# TARGET YGR016W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR016W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 2 S 0.039 0.025 0.014 0.241 0.004 0.056 0.622 3 R 0.043 0.016 0.040 0.308 0.113 0.106 0.376 4 L 0.049 0.012 0.071 0.414 0.079 0.093 0.282 5 R 0.059 0.007 0.067 0.471 0.105 0.089 0.201 6 R 0.074 0.007 0.059 0.547 0.087 0.089 0.136 7 F 0.086 0.010 0.035 0.538 0.084 0.081 0.166 8 N 0.120 0.007 0.028 0.461 0.060 0.106 0.218 9 R 0.122 0.007 0.056 0.505 0.075 0.115 0.120 10 K 0.145 0.010 0.067 0.524 0.065 0.097 0.092 11 I 0.269 0.020 0.065 0.414 0.048 0.074 0.110 12 L 0.376 0.025 0.042 0.302 0.047 0.074 0.133 13 S 0.380 0.015 0.040 0.212 0.069 0.116 0.169 14 L 0.276 0.015 0.048 0.199 0.125 0.122 0.215 15 S 0.198 0.016 0.056 0.175 0.136 0.119 0.300 16 S 0.141 0.015 0.068 0.159 0.177 0.176 0.264 17 D 0.124 0.017 0.060 0.116 0.171 0.211 0.302 18 Y 0.170 0.045 0.061 0.107 0.176 0.140 0.300 19 T 0.143 0.046 0.049 0.106 0.160 0.131 0.364 20 H 0.098 0.027 0.049 0.113 0.196 0.252 0.266 21 D 0.052 0.014 0.041 0.082 0.221 0.327 0.264 22 G 0.039 0.015 0.038 0.053 0.288 0.250 0.318 23 E 0.054 0.027 0.052 0.071 0.222 0.160 0.414 24 S 0.082 0.028 0.066 0.081 0.206 0.170 0.366 25 D 0.082 0.027 0.081 0.076 0.166 0.148 0.422 26 Q 0.086 0.020 0.139 0.096 0.192 0.145 0.320 27 E 0.138 0.018 0.138 0.096 0.193 0.152 0.264 28 D 0.185 0.018 0.122 0.072 0.124 0.126 0.353 29 V 0.375 0.022 0.051 0.055 0.091 0.053 0.353 30 S 0.503 0.015 0.032 0.050 0.078 0.043 0.280 31 I 0.598 0.035 0.021 0.043 0.063 0.024 0.216 32 L 0.495 0.045 0.011 0.043 0.058 0.015 0.334 33 P 0.292 0.025 0.013 0.041 0.084 0.040 0.505 34 L 0.123 0.022 0.030 0.083 0.142 0.112 0.488 35 D 0.040 0.011 0.029 0.093 0.184 0.108 0.535 36 T 0.012 0.005 0.066 0.414 0.189 0.117 0.198 37 E 0.007 0.004 0.058 0.629 0.093 0.106 0.103 38 E 0.007 0.004 0.050 0.675 0.054 0.090 0.119 39 Q 0.008 0.003 0.023 0.811 0.026 0.045 0.084 40 E 0.011 0.002 0.016 0.879 0.019 0.035 0.039 41 E 0.015 0.002 0.016 0.898 0.012 0.029 0.028 42 L 0.016 0.003 0.018 0.894 0.014 0.026 0.029 43 I 0.020 0.002 0.018 0.902 0.011 0.027 0.020 44 Q 0.020 0.001 0.021 0.874 0.010 0.055 0.018 45 K 0.017 0.002 0.023 0.821 0.020 0.093 0.024 46 F 0.031 0.004 0.026 0.718 0.057 0.094 0.069 47 E 0.042 0.005 0.042 0.629 0.065 0.115 0.102 48 T 0.035 0.006 0.051 0.501 0.104 0.195 0.109 49 N 0.027 0.006 0.051 0.398 0.119 0.231 0.169 50 A 0.042 0.008 0.057 0.416 0.136 0.152 0.188 51 H 0.077 0.013 0.053 0.386 0.105 0.147 0.219 52 I 0.076 0.013 0.057 0.452 0.084 0.122 0.197 53 T 0.082 0.010 0.058 0.465 0.087 0.115 0.183 54 N 0.059 0.005 0.062 0.538 0.098 0.115 0.124 55 K 0.068 0.005 0.070 0.650 0.045 0.063 0.098 56 L 0.112 0.008 0.047 0.673 0.032 0.051 0.077 57 Y 0.144 0.007 0.026 0.685 0.026 0.040 0.072 58 I 0.082 0.004 0.024 0.765 0.025 0.028 0.071 59 N 0.060 0.003 0.014 0.817 0.023 0.029 0.053 60 L 0.028 0.001 0.009 0.912 0.009 0.019 0.020 61 L 0.019 0.001 0.007 0.939 0.007 0.014 0.015 62 S 0.023 0.001 0.006 0.939 0.009 0.014 0.009 63 I 0.024 0.001 0.005 0.951 0.006 0.008 0.006 64 L 0.022 0.001 0.006 0.956 0.003 0.007 0.006 65 Y 0.020 0.001 0.010 0.945 0.005 0.015 0.006 66 L 0.033 0.001 0.015 0.892 0.010 0.041 0.009 67 L 0.033 0.002 0.020 0.819 0.016 0.087 0.021 68 Y 0.036 0.004 0.018 0.630 0.049 0.206 0.057 69 G 0.027 0.003 0.019 0.289 0.121 0.415 0.125 70 G 0.110 0.006 0.034 0.223 0.171 0.257 0.199 71 L 0.418 0.015 0.034 0.273 0.069 0.049 0.142 72 L 0.618 0.012 0.025 0.224 0.025 0.021 0.075 73 M 0.731 0.004 0.025 0.169 0.015 0.018 0.039 74 I 0.809 0.003 0.020 0.108 0.013 0.014 0.034 75 L 0.830 0.004 0.014 0.081 0.014 0.013 0.043 76 V 0.763 0.009 0.012 0.077 0.027 0.018 0.094 77 R 0.539 0.008 0.024 0.104 0.073 0.053 0.198 78 K 0.273 0.007 0.039 0.138 0.148 0.146 0.248 79 S 0.129 0.011 0.042 0.157 0.164 0.215 0.283 80 R 0.067 0.006 0.048 0.236 0.163 0.319 0.161 81 G 0.114 0.008 0.034 0.259 0.170 0.240 0.174 82 Y 0.222 0.012 0.020 0.405 0.089 0.049 0.202 83 I 0.359 0.013 0.013 0.458 0.023 0.021 0.113 84 K 0.393 0.006 0.014 0.481 0.021 0.020 0.065 85 L 0.349 0.004 0.029 0.541 0.019 0.020 0.039 86 A 0.302 0.004 0.052 0.558 0.021 0.024 0.039 87 L 0.231 0.005 0.077 0.575 0.025 0.042 0.044 88 L 0.208 0.007 0.078 0.517 0.041 0.072 0.078 89 A 0.106 0.005 0.068 0.357 0.092 0.268 0.104 90 G 0.083 0.007 0.051 0.175 0.130 0.341 0.213 91 A 0.075 0.011 0.063 0.124 0.167 0.185 0.375 92 N 0.098 0.008 0.089 0.091 0.212 0.247 0.254 93 S 0.227 0.008 0.085 0.129 0.164 0.148 0.238 94 L 0.449 0.024 0.042 0.134 0.090 0.078 0.183 95 I 0.611 0.013 0.020 0.134 0.042 0.042 0.138 96 C 0.559 0.012 0.033 0.136 0.054 0.048 0.159 97 S 0.464 0.011 0.048 0.178 0.082 0.070 0.147 98 C 0.558 0.006 0.042 0.167 0.046 0.057 0.125 99 I 0.596 0.010 0.023 0.193 0.032 0.035 0.112 100 T 0.648 0.008 0.016 0.153 0.033 0.033 0.109 101 L 0.560 0.018 0.025 0.200 0.039 0.046 0.112 102 R 0.425 0.019 0.031 0.255 0.056 0.054 0.160 103 Y 0.218 0.008 0.063 0.431 0.065 0.071 0.143 104 D 0.221 0.006 0.053 0.431 0.082 0.087 0.120 105 I 0.253 0.009 0.044 0.484 0.049 0.073 0.089 106 V 0.171 0.008 0.028 0.613 0.040 0.050 0.089 107 N 0.102 0.003 0.034 0.634 0.059 0.091 0.076 108 D 0.070 0.002 0.039 0.708 0.048 0.082 0.052 109 Y 0.094 0.006 0.034 0.715 0.032 0.060 0.060 110 L 0.152 0.007 0.029 0.664 0.026 0.065 0.058 111 L 0.200 0.006 0.032 0.568 0.030 0.089 0.076 112 F 0.219 0.007 0.050 0.508 0.050 0.072 0.094 113 K 0.189 0.005 0.068 0.508 0.055 0.082 0.093 114 K 0.199 0.006 0.075 0.410 0.075 0.131 0.104 115 F 0.348 0.010 0.053 0.266 0.080 0.083 0.160 116 K 0.557 0.010 0.025 0.131 0.054 0.052 0.171 117 L 0.611 0.014 0.018 0.116 0.052 0.039 0.150 118 R 0.593 0.017 0.019 0.094 0.048 0.055 0.175 119 V 0.435 0.015 0.037 0.117 0.087 0.069 0.241 120 S 0.188 0.007 0.061 0.150 0.170 0.155 0.269 121 N 0.110 0.006 0.082 0.169 0.195 0.262 0.176 122 F 0.254 0.011 0.045 0.235 0.134 0.108 0.214 123 S 0.302 0.020 0.018 0.214 0.068 0.044 0.334 124 I 0.159 0.011 0.026 0.540 0.053 0.033 0.178 125 N 0.133 0.007 0.016 0.612 0.051 0.041 0.140 126 I 0.023 0.001 0.011 0.920 0.011 0.013 0.021 127 I 0.011 0.001 0.004 0.963 0.004 0.005 0.013 128 N 0.009 0.001 0.003 0.974 0.004 0.004 0.006 129 I 0.007 0.001 0.002 0.983 0.002 0.003 0.003 130 I 0.005 0.001 0.001 0.988 0.001 0.003 0.002 131 L 0.004 0.001 0.001 0.989 0.001 0.004 0.002 132 L 0.006 0.001 0.001 0.983 0.002 0.006 0.002 133 V 0.006 0.001 0.003 0.978 0.002 0.008 0.003 134 L 0.007 0.001 0.004 0.972 0.003 0.012 0.003 135 M 0.007 0.001 0.009 0.955 0.004 0.020 0.005 136 A 0.012 0.001 0.019 0.910 0.007 0.044 0.007 137 W 0.041 0.003 0.037 0.807 0.015 0.077 0.020 138 I 0.069 0.006 0.035 0.700 0.045 0.098 0.048 139 S 0.097 0.006 0.033 0.565 0.059 0.152 0.087 140 F 0.085 0.006 0.046 0.500 0.095 0.146 0.121 141 N 0.113 0.008 0.080 0.400 0.093 0.168 0.139 142 H 0.188 0.010 0.091 0.344 0.086 0.133 0.148 143 V 0.295 0.016 0.060 0.299 0.076 0.122 0.131 144 V 0.347 0.018 0.044 0.221 0.079 0.111 0.180 145 E 0.262 0.011 0.041 0.160 0.134 0.188 0.204 146 D 0.168 0.009 0.033 0.088 0.203 0.207 0.291 147 K 0.172 0.007 0.052 0.102 0.197 0.224 0.244 148 K 0.262 0.010 0.045 0.086 0.184 0.178 0.236 149 T 0.488 0.017 0.041 0.087 0.094 0.060 0.214 150 V 0.644 0.018 0.023 0.085 0.039 0.028 0.163 151 L 0.659 0.013 0.027 0.121 0.032 0.029 0.119 152 C 0.606 0.010 0.038 0.153 0.031 0.047 0.115 153 L 0.510 0.009 0.034 0.189 0.044 0.061 0.152 154 Q 0.437 0.009 0.024 0.239 0.060 0.062 0.169 155 V 0.222 0.008 0.013 0.378 0.096 0.026 0.256 156 P 0.113 0.006 0.020 0.557 0.058 0.045 0.201 157 M 0.072 0.006 0.023 0.785 0.023 0.040 0.051 158 F 0.053 0.003 0.012 0.881 0.012 0.018 0.022 159 L 0.050 0.001 0.006 0.910 0.007 0.011 0.015 160 F 0.046 0.001 0.005 0.923 0.007 0.009 0.010 161 W 0.048 0.001 0.006 0.924 0.006 0.009 0.007 162 V 0.032 0.001 0.006 0.946 0.004 0.007 0.005 163 A 0.031 0.001 0.006 0.944 0.004 0.009 0.005 164 V 0.023 0.001 0.008 0.938 0.005 0.019 0.007 165 L 0.019 0.002 0.009 0.922 0.006 0.032 0.009 166 V 0.015 0.002 0.009 0.914 0.013 0.030 0.017 167 K 0.012 0.001 0.015 0.900 0.015 0.039 0.018 168 R 0.013 0.002 0.034 0.815 0.032 0.070 0.035 169 W 0.014 0.004 0.062 0.751 0.027 0.095 0.046 170 A 0.014 0.005 0.065 0.692 0.044 0.117 0.062 171 R 0.011 0.003 0.052 0.611 0.072 0.168 0.083 172 N 0.010 0.005 0.041 0.522 0.084 0.173 0.165 173 I 0.007 0.006 0.038 0.608 0.068 0.081 0.192 174 E 0.006 0.002 0.043 0.730 0.041 0.085 0.093 175 D 0.006 0.002 0.056 0.724 0.043 0.112 0.058 176 E 0.006 0.003 0.038 0.747 0.044 0.098 0.063 177 I 0.011 0.005 0.031 0.775 0.036 0.074 0.068 178 A 0.017 0.002 0.041 0.720 0.037 0.118 0.065 179 D 0.030 0.004 0.049 0.665 0.040 0.137 0.075 180 L 0.048 0.007 0.054 0.670 0.052 0.072 0.098 181 R 0.065 0.008 0.042 0.671 0.043 0.090 0.081 182 C 0.100 0.007 0.038 0.621 0.036 0.090 0.109 183 L 0.127 0.009 0.036 0.584 0.043 0.073 0.128 184 K 0.180 0.006 0.035 0.482 0.057 0.063 0.177 185 Y 0.178 0.014 0.037 0.445 0.076 0.067 0.184 186 K 0.212 0.009 0.038 0.407 0.072 0.083 0.179 187 Y 0.216 0.012 0.039 0.281 0.097 0.112 0.243 188 K 0.141 0.012 0.025 0.196 0.148 0.162 0.317 189 N 0.057 0.009 0.010 0.085 0.011 0.123 0.704 190 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999