# TARGET YGR008C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR008C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H I M P Q S T Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.013 2 T 0.003 0.062 0.745 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 0.061 0.028 0.072 3 R 0.006 0.025 0.551 0.002 0.025 0.024 0.001 0.002 0.001 0.015 0.155 0.060 0.134 4 T 0.003 0.012 0.489 0.015 0.032 0.034 0.001 0.001 0.001 0.006 0.216 0.118 0.074 5 N 0.002 0.014 0.386 0.009 0.022 0.028 0.001 0.001 0.001 0.005 0.332 0.093 0.109 6 K 0.005 0.021 0.447 0.007 0.019 0.045 0.001 0.001 0.001 0.008 0.134 0.087 0.226 7 W 0.012 0.033 0.528 0.002 0.011 0.030 0.001 0.003 0.001 0.009 0.051 0.025 0.296 8 T 0.024 0.036 0.387 0.010 0.017 0.044 0.001 0.005 0.001 0.011 0.058 0.023 0.384 9 E 0.020 0.017 0.220 0.012 0.061 0.185 0.001 0.005 0.001 0.008 0.120 0.076 0.274 10 R 0.011 0.015 0.295 0.015 0.077 0.198 0.001 0.002 0.001 0.004 0.128 0.120 0.134 11 E 0.013 0.018 0.214 0.008 0.095 0.239 0.001 0.002 0.001 0.004 0.144 0.124 0.139 12 G 0.009 0.014 0.213 0.007 0.107 0.263 0.001 0.001 0.001 0.002 0.098 0.188 0.098 13 K 0.008 0.035 0.239 0.007 0.082 0.120 0.001 0.002 0.001 0.002 0.140 0.250 0.116 14 A 0.002 0.040 0.284 0.004 0.040 0.078 0.001 0.001 0.001 0.002 0.326 0.166 0.057 15 D 0.001 0.009 0.719 0.006 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.039 0.019 16 P 0.001 0.006 0.601 0.005 0.087 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.090 0.163 0.026 17 K 0.006 0.022 0.284 0.011 0.155 0.026 0.001 0.001 0.001 0.016 0.201 0.209 0.067 18 Y 0.024 0.049 0.309 0.011 0.145 0.029 0.001 0.006 0.007 0.065 0.121 0.091 0.142 19 F 0.025 0.089 0.366 0.011 0.044 0.026 0.001 0.008 0.014 0.127 0.071 0.040 0.180 20 S 0.013 0.068 0.497 0.009 0.032 0.021 0.001 0.003 0.011 0.090 0.061 0.055 0.139 21 H 0.011 0.048 0.249 0.012 0.051 0.024 0.001 0.003 0.010 0.054 0.185 0.253 0.099 22 T 0.005 0.019 0.185 0.009 0.039 0.019 0.001 0.001 0.007 0.016 0.206 0.466 0.026 23 G 0.003 0.024 0.393 0.006 0.033 0.011 0.001 0.001 0.004 0.008 0.293 0.205 0.020 24 N 0.004 0.059 0.414 0.003 0.048 0.013 0.001 0.001 0.003 0.007 0.241 0.171 0.036 25 Y 0.005 0.046 0.243 0.009 0.068 0.012 0.001 0.001 0.003 0.005 0.268 0.301 0.038 26 G 0.006 0.031 0.254 0.012 0.064 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.310 0.261 0.045 27 E 0.008 0.065 0.453 0.003 0.027 0.018 0.001 0.002 0.001 0.002 0.290 0.081 0.051 28 S 0.002 0.051 0.626 0.002 0.016 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.032 0.062 29 P 0.002 0.008 0.156 0.009 0.180 0.182 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.289 0.035 30 N 0.003 0.004 0.094 0.016 0.168 0.291 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.258 0.021 31 H 0.019 0.033 0.138 0.010 0.181 0.275 0.001 0.004 0.001 0.006 0.093 0.124 0.116 32 I 0.031 0.048 0.218 0.006 0.064 0.295 0.001 0.007 0.004 0.012 0.060 0.052 0.202 33 K 0.024 0.047 0.319 0.021 0.045 0.193 0.001 0.006 0.009 0.024 0.063 0.093 0.154 34 K 0.016 0.046 0.183 0.010 0.057 0.151 0.001 0.002 0.007 0.018 0.152 0.205 0.153 35 Q 0.006 0.016 0.288 0.016 0.039 0.041 0.001 0.001 0.003 0.012 0.222 0.308 0.049 36 G 0.007 0.039 0.322 0.008 0.050 0.014 0.001 0.001 0.003 0.013 0.211 0.284 0.047 37 S 0.007 0.055 0.331 0.009 0.037 0.007 0.001 0.001 0.003 0.009 0.263 0.235 0.043 38 G 0.005 0.063 0.376 0.006 0.040 0.005 0.001 0.001 0.005 0.010 0.275 0.178 0.035 39 K 0.005 0.047 0.350 0.005 0.041 0.008 0.001 0.001 0.005 0.007 0.262 0.247 0.024 40 G 0.004 0.051 0.417 0.002 0.042 0.012 0.001 0.001 0.004 0.006 0.198 0.238 0.025 41 N 0.007 0.053 0.396 0.002 0.058 0.016 0.001 0.001 0.005 0.004 0.201 0.237 0.021 42 W 0.012 0.047 0.213 0.002 0.050 0.022 0.001 0.001 0.009 0.007 0.223 0.391 0.024 43 G 0.009 0.042 0.362 0.002 0.037 0.021 0.001 0.001 0.004 0.005 0.298 0.191 0.027 44 K 0.006 0.044 0.582 0.002 0.023 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.186 0.098 0.034 45 P 0.003 0.027 0.195 0.003 0.035 0.026 0.001 0.001 0.001 0.003 0.189 0.495 0.023 46 G 0.005 0.014 0.180 0.008 0.045 0.031 0.001 0.001 0.001 0.002 0.272 0.416 0.026 47 D 0.010 0.041 0.520 0.003 0.033 0.050 0.001 0.002 0.001 0.003 0.189 0.063 0.086 48 E 0.018 0.089 0.357 0.003 0.051 0.139 0.001 0.005 0.002 0.008 0.107 0.083 0.138 49 I 0.021 0.033 0.196 0.016 0.125 0.217 0.001 0.004 0.002 0.010 0.111 0.104 0.160 50 D 0.014 0.017 0.209 0.052 0.177 0.220 0.001 0.003 0.002 0.006 0.092 0.123 0.085 51 D 0.026 0.015 0.144 0.027 0.226 0.199 0.001 0.006 0.001 0.007 0.079 0.148 0.122 52 L 0.047 0.037 0.159 0.006 0.154 0.231 0.001 0.009 0.001 0.007 0.056 0.110 0.181 53 I 0.050 0.069 0.219 0.010 0.064 0.175 0.001 0.020 0.002 0.010 0.088 0.088 0.204 54 D 0.012 0.023 0.297 0.008 0.037 0.158 0.001 0.003 0.001 0.006 0.143 0.147 0.166 55 N 0.003 0.003 0.098 0.009 0.039 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.557 0.027 56 G 0.006 0.008 0.164 0.005 0.030 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 0.394 0.063 57 E 0.015 0.051 0.362 0.003 0.021 0.057 0.001 0.005 0.001 0.005 0.170 0.061 0.249 58 I 0.006 0.043 0.497 0.004 0.011 0.037 0.001 0.002 0.001 0.006 0.088 0.013 0.292 59 P 0.004 0.016 0.647 0.047 0.017 0.032 0.001 0.001 0.001 0.005 0.057 0.022 0.152 60 P 0.011 0.019 0.364 0.015 0.059 0.103 0.001 0.003 0.001 0.012 0.102 0.063 0.251 61 V 0.039 0.018 0.289 0.011 0.054 0.096 0.001 0.006 0.001 0.015 0.072 0.053 0.347 62 F 0.053 0.037 0.239 0.015 0.046 0.105 0.001 0.009 0.002 0.024 0.080 0.035 0.354 63 K 0.028 0.032 0.334 0.019 0.045 0.100 0.001 0.003 0.002 0.021 0.080 0.062 0.272 64 K 0.014 0.023 0.273 0.020 0.096 0.111 0.001 0.002 0.002 0.012 0.137 0.182 0.127 65 D 0.011 0.036 0.291 0.006 0.086 0.096 0.001 0.002 0.002 0.012 0.157 0.232 0.070 66 R 0.010 0.039 0.314 0.003 0.068 0.074 0.001 0.002 0.002 0.012 0.222 0.177 0.077 67 R 0.005 0.020 0.264 0.004 0.049 0.069 0.001 0.001 0.003 0.010 0.166 0.377 0.033 68 G 0.004 0.026 0.274 0.003 0.043 0.048 0.001 0.001 0.002 0.007 0.241 0.327 0.024 69 S 0.003 0.021 0.382 0.002 0.042 0.052 0.001 0.001 0.001 0.005 0.271 0.199 0.021 70 N 0.002 0.023 0.385 0.002 0.051 0.068 0.001 0.001 0.001 0.003 0.240 0.199 0.026 71 L 0.002 0.013 0.315 0.001 0.087 0.199 0.001 0.001 0.001 0.004 0.166 0.186 0.024 72 Q 0.003 0.014 0.256 0.001 0.089 0.319 0.001 0.001 0.001 0.003 0.137 0.157 0.020 73 S 0.002 0.011 0.210 0.001 0.088 0.386 0.001 0.001 0.001 0.003 0.130 0.150 0.016 74 H 0.002 0.005 0.204 0.001 0.059 0.523 0.001 0.001 0.001 0.002 0.091 0.099 0.013 75 E 0.002 0.005 0.090 0.001 0.067 0.703 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.079 0.011 76 Q 0.002 0.006 0.094 0.001 0.059 0.702 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.069 0.017 77 K 0.003 0.007 0.152 0.001 0.055 0.656 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.063 0.023 78 F 0.002 0.003 0.108 0.001 0.080 0.713 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.046 0.014 79 E 0.002 0.004 0.096 0.002 0.079 0.640 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 0.098 0.016 80 N 0.001 0.003 0.120 0.001 0.099 0.527 0.001 0.001 0.001 0.002 0.088 0.140 0.019 81 V 0.002 0.007 0.211 0.001 0.053 0.481 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.103 0.020 82 Q 0.004 0.013 0.221 0.001 0.038 0.459 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.163 0.028 83 K 0.001 0.012 0.559 0.001 0.022 0.240 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.112 0.026 84 E 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002