S 0.029 0.017 0.237 0.013 0.102 0.258 0.001 0.007 0.008 0.020 0.084 0.110 0.114 68 L 0.032 0.015 0.151 0.014 0.132 0.323 0.001 0.006 0.005 0.017 0.071 0.135 0.098 69 S 0.027 0.011 0.142 0.029 0.113 0.247 0.001 0.004 0.007 0.018 0.119 0.194 0.090 70 S 0.036 0.008 0.126 0.026 0.117 0.251 0.001 0.007 0.006 0.027 0.115 0.190 0.091 71 C 0.108 0.016 0.168 0.021 0.045 0.152 0.001 0.028 0.033 0.064 0.065 0.046 0.252 72 L 0.164 0.014 0.105 0.024 0.020 0.107 0.001 0.057 0.075 0.079 0.039 0.030 0.284 73 L 0.168 0.013 0.075 0.029 0.019 0.123 0.001 0.072 0.066 0.119 0.019 0.031 0.266 74 V 0.135 0.008 0.110 0.040 0.029 0.127 0.001 0.039 0.045 0.086 0.032 0.027 0.323 75 S 0.079 0.006 0.120 0.179 0.036 0.107 0.001 0.014 0.014 0.054 0.080 0.053 0.256 76 E 0.074 0.010 0.139 0.061 0.060 0.106 0.001 0.020 0.009 0.056 0.093 0.121 0.251 77 V 0.081 0.024 0.212 0.021 0.040 0.070 0.001 0.021 0.024 0.095 0.079 0.065 0.269 78 S 0.067 0.023 0.226 0.018 0.033 0.054 0.001 0.023 0.061 0.135 0.064 0.073 0.222 79 F 0.074 0.040 0.228 0.011 0.037 0.057 0.001 0.030 0.032 0.108 0.084 0.092 0.206 80 W 0.023 0.023 0.450 0.007 0.028 0.034 0.001 0.006 0.013 0.057 0.136 0.060 0.164 81 P 0.007 0.010 0.128 0.009 0.054 0.069 0.001 0.002 0.004 0.013 0.109 0.555 0.040 82 G 0.006 0.014 0.134 0.011 0.078 0.062 0.001 0.001 0.005 0.007 0.154 0.508 0.018 83 A 0.013 0.016 0.223 0.007 0.100 0.081 0.001 0.002 0.010 0.011 0.220 0.274 0.042 84 G 0.037 0.024 0.211 0.016 0.086 0.112 0.001 0.007 0.014 0.016 0.153 0.240 0.085 85 F 0.092 0.040 0.206 0.010 0.053 0.116 0.001 0.019 0.047 0.027 0.090 0.071 0.229 86 L 0.113 0.047 0.184 0.020 0.037 0.123 0.001 0.038 0.050 0.041 0.064 0.064 0.219 87 Y 0.112 0.023 0.152 0.040 0.063 0.165 0.001 0.026 0.030 0.040 0.062 0.072 0.216 88 N 0.054 0.005 0.132 0.099 0.078 0.194 0.001 0.006 0.010 0.023 0.127 0.146 0.125 89 D 0.061 0.009 0.137 0.060 0.102 0.175 0.001 0.013 0.007 0.033 0.090 0.156 0.156 90 L 0.108 0.021 0.147 0.013 0.056 0.196 0.001 0.020 0.019 0.057 0.062 0.057 0.243 91 V 0.149 0.028 0.110 0.017 0.028 0.135 0.001 0.042 0.038 0.079 0.040 0.041 0.292 92 C 0.126 0.019 0.149 0.017 0.034 0.131 0.001 0.035 0.034 0.072 0.035 0.049 0.298 93 L 0.095 0.017 0.225 0.029 0.029 0.106 0.001 0.017 0.012 0.034 0.112 0.061 0.263 94 D 0.037 0.016 0.348 0.017 0.031 0.104 0.001 0.007 0.004 0.017 0.142 0.102 0.174 95 R 0.019 0.011 0.260 0.007 0.071 0.229 0.001 0.003 0.002 0.010 0.144 0.166 0.078 96 E 0.010 0.009 0.201 0.008 0.112 0.280 0.001 0.002 0.002 0.008 0.107 0.211 0.050 97 D 0.004 0.007 0.132 0.004 0.158 0.297 0.001 0.001 0.001 0.006 0.130 0.227 0.030 98 H 0.005 0.014 0.202 0.004 0.102 0.318 0.001 0.002 0.001 0.008 0.130 0.172 0.042 99 C 0.010 0.037 0.254 0.003 0.075 0.305 0.001 0.003 0.003 0.012 0.097 0.126 0.075 100 L 0.017 0.032 0.292 0.005 0.060 0.270 0.001 0.005 0.004 0.011 0.087 0.126 0.092 101 S 0.007 0.010 0.292 0.007 0.062 0.248 0.001 0.002 0.002 0.007 0.151 0.151 0.061 102 N 0.003 0.007 0.274 0.003 0.066 0.235 0.001 0.001 0.001 0.002 0.196 0.174 0.039 103 S 0.003 0.008 0.299 0.004 0.078 0.205 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.173 0.036 104 A 0.003 0.020 0.250 0.001 0.110 0.253 0.001 0.001 0.001 0.002 0.117 0.197 0.044 105 S 0.003 0.013 0.319 0.001 0.111 0.209 0.001 0.001 0.001 0.002 0.110 0.194 0.036 106 H 0.004 0.015 0.308 0.001 0.082 0.183 0.001 0.001 0.001 0.003 0.180 0.194 0.032 107 S 0.003 0.022 0.364 0.001 0.047 0.128 0.001 0.001 0.001 0.003 0.165 0.229 0.038 108 C 0.001 0.039 0.715 0.001 0.018 0.047 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.110 0.033 109 G 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002