# TARGET YGR017W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR017W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 S 0.010 0.017 0.024 0.089 0.005 0.072 0.783 3 H 0.012 0.008 0.068 0.089 0.209 0.194 0.419 4 Q 0.015 0.010 0.099 0.098 0.175 0.202 0.403 5 M 0.010 0.019 0.058 0.138 0.104 0.049 0.621 6 A 0.005 0.005 0.047 0.197 0.068 0.032 0.645 7 P 0.006 0.011 0.163 0.431 0.026 0.193 0.170 8 W 0.003 0.006 0.114 0.626 0.038 0.115 0.098 9 I 0.003 0.004 0.037 0.807 0.035 0.026 0.088 10 P 0.001 0.001 0.012 0.937 0.011 0.021 0.016 11 M 0.001 0.001 0.008 0.956 0.005 0.023 0.008 12 F 0.001 0.001 0.007 0.964 0.005 0.014 0.008 13 I 0.001 0.001 0.006 0.972 0.004 0.015 0.003 14 Q 0.001 0.001 0.005 0.959 0.004 0.027 0.004 15 S 0.001 0.001 0.010 0.933 0.006 0.042 0.009 16 C 0.002 0.007 0.016 0.830 0.018 0.092 0.035 17 K 0.002 0.003 0.033 0.641 0.029 0.254 0.038 18 N 0.002 0.002 0.025 0.329 0.081 0.502 0.058 19 N 0.005 0.005 0.016 0.066 0.217 0.390 0.302 20 T 0.013 0.011 0.008 0.017 0.326 0.090 0.535 21 E 0.036 0.019 0.008 0.006 0.270 0.040 0.621 22 P 0.047 0.020 0.024 0.011 0.215 0.052 0.631 23 F 0.107 0.022 0.042 0.012 0.133 0.046 0.639 24 V 0.312 0.017 0.045 0.013 0.142 0.031 0.440 25 S 0.683 0.018 0.029 0.012 0.061 0.021 0.177 26 F 0.744 0.014 0.015 0.012 0.023 0.009 0.183 27 Q 0.870 0.006 0.010 0.007 0.019 0.007 0.082 28 F 0.886 0.006 0.006 0.005 0.016 0.006 0.076 29 A 0.782 0.005 0.009 0.005 0.028 0.008 0.162 30 T 0.741 0.029 0.005 0.004 0.031 0.005 0.186 31 V 0.731 0.030 0.005 0.005 0.052 0.008 0.169 32 D 0.499 0.013 0.014 0.009 0.037 0.030 0.399 33 E 0.176 0.021 0.080 0.044 0.143 0.332 0.205 34 L 0.051 0.008 0.087 0.053 0.210 0.455 0.136 35 T 0.017 0.003 0.037 0.036 0.391 0.420 0.096 36 N 0.018 0.005 0.009 0.008 0.411 0.315 0.233 37 K 0.126 0.025 0.004 0.007 0.209 0.034 0.595 38 P 0.266 0.033 0.009 0.009 0.075 0.039 0.570 39 R 0.405 0.018 0.023 0.010 0.116 0.047 0.383 40 C 0.497 0.025 0.029 0.013 0.121 0.024 0.291 41 R 0.593 0.011 0.015 0.014 0.067 0.007 0.293 42 T 0.832 0.006 0.007 0.015 0.027 0.004 0.109 43 V 0.920 0.003 0.003 0.021 0.007 0.004 0.040 44 V 0.934 0.003 0.002 0.026 0.005 0.010 0.019 45 F 0.879 0.008 0.003 0.053 0.010 0.015 0.031 46 R 0.658 0.006 0.011 0.101 0.042 0.047 0.134 47 D 0.312 0.008 0.065 0.231 0.089 0.115 0.181 48 F 0.344 0.016 0.101 0.244 0.105 0.085 0.106 49 L 0.332 0.021 0.123 0.280 0.060 0.097 0.087 50 F 0.222 0.029 0.090 0.279 0.106 0.156 0.118 51 H 0.097 0.016 0.050 0.133 0.174 0.229 0.301 52 D 0.049 0.005 0.049 0.038 0.090 0.371 0.398 53 K 0.017 0.006 0.035 0.022 0.064 0.091 0.765 54 R 0.049 0.020 0.046 0.012 0.079 0.181 0.613 55 T 0.043 0.010 0.043 0.010 0.331 0.276 0.286 56 N 0.105 0.007 0.021 0.005 0.331 0.299 0.232 57 V 0.682 0.020 0.007 0.003 0.040 0.016 0.231 58 L 0.918 0.009 0.001 0.002 0.006 0.002 0.064 59 T 0.952 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.035 60 F 0.930 0.006 0.001 0.003 0.008 0.003 0.049 61 N 0.660 0.004 0.003 0.006 0.074 0.018 0.236 62 T 0.291 0.018 0.006 0.018 0.239 0.031 0.397 63 D 0.080 0.011 0.018 0.067 0.194 0.058 0.573 64 M 0.017 0.011 0.117 0.220 0.094 0.363 0.177 65 R 0.007 0.007 0.068 0.326 0.169 0.300 0.123 66 S 0.009 0.005 0.055 0.483 0.101 0.166 0.181 67 S 0.017 0.004 0.027 0.497 0.100 0.116 0.240 68 K 0.039 0.011 0.040 0.573 0.088 0.076 0.172 69 I 0.058 0.015 0.080 0.548 0.083 0.058 0.158 70 T 0.070 0.004 0.122 0.493 0.075 0.148 0.088 71 E 0.107 0.004 0.141 0.423 0.034 0.200 0.090 72 S 0.102 0.010 0.073 0.328 0.083 0.238 0.166 73 F 0.154 0.017 0.046 0.190 0.116 0.251 0.225 74 I 0.164 0.110 0.013 0.049 0.183 0.033 0.450 75 T 0.067 0.018 0.013 0.016 0.047 0.021 0.818 76 P 0.013 0.003 0.035 0.017 0.093 0.770 0.068 77 N 0.010 0.005 0.038 0.011 0.100 0.776 0.060 78 S 0.072 0.025 0.033 0.015 0.378 0.123 0.354 79 N 0.136 0.027 0.023 0.019 0.241 0.116 0.439 80 N 0.211 0.081 0.042 0.017 0.154 0.109 0.387 81 S 0.156 0.047 0.044 0.029 0.154 0.075 0.495 82 S 0.161 0.034 0.075 0.043 0.195 0.199 0.292 83 D 0.096 0.033 0.100 0.070 0.156 0.212 0.334 84 S 0.075 0.051 0.060 0.050 0.219 0.088 0.456 85 K 0.066 0.015 0.069 0.063 0.244 0.271 0.271 86 R 0.047 0.021 0.060 0.034 0.121 0.389 0.329 87 C 0.065 0.088 0.038 0.042 0.120 0.113 0.534 88 E 0.056 0.025 0.035 0.047 0.356 0.135 0.347 89 T 0.052 0.017 0.051 0.138 0.339 0.113 0.291 90 P 0.072 0.024 0.097 0.276 0.100 0.202 0.230 91 F 0.263 0.022 0.080 0.158 0.079 0.211 0.186 92 F 0.491 0.018 0.080 0.125 0.083 0.057 0.146 93 E 0.529 0.012 0.058 0.140 0.070 0.032 0.158 94 A 0.716 0.006 0.029 0.075 0.031 0.023 0.118 95 C 0.828 0.005 0.017 0.044 0.019 0.029 0.057 96 F 0.807 0.010 0.013 0.037 0.026 0.027 0.080 97 Y 0.692 0.033 0.009 0.033 0.049 0.029 0.154 98 F 0.336 0.025 0.005 0.011 0.101 0.022 0.500 99 P 0.070 0.006 0.029 0.007 0.208 0.456 0.223 100 E 0.030 0.006 0.033 0.004 0.232 0.612 0.083 101 T 0.187 0.026 0.043 0.009 0.209 0.105 0.421 102 W 0.194 0.014 0.357 0.070 0.103 0.138 0.125 103 E 0.466 0.016 0.210 0.048 0.099 0.059 0.101 104 Q 0.640 0.017 0.131 0.026 0.042 0.030 0.114 105 Y 0.892 0.005 0.007 0.010 0.018 0.010 0.058 106 R 0.939 0.002 0.003 0.007 0.009 0.011 0.030 107 F 0.912 0.016 0.004 0.007 0.006 0.015 0.041 108 S 0.345 0.003 0.014 0.016 0.068 0.499 0.054 109 G 0.257 0.004 0.008 0.007 0.306 0.337 0.081 110 Q 0.762 0.013 0.004 0.007 0.028 0.016 0.169 111 C 0.917 0.014 0.002 0.003 0.005 0.006 0.054 112 F 0.904 0.006 0.003 0.009 0.015 0.007 0.056 113 T 0.814 0.012 0.009 0.020 0.032 0.023 0.089 114 I 0.548 0.014 0.008 0.035 0.057 0.035 0.303 115 S 0.149 0.008 0.026 0.063 0.067 0.042 0.646 116 K 0.053 0.003 0.176 0.342 0.077 0.214 0.135 117 Q 0.030 0.005 0.230 0.332 0.087 0.226 0.089 118 F 0.030 0.008 0.255 0.416 0.073 0.101 0.119 119 K 0.041 0.004 0.133 0.406 0.098 0.227 0.091 120 K 0.060 0.010 0.101 0.358 0.120 0.241 0.111 121 I 0.121 0.025 0.029 0.183 0.272 0.063 0.308 122 P 0.109 0.016 0.018 0.046 0.051 0.054 0.707 123 A 0.050 0.014 0.250 0.169 0.040 0.118 0.359 124 E 0.090 0.004 0.318 0.133 0.073 0.179 0.203 125 I 0.126 0.016 0.377 0.086 0.078 0.162 0.155 126 V 0.221 0.069 0.068 0.072 0.181 0.053 0.335 127 T 0.171 0.027 0.050 0.053 0.127 0.066 0.507 128 K 0.167 0.014 0.067 0.102 0.206 0.227 0.217 129 Y 0.217 0.026 0.047 0.078 0.246 0.134 0.252 130 D 0.142 0.026 0.024 0.031 0.173 0.073 0.530 131 I 0.217 0.027 0.028 0.041 0.152 0.190 0.345 132 F 0.199 0.045 0.032 0.039 0.204 0.146 0.336 133 S 0.125 0.026 0.019 0.036 0.202 0.038 0.554 134 P 0.061 0.022 0.158 0.196 0.114 0.133 0.316 135 R 0.054 0.026 0.240 0.166 0.107 0.198 0.208 136 F 0.056 0.022 0.306 0.152 0.097 0.186 0.182 137 S 0.056 0.026 0.198 0.118 0.142 0.156 0.304 138 E 0.062 0.024 0.157 0.123 0.145 0.239 0.250 139 T 0.042 0.022 0.078 0.111 0.253 0.211 0.283 140 N 0.039 0.024 0.024 0.063 0.292 0.121 0.437 141 D 0.025 0.032 0.019 0.047 0.291 0.109 0.477 142 D 0.025 0.035 0.026 0.074 0.244 0.062 0.534 143 S 0.023 0.016 0.112 0.211 0.116 0.231 0.290 144 T 0.029 0.015 0.158 0.215 0.108 0.305 0.170 145 D 0.044 0.021 0.201 0.172 0.145 0.173 0.243 146 E 0.054 0.025 0.175 0.241 0.157 0.165 0.183 147 E 0.079 0.032 0.134 0.231 0.114 0.203 0.207 148 I 0.093 0.032 0.082 0.122 0.145 0.194 0.333 149 D 0.097 0.058 0.039 0.055 0.207 0.150 0.394 150 T 0.086 0.028 0.015 0.023 0.298 0.036 0.513 151 P 0.086 0.031 0.021 0.020 0.114 0.082 0.646 152 I 0.112 0.082 0.032 0.025 0.125 0.101 0.523 153 N 0.097 0.030 0.033 0.013 0.200 0.106 0.522 154 D 0.073 0.036 0.055 0.012 0.217 0.161 0.446 155 D 0.055 0.056 0.068 0.012 0.210 0.167 0.431 156 D 0.043 0.038 0.076 0.011 0.271 0.308 0.252 157 D 0.044 0.018 0.058 0.010 0.242 0.419 0.210 158 D 0.028 0.043 0.058 0.008 0.289 0.254 0.321 159 D 0.023 0.045 0.045 0.010 0.264 0.179 0.434 160 K 0.032 0.044 0.044 0.018 0.220 0.500 0.141 161 N 0.036 0.049 0.042 0.019 0.287 0.334 0.233 162 N 0.037 0.071 0.019 0.010 0.343 0.077 0.442 163 D 0.058 0.114 0.042 0.019 0.113 0.155 0.500 164 A 0.087 0.043 0.065 0.024 0.115 0.365 0.301 165 D 0.060 0.028 0.067 0.015 0.183 0.265 0.382 166 N 0.041 0.016 0.026 0.011 0.363 0.064 0.479 167 N 0.079 0.053 0.040 0.032 0.287 0.092 0.417 168 D 0.134 0.166 0.029 0.038 0.105 0.046 0.483 169 I 0.077 0.062 0.062 0.110 0.156 0.112 0.421 170 N 0.059 0.028 0.043 0.133 0.088 0.152 0.497 171 E 0.022 0.010 0.077 0.298 0.121 0.329 0.144 172 D 0.020 0.009 0.040 0.359 0.149 0.292 0.132 173 N 0.024 0.009 0.033 0.512 0.133 0.161 0.126 174 K 0.035 0.018 0.038 0.597 0.067 0.112 0.132 175 L 0.071 0.018 0.046 0.657 0.046 0.076 0.087 176 I 0.079 0.014 0.066 0.691 0.023 0.053 0.074 177 E 0.090 0.020 0.075 0.607 0.048 0.075 0.085 178 S 0.065 0.012 0.074 0.521 0.069 0.095 0.165 179 I 0.055 0.010 0.095 0.477 0.093 0.127 0.143 180 E 0.070 0.009 0.114 0.329 0.121 0.214 0.143 181 N 0.049 0.012 0.095 0.197 0.208 0.198 0.241 182 D 0.043 0.013 0.111 0.068 0.228 0.152 0.385 183 E 0.054 0.011 0.145 0.084 0.144 0.355 0.207 184 H 0.055 0.024 0.138 0.066 0.144 0.357 0.216 185 H 0.067 0.017 0.054 0.024 0.281 0.124 0.432 186 E 0.112 0.173 0.027 0.018 0.199 0.062 0.410 187 D 0.066 0.069 0.023 0.010 0.069 0.048 0.714 188 E 0.011 0.009 0.043 0.011 0.073 0.767 0.087 189 D 0.012 0.011 0.039 0.014 0.127 0.719 0.078 190 D 0.040 0.013 0.028 0.019 0.463 0.209 0.228 191 Y 0.065 0.052 0.013 0.024 0.174 0.101 0.571 192 Y 0.150 0.136 0.009 0.017 0.178 0.033 0.478 193 P 0.100 0.040 0.013 0.023 0.177 0.045 0.602 194 Q 0.044 0.022 0.032 0.055 0.221 0.064 0.561 195 P 0.015 0.010 0.073 0.148 0.104 0.086 0.563 196 Q 0.011 0.006 0.089 0.178 0.087 0.108 0.522 197 E 0.018 0.012 0.100 0.294 0.080 0.129 0.367 198 W 0.008 0.009 0.056 0.400 0.091 0.062 0.374 199 E 0.007 0.003 0.023 0.657 0.062 0.034 0.213 200 A 0.006 0.002 0.016 0.857 0.026 0.035 0.059 201 E 0.003 0.002 0.014 0.898 0.014 0.031 0.038 202 L 0.002 0.001 0.008 0.928 0.011 0.026 0.024 203 L 0.002 0.001 0.005 0.946 0.010 0.023 0.014 204 R 0.003 0.001 0.006 0.924 0.008 0.045 0.014 205 Q 0.002 0.001 0.015 0.895 0.013 0.052 0.023 206 W 0.002 0.002 0.043 0.850 0.018 0.061 0.025 207 S 0.003 0.001 0.091 0.766 0.022 0.100 0.018 208 S 0.002 0.001 0.075 0.634 0.024 0.239 0.025 209 L 0.002 0.005 0.029 0.545 0.138 0.153 0.128 210 S 0.005 0.007 0.016 0.338 0.105 0.060 0.469 211 R 0.002 0.001 0.063 0.751 0.031 0.117 0.036 212 H 0.003 0.001 0.086 0.734 0.023 0.129 0.024 213 T 0.009 0.005 0.107 0.712 0.036 0.078 0.053 214 K 0.038 0.007 0.085 0.670 0.040 0.078 0.082 215 S 0.120 0.005 0.093 0.486 0.053 0.145 0.099 216 L 0.138 0.017 0.091 0.370 0.051 0.237 0.096 217 Y 0.298 0.022 0.024 0.142 0.106 0.094 0.315 218 R 0.262 0.018 0.012 0.043 0.128 0.035 0.503 219 K 0.238 0.031 0.005 0.018 0.162 0.022 0.523 220 P 0.105 0.034 0.009 0.016 0.149 0.038 0.649 221 A 0.050 0.026 0.010 0.011 0.118 0.046 0.738 222 P 0.017 0.013 0.036 0.020 0.159 0.508 0.246 223 G 0.011 0.007 0.035 0.016 0.234 0.457 0.241 224 Q 0.031 0.028 0.058 0.057 0.235 0.120 0.472 225 K 0.081 0.084 0.045 0.111 0.160 0.127 0.392 226 L 0.070 0.045 0.048 0.130 0.134 0.143 0.431 227 T 0.071 0.037 0.030 0.139 0.131 0.126 0.466 228 S 0.035 0.009 0.062 0.419 0.137 0.163 0.175 229 E 0.028 0.007 0.079 0.541 0.096 0.135 0.114 230 T 0.028 0.010 0.066 0.627 0.053 0.087 0.129 231 S 0.036 0.015 0.061 0.575 0.053 0.083 0.177 232 K 0.035 0.006 0.054 0.600 0.053 0.131 0.121 233 Q 0.018 0.010 0.061 0.605 0.060 0.142 0.105 234 L 0.017 0.013 0.052 0.416 0.103 0.088 0.312 235 D 0.014 0.009 0.085 0.380 0.091 0.233 0.187 236 K 0.015 0.006 0.108 0.288 0.124 0.299 0.159 237 L 0.013 0.011 0.097 0.220 0.206 0.195 0.258 238 H 0.013 0.020 0.064 0.099 0.158 0.112 0.535 239 R 0.013 0.009 0.128 0.149 0.115 0.400 0.185 240 G 0.009 0.007 0.114 0.103 0.091 0.479 0.197 241 V 0.011 0.025 0.059 0.085 0.226 0.094 0.500 242 D 0.020 0.044 0.041 0.121 0.179 0.081 0.513 243 G 0.017 0.016 0.058 0.172 0.098 0.130 0.509 244 A 0.010 0.012 0.122 0.215 0.073 0.191 0.377 245 K 0.015 0.010 0.212 0.218 0.085 0.212 0.249 246 E 0.029 0.012 0.258 0.221 0.115 0.169 0.195 247 D 0.035 0.020 0.209 0.201 0.141 0.116 0.278 248 A 0.039 0.009 0.078 0.114 0.207 0.254 0.299 249 G 0.034 0.013 0.049 0.039 0.130 0.363 0.372 250 L 0.045 0.019 0.057 0.011 0.146 0.067 0.655 251 E 0.038 0.009 0.113 0.007 0.237 0.321 0.274 252 N 0.060 0.005 0.098 0.003 0.194 0.527 0.113 253 F 0.512 0.014 0.009 0.001 0.071 0.028 0.365 254 G 0.877 0.007 0.001 0.001 0.012 0.002 0.101 255 I 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 256 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 257 C 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 258 L 0.936 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.055 259 C 0.584 0.008 0.001 0.001 0.033 0.005 0.368 260 V 0.190 0.009 0.070 0.058 0.257 0.172 0.245 261 D 0.059 0.009 0.111 0.063 0.306 0.318 0.134 262 S 0.101 0.007 0.218 0.182 0.154 0.230 0.107 263 V 0.322 0.030 0.081 0.160 0.070 0.067 0.271 264 D 0.364 0.027 0.073 0.087 0.094 0.072 0.283 265 F 0.553 0.017 0.102 0.058 0.052 0.076 0.143 266 L 0.522 0.017 0.071 0.042 0.067 0.099 0.183 267 N 0.587 0.025 0.038 0.020 0.070 0.072 0.187 268 L 0.300 0.015 0.011 0.008 0.073 0.021 0.572 269 K 0.219 0.054 0.013 0.008 0.167 0.040 0.499 270 E 0.132 0.039 0.015 0.015 0.367 0.052 0.381 271 G 0.037 0.016 0.015 0.008 0.171 0.059 0.695 272 R 0.026 0.011 0.037 0.010 0.255 0.391 0.270 273 G 0.042 0.012 0.049 0.012 0.285 0.429 0.171 274 G 0.126 0.013 0.057 0.025 0.229 0.113 0.437 275 E 0.492 0.040 0.024 0.019 0.084 0.031 0.310 276 R 0.782 0.030 0.010 0.011 0.021 0.012 0.135 277 W 0.848 0.010 0.010 0.015 0.014 0.018 0.085 278 I 0.868 0.011 0.006 0.014 0.018 0.017 0.068 279 F 0.743 0.014 0.011 0.019 0.030 0.022 0.161 280 Q 0.526 0.020 0.023 0.037 0.103 0.062 0.229 281 K 0.389 0.024 0.029 0.040 0.144 0.162 0.212 282 T 0.194 0.030 0.031 0.036 0.215 0.232 0.262 283 D 0.066 0.018 0.018 0.023 0.315 0.252 0.308 284 G 0.039 0.011 0.031 0.039 0.408 0.230 0.241 285 K 0.053 0.012 0.034 0.074 0.330 0.249 0.249 286 D 0.087 0.022 0.040 0.067 0.218 0.161 0.404 287 E 0.075 0.018 0.144 0.168 0.140 0.191 0.264 288 D 0.112 0.020 0.166 0.146 0.119 0.212 0.225 289 L 0.204 0.023 0.149 0.152 0.123 0.124 0.225 290 W 0.336 0.019 0.046 0.118 0.085 0.047 0.349 291 E 0.423 0.011 0.051 0.103 0.059 0.026 0.327 292 E 0.531 0.020 0.048 0.112 0.035 0.025 0.229 293 Q 0.574 0.007 0.039 0.110 0.067 0.033 0.170 294 E 0.572 0.012 0.022 0.070 0.093 0.023 0.208 295 V 0.335 0.029 0.007 0.036 0.122 0.018 0.453 296 C 0.088 0.011 0.002 0.009 0.008 0.016 0.868 297 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998