# TARGET YGR008C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR008C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.006 0.003 0.012 0.131 0.827 2 T 0.082 0.052 0.008 0.031 0.255 0.571 3 R 0.105 0.036 0.012 0.039 0.304 0.503 4 T 0.096 0.029 0.018 0.044 0.444 0.368 5 N 0.108 0.014 0.013 0.037 0.388 0.439 6 K 0.155 0.037 0.019 0.085 0.267 0.437 7 W 0.163 0.058 0.019 0.100 0.250 0.410 8 T 0.247 0.032 0.018 0.125 0.214 0.364 9 E 0.216 0.013 0.089 0.244 0.235 0.203 10 R 0.133 0.012 0.120 0.260 0.272 0.204 11 E 0.088 0.007 0.140 0.276 0.295 0.194 12 G 0.084 0.012 0.074 0.186 0.342 0.301 13 K 0.083 0.025 0.046 0.146 0.337 0.363 14 A 0.062 0.026 0.045 0.123 0.332 0.411 15 D 0.036 0.007 0.034 0.039 0.386 0.498 16 P 0.042 0.008 0.151 0.047 0.434 0.318 17 K 0.128 0.018 0.140 0.049 0.374 0.290 18 Y 0.360 0.032 0.094 0.041 0.242 0.231 19 F 0.603 0.045 0.021 0.026 0.106 0.200 20 S 0.518 0.064 0.017 0.024 0.200 0.176 21 H 0.286 0.025 0.019 0.032 0.352 0.287 22 T 0.094 0.012 0.020 0.022 0.494 0.358 23 G 0.047 0.028 0.017 0.011 0.549 0.348 24 N 0.067 0.054 0.022 0.014 0.498 0.345 25 Y 0.071 0.049 0.044 0.015 0.491 0.331 26 G 0.058 0.042 0.032 0.014 0.565 0.289 27 E 0.074 0.094 0.027 0.018 0.528 0.259 28 S 0.034 0.049 0.011 0.014 0.611 0.282 29 P 0.022 0.013 0.088 0.100 0.683 0.093 30 N 0.031 0.010 0.142 0.150 0.605 0.062 31 H 0.069 0.028 0.163 0.220 0.474 0.046 32 I 0.113 0.037 0.102 0.340 0.295 0.114 33 K 0.118 0.035 0.082 0.343 0.262 0.161 34 K 0.088 0.029 0.089 0.270 0.331 0.194 35 Q 0.053 0.018 0.058 0.126 0.383 0.362 36 G 0.042 0.021 0.041 0.032 0.423 0.440 37 S 0.064 0.023 0.037 0.025 0.413 0.438 38 G 0.085 0.078 0.036 0.022 0.408 0.371 39 K 0.095 0.039 0.036 0.024 0.413 0.393 40 G 0.082 0.034 0.050 0.024 0.488 0.323 41 N 0.062 0.055 0.041 0.020 0.552 0.269 42 W 0.044 0.024 0.022 0.029 0.520 0.361 43 G 0.033 0.029 0.012 0.021 0.421 0.484 44 K 0.031 0.071 0.007 0.018 0.546 0.327 45 P 0.028 0.024 0.030 0.083 0.540 0.294 46 G 0.028 0.015 0.063 0.121 0.569 0.203 47 D 0.059 0.034 0.116 0.195 0.459 0.137 48 E 0.103 0.089 0.150 0.263 0.206 0.189 49 I 0.099 0.023 0.163 0.340 0.201 0.175 50 D 0.128 0.011 0.129 0.356 0.234 0.142 51 D 0.143 0.036 0.086 0.364 0.209 0.162 52 L 0.163 0.031 0.057 0.375 0.220 0.155 53 I 0.174 0.022 0.047 0.341 0.291 0.124 54 D 0.106 0.013 0.038 0.235 0.434 0.174 55 N 0.084 0.005 0.046 0.144 0.494 0.228 56 G 0.072 0.012 0.028 0.059 0.417 0.413 57 E 0.137 0.065 0.034 0.062 0.319 0.384 58 I 0.124 0.031 0.037 0.060 0.292 0.456 59 P 0.107 0.014 0.079 0.074 0.321 0.406 60 P 0.127 0.011 0.143 0.098 0.326 0.296 61 V 0.236 0.014 0.129 0.112 0.315 0.194 62 F 0.362 0.033 0.055 0.097 0.239 0.214 63 K 0.372 0.023 0.029 0.067 0.261 0.248 64 K 0.281 0.018 0.048 0.074 0.301 0.278 65 D 0.145 0.020 0.043 0.073 0.342 0.376 66 R 0.131 0.035 0.042 0.058 0.453 0.282 67 R 0.077 0.021 0.028 0.056 0.425 0.393 68 G 0.052 0.026 0.030 0.069 0.474 0.350 69 S 0.042 0.022 0.036 0.083 0.488 0.328 70 N 0.036 0.018 0.040 0.124 0.421 0.361 71 L 0.037 0.014 0.088 0.243 0.405 0.213 72 Q 0.048 0.014 0.070 0.353 0.322 0.193 73 S 0.061 0.013 0.055 0.421 0.258 0.192 74 H 0.041 0.010 0.042 0.556 0.191 0.161 75 E 0.023 0.004 0.055 0.701 0.129 0.087 76 Q 0.029 0.006 0.053 0.669 0.129 0.114 77 K 0.025 0.006 0.037 0.659 0.112 0.162 78 F 0.018 0.006 0.055 0.716 0.100 0.106 79 E 0.014 0.004 0.075 0.679 0.123 0.105 80 N 0.017 0.002 0.099 0.651 0.125 0.106 81 V 0.027 0.008 0.107 0.521 0.157 0.180 82 Q 0.031 0.014 0.053 0.396 0.141 0.363 83 K 0.022 0.007 0.028 0.324 0.089 0.529 84 E 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.966