# TARGET YGR016W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR016W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.101 0.049 0.023 0.126 0.020 0.025 0.287 0.137 0.101 0.046 2 S 0.053 0.109 0.057 0.023 0.092 0.025 0.034 0.412 0.121 0.049 0.027 3 R 0.069 0.082 0.041 0.011 0.096 0.009 0.018 0.421 0.124 0.094 0.034 4 L 0.065 0.063 0.022 0.011 0.087 0.011 0.016 0.457 0.164 0.079 0.025 5 R 0.033 0.105 0.035 0.014 0.082 0.013 0.037 0.504 0.133 0.031 0.011 6 R 0.064 0.053 0.023 0.013 0.083 0.014 0.047 0.471 0.114 0.090 0.028 7 F 0.057 0.113 0.050 0.030 0.103 0.034 0.062 0.347 0.091 0.088 0.024 8 N 0.101 0.082 0.033 0.025 0.126 0.018 0.034 0.273 0.105 0.137 0.064 9 R 0.059 0.107 0.051 0.029 0.104 0.025 0.037 0.328 0.138 0.089 0.033 10 K 0.054 0.149 0.055 0.015 0.158 0.018 0.046 0.345 0.094 0.050 0.017 11 I 0.252 0.066 0.016 0.007 0.249 0.010 0.022 0.202 0.067 0.053 0.056 12 L 0.084 0.182 0.046 0.034 0.236 0.036 0.048 0.188 0.070 0.049 0.027 13 S 0.170 0.182 0.064 0.011 0.313 0.006 0.012 0.093 0.043 0.056 0.049 14 L 0.131 0.170 0.059 0.019 0.212 0.019 0.028 0.152 0.084 0.078 0.048 15 S 0.096 0.167 0.086 0.047 0.191 0.027 0.041 0.139 0.086 0.074 0.047 16 S 0.058 0.130 0.067 0.050 0.119 0.035 0.049 0.223 0.166 0.075 0.028 17 D 0.085 0.083 0.032 0.018 0.143 0.021 0.050 0.173 0.141 0.191 0.063 18 Y 0.153 0.127 0.033 0.014 0.237 0.012 0.022 0.092 0.080 0.147 0.083 19 T 0.100 0.173 0.076 0.034 0.201 0.030 0.060 0.139 0.073 0.072 0.043 20 H 0.087 0.143 0.140 0.090 0.131 0.046 0.045 0.106 0.064 0.097 0.050 21 D 0.048 0.148 0.086 0.091 0.101 0.061 0.082 0.139 0.100 0.108 0.036 22 G 0.051 0.091 0.092 0.073 0.076 0.029 0.025 0.096 0.099 0.281 0.089 23 E 0.088 0.164 0.071 0.026 0.163 0.022 0.042 0.153 0.111 0.112 0.047 24 S 0.082 0.171 0.094 0.036 0.155 0.031 0.045 0.145 0.099 0.100 0.043 25 D 0.093 0.158 0.064 0.019 0.166 0.011 0.030 0.156 0.124 0.131 0.047 26 Q 0.096 0.083 0.038 0.017 0.122 0.016 0.029 0.239 0.192 0.123 0.046 27 E 0.032 0.147 0.061 0.026 0.091 0.036 0.077 0.295 0.156 0.064 0.016 28 D 0.158 0.064 0.023 0.012 0.187 0.011 0.032 0.139 0.107 0.191 0.075 29 V 0.184 0.175 0.033 0.015 0.308 0.012 0.014 0.074 0.057 0.069 0.060 30 S 0.099 0.198 0.053 0.010 0.361 0.007 0.022 0.117 0.055 0.047 0.031 31 I 0.249 0.118 0.040 0.011 0.274 0.009 0.019 0.072 0.049 0.092 0.068 32 L 0.039 0.432 0.209 0.036 0.195 0.011 0.014 0.031 0.011 0.012 0.010 33 P 0.133 0.294 0.130 0.009 0.266 0.005 0.009 0.050 0.025 0.029 0.050 34 L 0.074 0.250 0.104 0.020 0.189 0.026 0.037 0.140 0.065 0.056 0.039 35 D 0.127 0.168 0.075 0.023 0.215 0.023 0.032 0.137 0.055 0.092 0.054 36 T 0.042 0.142 0.065 0.020 0.083 0.013 0.017 0.332 0.164 0.098 0.024 37 E 0.017 0.054 0.027 0.013 0.035 0.018 0.032 0.617 0.124 0.048 0.013 38 E 0.028 0.068 0.025 0.006 0.042 0.005 0.016 0.609 0.112 0.069 0.019 39 Q 0.016 0.022 0.011 0.004 0.020 0.005 0.010 0.738 0.123 0.041 0.010 40 E 0.008 0.021 0.008 0.004 0.016 0.004 0.008 0.791 0.119 0.016 0.005 41 E 0.007 0.016 0.005 0.002 0.016 0.002 0.013 0.827 0.091 0.016 0.004 42 L 0.006 0.006 0.003 0.002 0.008 0.003 0.011 0.838 0.095 0.025 0.003 43 I 0.010 0.009 0.003 0.003 0.016 0.004 0.014 0.746 0.158 0.031 0.006 44 Q 0.009 0.024 0.009 0.006 0.020 0.007 0.027 0.736 0.143 0.016 0.004 45 K 0.020 0.023 0.013 0.007 0.035 0.010 0.046 0.632 0.127 0.079 0.009 46 F 0.054 0.086 0.025 0.007 0.110 0.010 0.032 0.463 0.127 0.061 0.022 47 E 0.057 0.043 0.023 0.017 0.065 0.024 0.047 0.479 0.141 0.076 0.027 48 T 0.024 0.105 0.052 0.032 0.065 0.047 0.081 0.406 0.111 0.064 0.012 49 N 0.079 0.055 0.030 0.025 0.090 0.016 0.025 0.233 0.137 0.240 0.070 50 A 0.071 0.142 0.045 0.020 0.141 0.019 0.028 0.283 0.143 0.076 0.032 51 H 0.092 0.111 0.043 0.013 0.168 0.012 0.030 0.307 0.095 0.085 0.044 52 I 0.123 0.077 0.031 0.018 0.135 0.025 0.036 0.301 0.105 0.102 0.047 53 T 0.039 0.118 0.057 0.057 0.079 0.060 0.084 0.342 0.093 0.056 0.015 54 N 0.045 0.056 0.045 0.037 0.056 0.019 0.028 0.372 0.139 0.161 0.042 55 K 0.051 0.077 0.027 0.010 0.095 0.011 0.027 0.461 0.142 0.066 0.032 56 L 0.059 0.105 0.026 0.009 0.127 0.010 0.026 0.494 0.093 0.035 0.016 57 Y 0.076 0.035 0.011 0.004 0.097 0.005 0.018 0.577 0.109 0.043 0.023 58 I 0.018 0.030 0.009 0.009 0.032 0.019 0.027 0.699 0.129 0.017 0.010 59 N 0.025 0.028 0.012 0.004 0.044 0.003 0.016 0.750 0.086 0.022 0.011 60 L 0.004 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.006 0.821 0.129 0.022 0.003 61 L 0.002 0.007 0.002 0.001 0.005 0.002 0.007 0.865 0.100 0.006 0.001 62 S 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.010 0.897 0.070 0.006 0.001 63 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.890 0.082 0.007 0.001 64 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.862 0.108 0.006 0.001 65 Y 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.016 0.853 0.106 0.008 0.001 66 L 0.006 0.006 0.001 0.001 0.010 0.005 0.074 0.804 0.077 0.013 0.002 67 L 0.020 0.009 0.006 0.007 0.016 0.028 0.146 0.595 0.110 0.053 0.009 68 Y 0.022 0.112 0.090 0.079 0.048 0.076 0.099 0.297 0.088 0.075 0.014 69 G 0.014 0.125 0.142 0.172 0.026 0.057 0.046 0.162 0.075 0.158 0.023 70 G 0.020 0.085 0.094 0.050 0.040 0.034 0.062 0.266 0.110 0.205 0.033 71 L 0.104 0.176 0.027 0.005 0.213 0.009 0.031 0.275 0.091 0.041 0.027 72 L 0.165 0.089 0.017 0.011 0.242 0.017 0.034 0.288 0.061 0.043 0.034 73 M 0.218 0.110 0.015 0.008 0.372 0.012 0.016 0.166 0.031 0.020 0.031 74 I 0.211 0.100 0.015 0.005 0.487 0.007 0.010 0.109 0.020 0.009 0.026 75 L 0.300 0.068 0.014 0.004 0.404 0.006 0.012 0.106 0.018 0.020 0.049 76 V 0.162 0.163 0.035 0.010 0.324 0.018 0.024 0.139 0.035 0.041 0.049 77 R 0.114 0.221 0.066 0.027 0.216 0.022 0.029 0.173 0.052 0.043 0.038 78 K 0.072 0.129 0.109 0.046 0.089 0.040 0.074 0.259 0.084 0.062 0.035 79 S 0.062 0.088 0.076 0.053 0.082 0.066 0.102 0.261 0.093 0.085 0.032 80 R 0.031 0.226 0.114 0.097 0.073 0.063 0.065 0.174 0.079 0.060 0.018 81 G 0.031 0.080 0.101 0.091 0.045 0.030 0.022 0.217 0.075 0.245 0.062 82 Y 0.117 0.163 0.030 0.005 0.177 0.007 0.018 0.301 0.085 0.058 0.038 83 I 0.152 0.131 0.027 0.008 0.257 0.009 0.013 0.298 0.056 0.019 0.031 84 K 0.114 0.071 0.022 0.013 0.158 0.018 0.031 0.461 0.069 0.022 0.021 85 L 0.116 0.045 0.013 0.008 0.150 0.009 0.011 0.478 0.118 0.026 0.026 86 A 0.068 0.067 0.022 0.012 0.134 0.009 0.023 0.523 0.104 0.022 0.016 87 L 0.084 0.052 0.018 0.005 0.120 0.010 0.037 0.506 0.103 0.038 0.026 88 L 0.067 0.053 0.021 0.021 0.086 0.039 0.094 0.385 0.102 0.103 0.029 89 A 0.029 0.249 0.144 0.103 0.082 0.056 0.083 0.160 0.051 0.032 0.012 90 G 0.064 0.060 0.103 0.088 0.054 0.037 0.026 0.111 0.064 0.285 0.109 91 A 0.081 0.163 0.052 0.032 0.146 0.039 0.068 0.219 0.125 0.048 0.028 92 N 0.063 0.055 0.031 0.054 0.078 0.040 0.054 0.179 0.130 0.239 0.077 93 S 0.083 0.219 0.064 0.021 0.196 0.014 0.037 0.172 0.089 0.080 0.027 94 L 0.199 0.113 0.025 0.009 0.288 0.013 0.030 0.158 0.058 0.064 0.045 95 I 0.177 0.122 0.043 0.024 0.258 0.025 0.047 0.129 0.045 0.065 0.066 96 C 0.146 0.133 0.050 0.039 0.229 0.035 0.039 0.145 0.061 0.071 0.053 97 S 0.095 0.140 0.068 0.034 0.187 0.023 0.046 0.201 0.086 0.077 0.042 98 C 0.195 0.104 0.029 0.012 0.289 0.013 0.022 0.144 0.066 0.069 0.057 99 I 0.127 0.167 0.035 0.013 0.330 0.014 0.029 0.154 0.054 0.044 0.034 100 T 0.232 0.126 0.029 0.007 0.326 0.009 0.022 0.118 0.039 0.038 0.054 101 L 0.109 0.176 0.056 0.025 0.229 0.026 0.032 0.201 0.063 0.051 0.032 102 R 0.175 0.092 0.035 0.018 0.215 0.019 0.033 0.195 0.069 0.073 0.077 103 Y 0.077 0.139 0.052 0.038 0.154 0.028 0.028 0.251 0.126 0.069 0.038 104 D 0.072 0.116 0.051 0.018 0.143 0.014 0.037 0.374 0.094 0.048 0.031 105 I 0.097 0.050 0.016 0.007 0.090 0.013 0.039 0.458 0.118 0.076 0.035 106 V 0.045 0.083 0.035 0.036 0.076 0.057 0.069 0.410 0.102 0.066 0.021 107 N 0.054 0.117 0.056 0.048 0.088 0.029 0.034 0.359 0.107 0.078 0.030 108 D 0.044 0.050 0.032 0.017 0.057 0.018 0.040 0.427 0.155 0.125 0.035 109 Y 0.067 0.093 0.025 0.010 0.125 0.012 0.024 0.398 0.145 0.071 0.031 110 L 0.118 0.104 0.020 0.006 0.187 0.008 0.029 0.379 0.088 0.033 0.029 111 L 0.072 0.062 0.021 0.013 0.089 0.023 0.056 0.426 0.116 0.098 0.027 112 F 0.091 0.084 0.028 0.024 0.126 0.017 0.025 0.330 0.148 0.086 0.042 113 K 0.027 0.095 0.052 0.033 0.075 0.028 0.064 0.426 0.154 0.037 0.009 114 K 0.100 0.044 0.019 0.014 0.107 0.022 0.070 0.287 0.129 0.153 0.054 115 F 0.123 0.222 0.043 0.015 0.305 0.013 0.015 0.107 0.053 0.063 0.040 116 K 0.226 0.090 0.024 0.011 0.286 0.010 0.021 0.111 0.068 0.082 0.071 117 L 0.161 0.233 0.050 0.009 0.376 0.008 0.011 0.062 0.030 0.027 0.032 118 R 0.186 0.185 0.048 0.010 0.349 0.011 0.024 0.069 0.028 0.039 0.052 119 V 0.265 0.114 0.035 0.019 0.248 0.013 0.012 0.082 0.054 0.068 0.089 120 S 0.021 0.083 0.055 0.103 0.065 0.146 0.164 0.229 0.089 0.035 0.009 121 N 0.131 0.062 0.032 0.021 0.118 0.017 0.024 0.121 0.115 0.252 0.106 122 F 0.113 0.231 0.075 0.021 0.263 0.011 0.014 0.095 0.051 0.080 0.046 123 S 0.147 0.146 0.042 0.013 0.275 0.015 0.030 0.167 0.060 0.054 0.051 124 I 0.123 0.108 0.028 0.016 0.201 0.019 0.024 0.278 0.110 0.048 0.045 125 N 0.061 0.084 0.040 0.015 0.129 0.012 0.041 0.463 0.079 0.048 0.027 126 I 0.063 0.021 0.005 0.002 0.066 0.003 0.010 0.612 0.151 0.041 0.025 127 I 0.008 0.021 0.008 0.009 0.021 0.014 0.033 0.790 0.086 0.008 0.003 128 N 0.011 0.010 0.004 0.001 0.020 0.001 0.016 0.854 0.068 0.011 0.005 129 I 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.882 0.085 0.006 0.002 130 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.915 0.064 0.002 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.916 0.066 0.002 0.001 132 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.903 0.070 0.002 0.001 133 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.021 0.901 0.063 0.003 0.001 134 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.020 0.859 0.098 0.007 0.002 135 M 0.004 0.005 0.002 0.003 0.007 0.008 0.031 0.772 0.149 0.016 0.003 136 A 0.005 0.014 0.007 0.003 0.012 0.009 0.049 0.761 0.121 0.015 0.002 137 W 0.021 0.014 0.004 0.002 0.029 0.010 0.067 0.623 0.158 0.061 0.011 138 I 0.035 0.078 0.016 0.010 0.084 0.022 0.064 0.491 0.143 0.044 0.014 139 S 0.066 0.080 0.028 0.014 0.102 0.025 0.062 0.385 0.110 0.102 0.028 140 F 0.054 0.088 0.029 0.020 0.109 0.031 0.050 0.336 0.161 0.094 0.027 141 N 0.048 0.060 0.027 0.033 0.066 0.036 0.064 0.314 0.156 0.148 0.050 142 H 0.099 0.130 0.048 0.013 0.188 0.012 0.031 0.193 0.095 0.142 0.048 143 V 0.187 0.155 0.024 0.005 0.302 0.008 0.020 0.164 0.053 0.042 0.039 144 V 0.133 0.115 0.042 0.025 0.202 0.032 0.046 0.222 0.081 0.061 0.041 145 E 0.056 0.132 0.087 0.063 0.102 0.054 0.081 0.243 0.090 0.067 0.023 146 D 0.115 0.132 0.074 0.034 0.155 0.021 0.040 0.152 0.082 0.137 0.060 147 K 0.092 0.150 0.053 0.033 0.141 0.030 0.042 0.160 0.113 0.128 0.058 148 K 0.092 0.156 0.054 0.033 0.174 0.036 0.064 0.172 0.083 0.099 0.038 149 T 0.213 0.171 0.040 0.011 0.352 0.008 0.013 0.071 0.032 0.046 0.044 150 V 0.263 0.120 0.024 0.010 0.412 0.012 0.013 0.059 0.022 0.019 0.046 151 L 0.186 0.168 0.049 0.016 0.397 0.015 0.016 0.060 0.023 0.025 0.047 152 C 0.280 0.118 0.034 0.010 0.355 0.008 0.010 0.046 0.030 0.039 0.071 153 L 0.107 0.240 0.064 0.020 0.290 0.021 0.029 0.112 0.057 0.035 0.026 154 Q 0.203 0.120 0.053 0.016 0.224 0.015 0.029 0.093 0.058 0.109 0.080 155 V 0.063 0.315 0.171 0.036 0.193 0.015 0.017 0.101 0.044 0.027 0.019 156 P 0.060 0.099 0.043 0.014 0.105 0.018 0.050 0.412 0.133 0.039 0.029 157 M 0.050 0.076 0.031 0.009 0.108 0.010 0.032 0.435 0.172 0.056 0.019 158 F 0.058 0.058 0.013 0.006 0.129 0.007 0.026 0.558 0.105 0.027 0.014 159 L 0.060 0.026 0.006 0.005 0.087 0.009 0.036 0.637 0.095 0.024 0.017 160 F 0.023 0.039 0.011 0.005 0.063 0.007 0.026 0.724 0.079 0.015 0.008 161 W 0.037 0.015 0.004 0.002 0.051 0.003 0.013 0.760 0.086 0.015 0.014 162 V 0.009 0.012 0.003 0.003 0.019 0.005 0.019 0.830 0.089 0.007 0.003 163 A 0.009 0.006 0.002 0.001 0.016 0.003 0.016 0.843 0.094 0.006 0.004 164 V 0.008 0.012 0.003 0.001 0.016 0.004 0.025 0.844 0.076 0.007 0.003 165 L 0.013 0.008 0.002 0.001 0.013 0.003 0.021 0.813 0.096 0.024 0.006 166 V 0.006 0.018 0.006 0.003 0.013 0.006 0.024 0.771 0.133 0.018 0.003 167 K 0.004 0.015 0.007 0.005 0.009 0.008 0.027 0.784 0.128 0.011 0.003 168 R 0.006 0.008 0.007 0.005 0.009 0.014 0.056 0.746 0.116 0.029 0.005 169 W 0.011 0.012 0.006 0.004 0.014 0.006 0.024 0.710 0.158 0.047 0.010 170 A 0.010 0.022 0.007 0.004 0.018 0.007 0.019 0.687 0.176 0.046 0.005 171 R 0.005 0.051 0.018 0.012 0.020 0.032 0.084 0.622 0.121 0.030 0.004 172 N 0.072 0.045 0.024 0.012 0.060 0.011 0.037 0.403 0.093 0.187 0.056 173 I 0.048 0.074 0.025 0.006 0.068 0.008 0.019 0.480 0.168 0.079 0.025 174 E 0.021 0.051 0.015 0.012 0.036 0.017 0.026 0.618 0.148 0.042 0.015 175 D 0.023 0.044 0.022 0.016 0.043 0.014 0.039 0.591 0.136 0.058 0.014 176 E 0.012 0.024 0.014 0.006 0.020 0.009 0.036 0.660 0.139 0.073 0.009 177 I 0.041 0.023 0.007 0.005 0.043 0.006 0.017 0.583 0.153 0.096 0.025 178 A 0.014 0.090 0.030 0.018 0.041 0.026 0.047 0.573 0.123 0.032 0.007 179 D 0.070 0.045 0.020 0.008 0.091 0.009 0.027 0.438 0.123 0.132 0.037 180 L 0.072 0.060 0.022 0.009 0.117 0.010 0.018 0.410 0.180 0.072 0.029 181 R 0.026 0.046 0.018 0.008 0.054 0.012 0.043 0.583 0.150 0.047 0.013 182 C 0.077 0.044 0.014 0.009 0.089 0.010 0.024 0.425 0.150 0.127 0.031 183 L 0.053 0.119 0.040 0.021 0.138 0.019 0.035 0.375 0.115 0.066 0.018 184 K 0.126 0.072 0.022 0.012 0.154 0.014 0.042 0.312 0.116 0.076 0.054 185 Y 0.112 0.150 0.057 0.021 0.235 0.014 0.025 0.196 0.083 0.067 0.039 186 K 0.095 0.107 0.038 0.022 0.174 0.027 0.071 0.260 0.097 0.068 0.041 187 Y 0.122 0.127 0.067 0.024 0.193 0.017 0.030 0.181 0.091 0.099 0.049 188 K 0.041 0.123 0.057 0.048 0.100 0.064 0.118 0.251 0.109 0.065 0.023 189 N 0.122 0.111 0.069 0.028 0.169 0.018 0.026 0.113 0.086 0.176 0.082 190 A 0.066 0.156 0.096 0.038 0.134 0.022 0.037 0.175 0.119 0.114 0.041