# TARGET YGR007W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YGR007W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 93 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.004 0.003 0.014 0.130 0.839 2 T 0.020 0.026 0.016 0.032 0.207 0.699 3 V 0.018 0.015 0.089 0.033 0.443 0.401 4 N 0.020 0.009 0.133 0.027 0.465 0.345 5 L 0.028 0.015 0.092 0.018 0.404 0.443 6 D 0.054 0.066 0.022 0.005 0.329 0.525 7 P 0.040 0.007 0.006 0.003 0.170 0.775 8 D 0.235 0.010 0.006 0.006 0.121 0.623 9 K 0.791 0.017 0.002 0.004 0.037 0.149 10 V 0.905 0.005 0.001 0.003 0.018 0.068 11 W 0.936 0.005 0.001 0.002 0.020 0.036 12 I 0.825 0.008 0.001 0.004 0.060 0.102 13 D 0.274 0.001 0.002 0.011 0.302 0.410 14 G 0.349 0.008 0.002 0.019 0.305 0.316 15 C 0.603 0.057 0.003 0.042 0.130 0.166 16 F 0.685 0.037 0.009 0.074 0.094 0.100 17 D 0.525 0.021 0.045 0.123 0.168 0.118 18 F 0.364 0.020 0.143 0.139 0.219 0.115 19 T 0.179 0.018 0.118 0.159 0.271 0.254 20 H 0.054 0.009 0.042 0.144 0.295 0.455 21 H 0.003 0.003 0.069 0.222 0.378 0.324 22 G 0.001 0.001 0.241 0.583 0.127 0.048 23 H 0.001 0.001 0.148 0.797 0.046 0.008 24 A 0.001 0.001 0.014 0.977 0.008 0.001 25 G 0.001 0.001 0.004 0.990 0.005 0.001 26 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.002 29 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.002 30 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.011 0.008 31 R 0.001 0.001 0.009 0.942 0.024 0.023 32 R 0.001 0.001 0.020 0.887 0.051 0.040 33 T 0.003 0.003 0.026 0.766 0.112 0.090 34 V 0.010 0.004 0.065 0.250 0.382 0.289 35 S 0.042 0.009 0.055 0.100 0.455 0.339 36 K 0.065 0.020 0.028 0.027 0.666 0.193 37 E 0.051 0.018 0.022 0.018 0.656 0.234 38 N 0.057 0.002 0.010 0.004 0.537 0.391 39 G 0.421 0.005 0.005 0.003 0.315 0.251 40 K 0.931 0.007 0.001 0.001 0.016 0.045 41 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 42 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 43 C 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 44 G 0.921 0.001 0.001 0.001 0.018 0.058 45 V 0.758 0.006 0.002 0.001 0.057 0.177 46 H 0.377 0.015 0.002 0.001 0.137 0.468 47 T 0.109 0.023 0.003 0.004 0.175 0.687 48 D 0.014 0.005 0.044 0.206 0.475 0.257 49 E 0.001 0.001 0.124 0.752 0.117 0.007 50 D 0.001 0.001 0.126 0.755 0.111 0.006 51 I 0.002 0.001 0.097 0.829 0.065 0.006 52 Q 0.005 0.001 0.055 0.832 0.073 0.035 53 H 0.017 0.008 0.070 0.587 0.207 0.110 54 N 0.023 0.022 0.052 0.130 0.570 0.203 55 K 0.019 0.007 0.009 0.013 0.632 0.320 56 G 0.017 0.007 0.014 0.004 0.635 0.324 57 T 0.105 0.024 0.010 0.003 0.512 0.346 58 P 0.429 0.031 0.007 0.003 0.181 0.349 59 V 0.485 0.043 0.003 0.003 0.085 0.380 60 M 0.251 0.068 0.001 0.003 0.074 0.602 61 N 0.047 0.009 0.001 0.016 0.073 0.854 62 S 0.001 0.001 0.027 0.943 0.019 0.011 63 S 0.001 0.001 0.022 0.953 0.020 0.004 64 E 0.001 0.001 0.019 0.958 0.018 0.004 65 R 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 66 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 67 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.008 0.003 68 H 0.001 0.001 0.002 0.987 0.008 0.003 69 T 0.001 0.001 0.003 0.987 0.007 0.002 70 R 0.001 0.001 0.005 0.970 0.014 0.010 71 S 0.001 0.001 0.006 0.943 0.016 0.034 72 N 0.004 0.001 0.007 0.932 0.019 0.037 73 R 0.012 0.001 0.014 0.822 0.072 0.077 74 W 0.040 0.006 0.036 0.713 0.099 0.106 75 C 0.164 0.011 0.046 0.467 0.195 0.117 76 S 0.202 0.005 0.048 0.350 0.259 0.136 77 E 0.323 0.007 0.027 0.276 0.213 0.154 78 V 0.284 0.031 0.021 0.232 0.221 0.210 79 V 0.297 0.066 0.015 0.144 0.307 0.170 80 E 0.135 0.019 0.016 0.080 0.406 0.343 81 A 0.021 0.011 0.015 0.028 0.520 0.405 82 A 0.010 0.015 0.020 0.014 0.753 0.189 83 P 0.013 0.017 0.040 0.018 0.605 0.307 84 Y 0.015 0.014 0.060 0.042 0.653 0.217 85 V 0.033 0.017 0.032 0.054 0.456 0.408 86 T 0.087 0.079 0.016 0.083 0.206 0.529 87 D 0.030 0.018 0.018 0.232 0.181 0.521 88 P 0.001 0.001 0.053 0.878 0.043 0.024 89 N 0.001 0.001 0.047 0.906 0.037 0.008 90 W 0.001 0.001 0.043 0.937 0.018 0.002 91 M 0.001 0.001 0.023 0.957 0.015 0.004 92 D 0.001 0.001 0.033 0.941 0.020 0.005 93 K 0.002 0.001 0.030 0.884 0.060 0.024 94 Y 0.005 0.001 0.022 0.466 0.183 0.323 95 Q 0.007 0.003 0.008 0.016 0.212 0.753 96 C 0.082 0.004 0.015 0.012 0.272 0.616 97 Q 0.545 0.006 0.022 0.011 0.169 0.247 98 Y 0.956 0.004 0.003 0.003 0.013 0.020 99 V 0.978 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 100 V 0.945 0.005 0.002 0.004 0.011 0.033 101 H 0.594 0.005 0.011 0.009 0.107 0.275 102 G 0.103 0.005 0.027 0.007 0.442 0.416 103 D 0.040 0.009 0.048 0.013 0.497 0.394 104 D 0.066 0.042 0.048 0.016 0.455 0.373 105 I 0.108 0.041 0.051 0.040 0.387 0.372 106 T 0.105 0.018 0.044 0.054 0.291 0.488 107 I 0.176 0.061 0.077 0.085 0.333 0.267 108 D 0.068 0.025 0.035 0.056 0.661 0.155 109 A 0.048 0.010 0.044 0.070 0.700 0.128 110 N 0.030 0.008 0.023 0.068 0.710 0.162 111 G 0.038 0.011 0.022 0.125 0.635 0.170 112 E 0.050 0.016 0.013 0.321 0.239 0.360 113 D 0.110 0.063 0.020 0.466 0.098 0.244 114 C 0.208 0.025 0.022 0.509 0.063 0.172 115 Y 0.048 0.003 0.025 0.848 0.030 0.047 116 K 0.043 0.002 0.026 0.895 0.021 0.013 117 L 0.028 0.001 0.017 0.929 0.017 0.008 118 V 0.032 0.001 0.027 0.902 0.029 0.011 119 K 0.025 0.001 0.027 0.875 0.053 0.019 120 E 0.028 0.003 0.033 0.812 0.088 0.035 121 M 0.040 0.005 0.018 0.402 0.278 0.256 122 G 0.010 0.001 0.004 0.010 0.259 0.716 123 R 0.235 0.007 0.006 0.005 0.241 0.507 124 F 0.824 0.014 0.002 0.002 0.066 0.092 125 K 0.911 0.002 0.001 0.002 0.033 0.051 126 V 0.937 0.003 0.001 0.001 0.015 0.044 127 V 0.810 0.005 0.001 0.002 0.035 0.146 128 K 0.607 0.004 0.002 0.005 0.096 0.284 129 R 0.380 0.027 0.004 0.010 0.195 0.384 130 T 0.209 0.077 0.008 0.010 0.494 0.201 131 Y 0.108 0.010 0.007 0.011 0.607 0.257 132 G 0.048 0.006 0.008 0.024 0.692 0.223 133 V 0.129 0.071 0.008 0.083 0.433 0.276 134 S 0.138 0.173 0.005 0.177 0.106 0.401 135 T 0.021 0.004 0.009 0.878 0.026 0.062 136 T 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.006 137 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 138 I 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 139 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 140 H 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 141 R 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 142 I 0.001 0.001 0.006 0.978 0.009 0.006 143 L 0.003 0.003 0.016 0.955 0.016 0.007 144 T 0.011 0.004 0.029 0.872 0.055 0.029 145 K 0.028 0.005 0.040 0.648 0.191 0.088 146 K 0.027 0.007 0.020 0.285 0.399 0.262 147 S 0.017 0.006 0.015 0.063 0.561 0.337 148 L 0.060 0.020 0.035 0.046 0.640 0.199 149 P 0.130 0.027 0.063 0.075 0.411 0.294 150 P 0.192 0.050 0.073 0.067 0.358 0.260 151 T 0.124 0.021 0.033 0.040 0.383 0.399 152 H 0.087 0.021 0.030 0.025 0.456 0.381 153 P 0.021 0.007 0.210 0.072 0.552 0.138 154 D 0.025 0.011 0.311 0.082 0.444 0.128 155 Y 0.053 0.015 0.315 0.090 0.388 0.139 156 Y 0.122 0.017 0.071 0.084 0.368 0.339 157 P 0.168 0.048 0.029 0.101 0.248 0.405 158 T 0.136 0.045 0.028 0.128 0.275 0.387 159 T 0.058 0.010 0.244 0.221 0.313 0.153 160 Q 0.037 0.009 0.278 0.176 0.340 0.159 161 E 0.037 0.005 0.319 0.214 0.303 0.122 162 L 0.047 0.016 0.110 0.243 0.327 0.257 163 S 0.037 0.010 0.016 0.055 0.234 0.647 164 F 0.084 0.023 0.028 0.078 0.242 0.547 165 Y 0.117 0.021 0.034 0.104 0.238 0.487 166 S 0.115 0.020 0.117 0.242 0.258 0.249 167 V 0.084 0.011 0.132 0.287 0.263 0.222 168 A 0.086 0.009 0.137 0.268 0.288 0.212 169 Q 0.058 0.011 0.107 0.278 0.306 0.241 170 D 0.065 0.013 0.052 0.149 0.339 0.383 171 A 0.086 0.016 0.062 0.124 0.356 0.355 172 V 0.137 0.023 0.048 0.101 0.349 0.342 173 S 0.161 0.016 0.056 0.101 0.373 0.293 174 K 0.161 0.019 0.065 0.129 0.344 0.281 175 H 0.175 0.015 0.085 0.123 0.378 0.225 176 C 0.179 0.008 0.084 0.107 0.405 0.217 177 Y 0.224 0.009 0.065 0.162 0.321 0.219 178 V 0.384 0.031 0.025 0.147 0.190 0.223 179 F 0.384 0.014 0.021 0.160 0.198 0.222 180 Q 0.309 0.008 0.024 0.230 0.200 0.229 181 R 0.309 0.015 0.028 0.267 0.198 0.183 182 D 0.344 0.009 0.024 0.229 0.191 0.203 183 L 0.449 0.013 0.022 0.227 0.127 0.162 184 D 0.459 0.017 0.018 0.252 0.099 0.155 185 N 0.454 0.011 0.020 0.304 0.083 0.128 186 V 0.384 0.007 0.041 0.384 0.091 0.092 187 L 0.388 0.010 0.053 0.356 0.113 0.081 188 V 0.321 0.013 0.070 0.371 0.146 0.078 189 N 0.206 0.005 0.058 0.229 0.312 0.189 190 G 0.095 0.007 0.026 0.050 0.423 0.398 191 G 0.134 0.029 0.015 0.015 0.303 0.505 192 Y 0.158 0.042 0.007 0.004 0.232 0.557 193 K 0.085 0.056 0.008 0.003 0.213 0.636 194 F 0.055 0.051 0.020 0.003 0.651 0.219 195 D 0.028 0.006 0.113 0.010 0.760 0.084 196 A 0.048 0.006 0.080 0.005 0.766 0.094 197 E 0.258 0.027 0.029 0.004 0.547 0.135 198 D 0.533 0.010 0.004 0.004 0.102 0.347 199 C 0.892 0.017 0.001 0.003 0.018 0.069 200 V 0.944 0.005 0.001 0.003 0.014 0.033 201 Y 0.922 0.008 0.001 0.004 0.022 0.043 202 V 0.692 0.012 0.003 0.014 0.079 0.200 203 D 0.181 0.002 0.004 0.013 0.206 0.594 204 G 0.080 0.007 0.007 0.025 0.338 0.543 205 D 0.125 0.021 0.009 0.027 0.301 0.517 206 F 0.366 0.029 0.019 0.053 0.216 0.317 207 D 0.395 0.014 0.041 0.067 0.216 0.268 208 L 0.523 0.027 0.074 0.064 0.197 0.115 209 F 0.435 0.017 0.058 0.075 0.241 0.174 210 H 0.186 0.014 0.037 0.071 0.348 0.345 211 M 0.029 0.008 0.099 0.257 0.442 0.164 212 G 0.007 0.007 0.156 0.352 0.348 0.131 213 D 0.005 0.007 0.103 0.666 0.156 0.064 214 I 0.001 0.001 0.019 0.944 0.024 0.011 215 D 0.001 0.001 0.009 0.974 0.010 0.006 216 Q 0.001 0.001 0.007 0.983 0.007 0.002 217 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.008 0.003 218 R 0.001 0.001 0.002 0.976 0.013 0.007 219 K 0.001 0.001 0.003 0.977 0.013 0.007 220 L 0.001 0.001 0.003 0.967 0.017 0.012 221 K 0.001 0.001 0.019 0.907 0.044 0.027 222 M 0.002 0.001 0.028 0.833 0.075 0.061 223 D 0.003 0.002 0.034 0.648 0.145 0.168 224 L 0.007 0.017 0.032 0.303 0.228 0.413 225 H 0.011 0.010 0.031 0.044 0.658 0.248 226 P 0.014 0.008 0.058 0.018 0.727 0.175 227 D 0.013 0.002 0.022 0.003 0.753 0.206 228 K 0.152 0.004 0.021 0.003 0.566 0.254 229 K 0.783 0.008 0.002 0.001 0.068 0.138 230 L 0.945 0.004 0.001 0.001 0.015 0.034 231 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 232 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 233 G 0.963 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 234 I 0.912 0.004 0.001 0.001 0.026 0.057 235 T 0.722 0.013 0.003 0.001 0.144 0.117 236 T 0.337 0.032 0.006 0.002 0.368 0.255 237 S 0.050 0.006 0.018 0.004 0.837 0.085 238 D 0.022 0.003 0.125 0.018 0.784 0.048 239 Y 0.139 0.016 0.071 0.019 0.634 0.121 240 S 0.356 0.023 0.024 0.011 0.388 0.197 241 S 0.527 0.019 0.004 0.004 0.093 0.354 242 T 0.697 0.036 0.003 0.003 0.059 0.202 243 I 0.753 0.014 0.005 0.006 0.062 0.160 244 M 0.718 0.013 0.004 0.007 0.063 0.194 245 T 0.540 0.017 0.004 0.019 0.114 0.306 246 M 0.053 0.002 0.122 0.601 0.179 0.043 247 K 0.012 0.001 0.172 0.627 0.167 0.021 248 E 0.017 0.002 0.143 0.619 0.196 0.024 249 R 0.030 0.005 0.045 0.714 0.119 0.088 250 V 0.049 0.005 0.010 0.769 0.066 0.101 251 L 0.100 0.004 0.015 0.711 0.077 0.093 252 S 0.151 0.004 0.020 0.700 0.045 0.079 253 V 0.100 0.002 0.070 0.751 0.046 0.031 254 L 0.070 0.002 0.119 0.725 0.055 0.029 255 S 0.084 0.004 0.104 0.709 0.058 0.041 256 C 0.185 0.005 0.123 0.494 0.120 0.072 257 K 0.205 0.006 0.088 0.365 0.202 0.134 258 Y 0.293 0.017 0.066 0.198 0.254 0.172 259 V 0.213 0.009 0.030 0.204 0.340 0.205 260 D 0.223 0.006 0.037 0.156 0.379 0.200 261 A 0.450 0.009 0.041 0.188 0.222 0.090 262 V 0.544 0.011 0.045 0.206 0.130 0.064 263 I 0.680 0.014 0.020 0.140 0.097 0.049 264 I 0.541 0.007 0.016 0.140 0.135 0.162 265 D 0.152 0.012 0.004 0.031 0.218 0.582 266 A 0.047 0.026 0.002 0.011 0.322 0.592 267 D 0.046 0.006 0.006 0.014 0.288 0.639 268 A 0.121 0.022 0.078 0.084 0.371 0.324 269 T 0.221 0.042 0.055 0.091 0.321 0.269 270 S 0.231 0.019 0.053 0.109 0.257 0.331 271 M 0.137 0.011 0.090 0.077 0.374 0.311 272 S 0.073 0.010 0.229 0.094 0.398 0.196 273 Q 0.146 0.009 0.275 0.100 0.333 0.137 274 Y 0.359 0.016 0.120 0.086 0.279 0.140 275 N 0.405 0.027 0.060 0.077 0.227 0.203 276 C 0.359 0.022 0.100 0.083 0.266 0.170 277 E 0.271 0.009 0.119 0.112 0.309 0.179 278 K 0.300 0.009 0.140 0.104 0.298 0.150 279 Y 0.233 0.008 0.082 0.092 0.363 0.222 280 H 0.347 0.015 0.036 0.036 0.291 0.275 281 I 0.474 0.011 0.024 0.040 0.240 0.211 282 G 0.513 0.007 0.028 0.054 0.206 0.193 283 T 0.794 0.008 0.011 0.058 0.067 0.062 284 A 0.811 0.011 0.008 0.071 0.050 0.049 285 V 0.734 0.008 0.007 0.098 0.061 0.092 286 L 0.456 0.006 0.033 0.125 0.186 0.194 287 T 0.211 0.011 0.044 0.122 0.283 0.328 288 A 0.138 0.019 0.058 0.162 0.307 0.316 289 A 0.142 0.018 0.076 0.138 0.349 0.277 290 G 0.093 0.008 0.129 0.175 0.372 0.224 291 K 0.092 0.012 0.159 0.196 0.352 0.190 292 F 0.110 0.010 0.136 0.263 0.328 0.153 293 S 0.137 0.012 0.140 0.228 0.334 0.148 294 E 0.160 0.006 0.100 0.268 0.284 0.181 295 Y 0.297 0.012 0.041 0.242 0.214 0.194 296 L 0.331 0.019 0.013 0.219 0.162 0.256 297 T 0.316 0.024 0.006 0.177 0.114 0.363 298 K 0.079 0.003 0.023 0.792 0.050 0.053 299 E 0.025 0.001 0.019 0.922 0.016 0.016 300 L 0.027 0.001 0.015 0.939 0.009 0.009 301 I 0.020 0.001 0.007 0.961 0.004 0.007 302 V 0.015 0.001 0.003 0.976 0.002 0.003 303 K 0.023 0.001 0.006 0.965 0.003 0.002 304 R 0.021 0.001 0.010 0.954 0.007 0.008 305 V 0.034 0.001 0.007 0.911 0.018 0.029 306 E 0.018 0.001 0.007 0.927 0.029 0.019 307 S 0.006 0.001 0.007 0.874 0.062 0.050 308 Q 0.008 0.003 0.006 0.649 0.100 0.235 309 R 0.002 0.001 0.004 0.940 0.024 0.029 310 E 0.001 0.001 0.003 0.966 0.018 0.011 311 V 0.001 0.001 0.003 0.976 0.013 0.006 312 Y 0.001 0.001 0.004 0.964 0.019 0.011 313 I 0.001 0.001 0.005 0.948 0.029 0.016 314 A 0.001 0.001 0.003 0.956 0.024 0.016 315 R 0.001 0.001 0.004 0.926 0.030 0.037 316 N 0.003 0.003 0.008 0.865 0.043 0.077 317 Q 0.005 0.003 0.022 0.812 0.066 0.092 318 K 0.006 0.003 0.043 0.667 0.124 0.157 319 K 0.028 0.007 0.053 0.452 0.186 0.274 320 G 0.038 0.009 0.031 0.292 0.159 0.471 321 M 0.048 0.024 0.013 0.147 0.137 0.631 322 S 0.029 0.015 0.006 0.123 0.064 0.764 323 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.986