# TARGET YGR008C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR008C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.157 0.165 0.082 0.033 0.246 0.019 0.026 0.052 0.058 0.102 0.060 2 T 0.115 0.282 0.124 0.025 0.271 0.014 0.020 0.047 0.028 0.038 0.035 3 R 0.150 0.176 0.093 0.034 0.207 0.029 0.026 0.064 0.054 0.091 0.078 4 T 0.088 0.248 0.105 0.058 0.192 0.028 0.026 0.085 0.067 0.065 0.037 5 N 0.090 0.085 0.059 0.039 0.129 0.035 0.055 0.186 0.120 0.148 0.054 6 K 0.104 0.148 0.060 0.019 0.192 0.014 0.032 0.192 0.099 0.098 0.044 7 W 0.168 0.161 0.048 0.021 0.239 0.014 0.022 0.125 0.053 0.078 0.072 8 T 0.067 0.343 0.123 0.020 0.199 0.011 0.018 0.124 0.042 0.035 0.018 9 E 0.121 0.088 0.045 0.019 0.106 0.028 0.036 0.336 0.127 0.050 0.044 10 R 0.071 0.098 0.070 0.036 0.098 0.026 0.035 0.318 0.140 0.060 0.049 11 E 0.065 0.092 0.058 0.053 0.093 0.036 0.037 0.280 0.169 0.082 0.037 12 G 0.040 0.130 0.072 0.042 0.105 0.017 0.032 0.235 0.153 0.146 0.027 13 K 0.056 0.093 0.043 0.030 0.099 0.023 0.072 0.260 0.153 0.144 0.026 14 A 0.056 0.173 0.107 0.061 0.123 0.053 0.081 0.129 0.076 0.111 0.030 15 D 0.149 0.214 0.093 0.019 0.284 0.009 0.015 0.054 0.046 0.047 0.070 16 P 0.104 0.127 0.043 0.013 0.192 0.010 0.019 0.134 0.222 0.086 0.050 17 K 0.053 0.061 0.031 0.017 0.106 0.035 0.130 0.286 0.194 0.070 0.019 18 Y 0.172 0.101 0.022 0.010 0.246 0.018 0.037 0.106 0.092 0.132 0.064 19 F 0.194 0.157 0.031 0.016 0.363 0.008 0.016 0.048 0.034 0.066 0.067 20 S 0.139 0.138 0.083 0.037 0.256 0.026 0.037 0.065 0.052 0.097 0.070 21 H 0.146 0.157 0.110 0.066 0.218 0.038 0.042 0.078 0.041 0.050 0.054 22 T 0.070 0.119 0.083 0.095 0.100 0.042 0.060 0.082 0.073 0.208 0.067 23 G 0.041 0.108 0.134 0.230 0.079 0.085 0.049 0.055 0.045 0.124 0.049 24 N 0.115 0.114 0.086 0.063 0.188 0.050 0.051 0.100 0.077 0.102 0.054 25 Y 0.090 0.131 0.068 0.046 0.123 0.044 0.084 0.116 0.093 0.138 0.066 26 G 0.053 0.071 0.111 0.155 0.090 0.055 0.039 0.086 0.067 0.205 0.067 27 E 0.096 0.236 0.124 0.043 0.167 0.027 0.033 0.105 0.060 0.067 0.042 28 S 0.090 0.249 0.286 0.032 0.192 0.010 0.009 0.047 0.025 0.028 0.032 29 P 0.031 0.061 0.032 0.023 0.062 0.025 0.047 0.389 0.256 0.060 0.014 30 N 0.039 0.071 0.040 0.023 0.064 0.013 0.028 0.221 0.165 0.293 0.044 31 H 0.088 0.135 0.053 0.015 0.150 0.010 0.021 0.174 0.082 0.206 0.067 32 I 0.112 0.240 0.041 0.005 0.259 0.005 0.013 0.182 0.071 0.042 0.030 33 K 0.105 0.265 0.172 0.038 0.143 0.021 0.040 0.114 0.038 0.033 0.032 34 K 0.059 0.181 0.133 0.064 0.113 0.064 0.113 0.160 0.051 0.039 0.024 35 Q 0.059 0.160 0.098 0.105 0.097 0.042 0.042 0.088 0.067 0.170 0.072 36 G 0.053 0.083 0.143 0.209 0.072 0.047 0.027 0.050 0.042 0.199 0.075 37 S 0.065 0.174 0.110 0.104 0.123 0.065 0.079 0.086 0.049 0.102 0.043 38 G 0.065 0.123 0.150 0.150 0.103 0.085 0.056 0.072 0.042 0.100 0.053 39 K 0.083 0.157 0.116 0.094 0.124 0.059 0.061 0.071 0.054 0.114 0.064 40 G 0.058 0.087 0.121 0.211 0.098 0.065 0.028 0.040 0.047 0.146 0.100 41 N 0.136 0.093 0.068 0.045 0.185 0.028 0.040 0.090 0.102 0.150 0.063 42 W 0.073 0.130 0.103 0.044 0.128 0.032 0.068 0.130 0.092 0.156 0.044 43 G 0.052 0.139 0.180 0.140 0.093 0.047 0.045 0.084 0.052 0.114 0.054 44 K 0.038 0.171 0.296 0.135 0.071 0.057 0.037 0.088 0.039 0.045 0.021 45 P 0.044 0.172 0.096 0.038 0.092 0.060 0.119 0.206 0.074 0.070 0.027 46 G 0.045 0.046 0.042 0.042 0.049 0.022 0.016 0.092 0.104 0.439 0.103 47 D 0.062 0.213 0.125 0.048 0.150 0.026 0.033 0.180 0.062 0.069 0.031 48 E 0.067 0.194 0.069 0.010 0.109 0.009 0.018 0.317 0.099 0.075 0.033 49 I 0.064 0.045 0.016 0.008 0.082 0.009 0.016 0.491 0.171 0.072 0.026 50 D 0.027 0.044 0.019 0.020 0.038 0.020 0.038 0.556 0.169 0.054 0.016 51 D 0.023 0.059 0.035 0.007 0.062 0.006 0.026 0.593 0.120 0.056 0.014 52 L 0.029 0.042 0.011 0.006 0.066 0.011 0.033 0.637 0.099 0.055 0.011 53 I 0.084 0.085 0.042 0.017 0.097 0.020 0.049 0.401 0.095 0.069 0.042 54 D 0.039 0.087 0.079 0.041 0.083 0.045 0.075 0.368 0.104 0.063 0.016 55 N 0.024 0.254 0.096 0.078 0.055 0.022 0.069 0.208 0.085 0.088 0.020 56 G 0.027 0.104 0.090 0.053 0.055 0.029 0.021 0.066 0.050 0.414 0.090 57 E 0.106 0.240 0.114 0.026 0.176 0.015 0.036 0.099 0.057 0.083 0.049 58 I 0.113 0.311 0.222 0.021 0.192 0.005 0.007 0.043 0.019 0.032 0.035 59 P 0.029 0.470 0.161 0.026 0.146 0.019 0.031 0.071 0.029 0.009 0.009 60 P 0.150 0.171 0.056 0.005 0.271 0.007 0.015 0.168 0.095 0.028 0.034 61 V 0.091 0.037 0.021 0.016 0.118 0.033 0.120 0.287 0.119 0.113 0.046 62 F 0.126 0.177 0.049 0.028 0.211 0.029 0.039 0.136 0.076 0.090 0.039 63 K 0.101 0.165 0.082 0.039 0.193 0.021 0.024 0.130 0.086 0.109 0.050 64 K 0.087 0.150 0.061 0.033 0.161 0.019 0.038 0.155 0.124 0.112 0.059 65 D 0.090 0.226 0.116 0.032 0.182 0.017 0.038 0.104 0.078 0.078 0.040 66 R 0.117 0.122 0.102 0.042 0.150 0.030 0.060 0.161 0.078 0.084 0.053 67 R 0.036 0.156 0.092 0.095 0.079 0.089 0.120 0.162 0.068 0.078 0.024 68 G 0.034 0.074 0.131 0.207 0.058 0.065 0.024 0.098 0.065 0.179 0.065 69 S 0.084 0.145 0.072 0.033 0.143 0.043 0.062 0.193 0.106 0.080 0.040 70 N 0.118 0.074 0.050 0.028 0.149 0.015 0.024 0.170 0.109 0.180 0.083 71 L 0.097 0.119 0.045 0.017 0.157 0.015 0.030 0.257 0.109 0.112 0.042 72 Q 0.067 0.131 0.079 0.049 0.120 0.043 0.044 0.270 0.076 0.084 0.037 73 S 0.076 0.131 0.055 0.032 0.109 0.024 0.046 0.335 0.088 0.066 0.037 74 H 0.051 0.078 0.050 0.017 0.066 0.012 0.018 0.414 0.145 0.118 0.030 75 E 0.045 0.049 0.014 0.008 0.058 0.012 0.018 0.544 0.171 0.055 0.025 76 Q 0.063 0.094 0.032 0.013 0.106 0.012 0.024 0.493 0.101 0.036 0.027 77 K 0.034 0.079 0.034 0.009 0.053 0.008 0.023 0.503 0.132 0.106 0.018 78 F 0.058 0.047 0.015 0.007 0.076 0.006 0.011 0.481 0.194 0.084 0.021 79 E 0.008 0.042 0.016 0.018 0.019 0.029 0.061 0.620 0.164 0.018 0.005 80 N 0.064 0.022 0.013 0.009 0.064 0.009 0.026 0.403 0.134 0.210 0.047 81 V 0.069 0.064 0.024 0.012 0.094 0.013 0.024 0.403 0.171 0.091 0.033 82 Q 0.052 0.096 0.041 0.015 0.103 0.015 0.032 0.404 0.156 0.064 0.021 83 K 0.041 0.107 0.061 0.025 0.084 0.021 0.048 0.365 0.134 0.091 0.023 84 E 0.047 0.105 0.072 0.035 0.096 0.035 0.086 0.290 0.105 0.103 0.026