# TARGET YGR016W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR016W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.004 0.015 0.188 0.156 0.618 2 S 0.034 0.009 0.034 0.444 0.147 0.333 3 R 0.037 0.011 0.049 0.563 0.134 0.206 4 L 0.044 0.009 0.058 0.581 0.130 0.179 5 R 0.056 0.005 0.045 0.537 0.160 0.196 6 R 0.088 0.010 0.042 0.500 0.185 0.175 7 F 0.097 0.014 0.037 0.481 0.181 0.189 8 N 0.148 0.010 0.040 0.275 0.234 0.293 9 R 0.191 0.005 0.065 0.258 0.220 0.261 10 K 0.334 0.010 0.049 0.229 0.156 0.222 11 I 0.463 0.017 0.034 0.228 0.096 0.163 12 L 0.488 0.012 0.026 0.200 0.088 0.186 13 S 0.468 0.014 0.027 0.153 0.112 0.227 14 L 0.302 0.015 0.035 0.141 0.184 0.322 15 S 0.189 0.012 0.048 0.104 0.336 0.311 16 S 0.122 0.013 0.072 0.099 0.431 0.263 17 D 0.113 0.014 0.059 0.076 0.456 0.282 18 Y 0.209 0.047 0.054 0.069 0.379 0.243 19 T 0.214 0.036 0.028 0.063 0.390 0.269 20 H 0.140 0.026 0.028 0.060 0.472 0.275 21 D 0.052 0.013 0.023 0.043 0.567 0.302 22 G 0.049 0.017 0.035 0.050 0.573 0.276 23 E 0.062 0.031 0.060 0.069 0.482 0.296 24 S 0.075 0.033 0.067 0.079 0.430 0.316 25 D 0.076 0.021 0.071 0.077 0.408 0.348 26 Q 0.103 0.024 0.118 0.105 0.425 0.226 27 E 0.135 0.012 0.093 0.095 0.400 0.263 28 D 0.219 0.016 0.076 0.070 0.324 0.295 29 V 0.368 0.019 0.045 0.059 0.220 0.289 30 S 0.492 0.011 0.026 0.051 0.124 0.296 31 I 0.615 0.020 0.020 0.058 0.084 0.204 32 L 0.508 0.018 0.010 0.054 0.107 0.303 33 P 0.315 0.015 0.013 0.066 0.153 0.439 34 L 0.077 0.010 0.018 0.077 0.254 0.564 35 D 0.037 0.008 0.025 0.112 0.296 0.522 36 T 0.014 0.003 0.070 0.417 0.285 0.211 37 E 0.012 0.003 0.059 0.585 0.208 0.133 38 E 0.015 0.005 0.057 0.657 0.170 0.096 39 Q 0.015 0.002 0.022 0.781 0.090 0.090 40 E 0.023 0.003 0.016 0.845 0.061 0.052 41 E 0.021 0.003 0.019 0.843 0.059 0.055 42 L 0.023 0.002 0.019 0.862 0.043 0.050 43 I 0.023 0.002 0.041 0.855 0.042 0.037 44 Q 0.019 0.002 0.038 0.865 0.044 0.033 45 K 0.019 0.002 0.031 0.844 0.046 0.059 46 F 0.039 0.005 0.031 0.678 0.102 0.146 47 E 0.043 0.004 0.039 0.580 0.189 0.145 48 T 0.035 0.004 0.044 0.481 0.231 0.206 49 N 0.044 0.006 0.044 0.290 0.350 0.267 50 A 0.100 0.008 0.054 0.291 0.326 0.221 51 H 0.163 0.014 0.042 0.275 0.266 0.240 52 I 0.148 0.015 0.048 0.404 0.221 0.164 53 T 0.117 0.007 0.033 0.461 0.214 0.168 54 N 0.056 0.002 0.028 0.682 0.134 0.098 55 K 0.065 0.004 0.022 0.758 0.090 0.061 56 L 0.096 0.007 0.018 0.775 0.050 0.054 57 Y 0.127 0.006 0.017 0.760 0.035 0.054 58 I 0.094 0.004 0.023 0.809 0.029 0.041 59 N 0.084 0.004 0.023 0.806 0.029 0.054 60 L 0.034 0.001 0.018 0.918 0.011 0.018 61 L 0.031 0.001 0.014 0.928 0.010 0.016 62 S 0.020 0.001 0.015 0.935 0.011 0.018 63 I 0.011 0.001 0.011 0.968 0.005 0.005 64 L 0.007 0.001 0.008 0.976 0.005 0.003 65 Y 0.006 0.001 0.010 0.972 0.008 0.004 66 L 0.006 0.001 0.009 0.963 0.013 0.007 67 L 0.009 0.001 0.007 0.936 0.028 0.019 68 Y 0.010 0.002 0.007 0.894 0.050 0.036 69 G 0.015 0.002 0.014 0.641 0.160 0.168 70 G 0.069 0.004 0.027 0.465 0.213 0.222 71 L 0.347 0.013 0.030 0.363 0.127 0.120 72 L 0.603 0.009 0.022 0.235 0.053 0.078 73 M 0.777 0.004 0.017 0.145 0.024 0.034 74 I 0.809 0.003 0.013 0.122 0.022 0.031 75 L 0.826 0.002 0.008 0.101 0.026 0.036 76 V 0.757 0.004 0.009 0.129 0.044 0.057 77 R 0.686 0.006 0.010 0.143 0.080 0.075 78 K 0.420 0.007 0.017 0.215 0.201 0.140 79 S 0.192 0.013 0.017 0.283 0.330 0.165 80 R 0.093 0.005 0.026 0.405 0.349 0.123 81 G 0.099 0.005 0.025 0.435 0.276 0.161 82 Y 0.243 0.015 0.029 0.485 0.123 0.105 83 I 0.454 0.013 0.020 0.397 0.050 0.066 84 K 0.535 0.005 0.021 0.361 0.029 0.049 85 L 0.476 0.005 0.041 0.406 0.034 0.039 86 A 0.396 0.003 0.047 0.457 0.048 0.049 87 L 0.396 0.004 0.045 0.437 0.062 0.057 88 L 0.334 0.006 0.038 0.462 0.095 0.065 89 A 0.209 0.009 0.046 0.422 0.182 0.133 90 G 0.162 0.009 0.028 0.166 0.368 0.267 91 A 0.115 0.009 0.050 0.153 0.456 0.217 92 N 0.135 0.012 0.047 0.112 0.442 0.251 93 S 0.327 0.012 0.051 0.100 0.320 0.190 94 L 0.597 0.019 0.025 0.090 0.130 0.140 95 I 0.682 0.014 0.013 0.107 0.066 0.119 96 C 0.649 0.007 0.019 0.139 0.080 0.106 97 S 0.556 0.006 0.021 0.172 0.100 0.145 98 C 0.558 0.009 0.023 0.199 0.094 0.117 99 I 0.619 0.008 0.016 0.183 0.073 0.101 100 T 0.619 0.006 0.014 0.170 0.081 0.110 101 L 0.515 0.010 0.027 0.225 0.101 0.122 102 R 0.444 0.010 0.037 0.262 0.126 0.121 103 Y 0.307 0.006 0.083 0.346 0.160 0.099 104 D 0.289 0.008 0.067 0.317 0.194 0.125 105 I 0.252 0.014 0.054 0.366 0.190 0.124 106 V 0.182 0.009 0.041 0.405 0.211 0.153 107 N 0.114 0.006 0.060 0.395 0.264 0.160 108 D 0.096 0.005 0.079 0.467 0.217 0.137 109 Y 0.204 0.009 0.066 0.455 0.165 0.100 110 L 0.306 0.013 0.063 0.389 0.140 0.089 111 L 0.359 0.011 0.048 0.372 0.114 0.096 112 F 0.353 0.006 0.089 0.320 0.139 0.093 113 K 0.286 0.004 0.086 0.289 0.193 0.141 114 K 0.351 0.007 0.084 0.233 0.180 0.146 115 F 0.471 0.011 0.037 0.179 0.143 0.158 116 K 0.542 0.006 0.023 0.113 0.128 0.187 117 L 0.661 0.010 0.013 0.082 0.087 0.146 118 R 0.646 0.013 0.010 0.080 0.100 0.151 119 V 0.579 0.009 0.015 0.107 0.152 0.138 120 S 0.288 0.005 0.024 0.225 0.263 0.194 121 N 0.232 0.006 0.029 0.252 0.276 0.206 122 F 0.257 0.014 0.017 0.351 0.181 0.181 123 S 0.268 0.016 0.013 0.424 0.096 0.183 124 I 0.158 0.005 0.018 0.687 0.052 0.080 125 N 0.097 0.004 0.017 0.801 0.032 0.050 126 I 0.038 0.001 0.013 0.926 0.010 0.011 127 I 0.019 0.001 0.006 0.965 0.004 0.005 128 N 0.020 0.001 0.006 0.965 0.003 0.006 129 I 0.010 0.001 0.005 0.981 0.001 0.002 130 I 0.009 0.001 0.003 0.985 0.001 0.002 131 L 0.008 0.001 0.003 0.985 0.001 0.002 132 L 0.006 0.001 0.003 0.986 0.002 0.003 133 V 0.007 0.001 0.004 0.980 0.003 0.005 134 L 0.006 0.001 0.004 0.979 0.005 0.005 135 M 0.008 0.001 0.008 0.967 0.009 0.007 136 A 0.010 0.001 0.013 0.939 0.019 0.017 137 W 0.023 0.002 0.019 0.884 0.041 0.032 138 I 0.042 0.004 0.019 0.801 0.074 0.061 139 S 0.096 0.008 0.021 0.594 0.142 0.138 140 F 0.105 0.006 0.042 0.532 0.189 0.126 141 N 0.133 0.006 0.057 0.355 0.280 0.168 142 H 0.268 0.010 0.064 0.242 0.266 0.150 143 V 0.471 0.021 0.033 0.171 0.159 0.145 144 V 0.486 0.011 0.039 0.170 0.180 0.114 145 E 0.359 0.007 0.057 0.176 0.265 0.136 146 D 0.285 0.011 0.052 0.112 0.391 0.150 147 K 0.245 0.008 0.046 0.072 0.476 0.153 148 K 0.345 0.006 0.021 0.044 0.324 0.259 149 T 0.734 0.008 0.008 0.026 0.105 0.119 150 V 0.876 0.006 0.003 0.019 0.035 0.061 151 L 0.889 0.006 0.003 0.024 0.024 0.053 152 C 0.825 0.006 0.008 0.034 0.052 0.075 153 L 0.573 0.006 0.016 0.077 0.135 0.194 154 Q 0.386 0.009 0.013 0.114 0.188 0.290 155 V 0.228 0.011 0.023 0.254 0.218 0.267 156 P 0.160 0.009 0.040 0.420 0.153 0.218 157 M 0.134 0.008 0.067 0.616 0.078 0.097 158 F 0.091 0.004 0.033 0.819 0.026 0.027 159 L 0.048 0.001 0.015 0.909 0.012 0.015 160 F 0.036 0.001 0.009 0.935 0.007 0.012 161 W 0.024 0.001 0.008 0.954 0.005 0.008 162 V 0.016 0.001 0.006 0.966 0.005 0.007 163 A 0.012 0.001 0.005 0.972 0.005 0.006 164 V 0.013 0.001 0.006 0.962 0.009 0.011 165 L 0.013 0.001 0.005 0.954 0.011 0.015 166 V 0.011 0.001 0.005 0.949 0.014 0.020 167 K 0.007 0.001 0.006 0.929 0.023 0.034 168 R 0.005 0.001 0.011 0.923 0.029 0.031 169 W 0.005 0.001 0.015 0.907 0.036 0.037 170 A 0.004 0.002 0.023 0.865 0.056 0.049 171 R 0.003 0.001 0.021 0.827 0.068 0.081 172 N 0.004 0.003 0.017 0.563 0.127 0.286 173 I 0.003 0.002 0.027 0.814 0.074 0.080 174 E 0.004 0.003 0.045 0.794 0.097 0.057 175 D 0.005 0.002 0.061 0.779 0.100 0.055 176 E 0.006 0.002 0.050 0.822 0.077 0.044 177 I 0.007 0.002 0.045 0.822 0.081 0.043 178 A 0.010 0.003 0.049 0.774 0.098 0.065 179 D 0.020 0.003 0.045 0.645 0.137 0.149 180 L 0.041 0.005 0.054 0.607 0.150 0.143 181 R 0.066 0.009 0.047 0.565 0.133 0.179 182 C 0.114 0.011 0.051 0.523 0.118 0.183 183 L 0.136 0.007 0.051 0.521 0.123 0.161 184 K 0.128 0.007 0.058 0.519 0.126 0.162 185 Y 0.140 0.009 0.056 0.486 0.141 0.168 186 K 0.169 0.008 0.045 0.360 0.172 0.246 187 Y 0.158 0.017 0.046 0.301 0.185 0.293 188 K 0.103 0.018 0.030 0.228 0.155 0.465 189 N 0.030 0.007 0.013 0.114 0.114 0.721 190 A 0.001 0.002 0.002 0.016 0.037 0.943