# TARGET YEL010W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YEL010W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.148 0.092 0.075 0.121 0.057 0.075 0.131 0.087 0.100 0.041 2 G 0.066 0.145 0.140 0.096 0.123 0.039 0.029 0.104 0.071 0.132 0.054 3 K 0.114 0.150 0.077 0.024 0.175 0.022 0.045 0.146 0.099 0.098 0.051 4 Y 0.170 0.148 0.059 0.020 0.222 0.017 0.021 0.106 0.082 0.087 0.068 5 S 0.069 0.150 0.067 0.038 0.167 0.037 0.055 0.199 0.115 0.075 0.028 6 S 0.154 0.080 0.023 0.014 0.168 0.014 0.026 0.129 0.127 0.193 0.072 7 C 0.153 0.201 0.058 0.020 0.306 0.013 0.015 0.079 0.051 0.057 0.047 8 R 0.155 0.203 0.061 0.010 0.283 0.012 0.030 0.099 0.045 0.053 0.047 9 I 0.286 0.078 0.022 0.016 0.253 0.014 0.018 0.088 0.060 0.072 0.093 10 S 0.027 0.128 0.068 0.116 0.086 0.149 0.169 0.161 0.050 0.037 0.009 11 N 0.224 0.063 0.022 0.015 0.244 0.011 0.022 0.093 0.044 0.163 0.099 12 I 0.229 0.149 0.017 0.009 0.481 0.006 0.007 0.033 0.011 0.019 0.038 13 F 0.189 0.107 0.011 0.003 0.634 0.003 0.005 0.015 0.004 0.006 0.025 14 I 0.286 0.092 0.009 0.001 0.567 0.002 0.003 0.012 0.002 0.002 0.024 15 V 0.364 0.080 0.013 0.008 0.403 0.015 0.012 0.029 0.007 0.012 0.057 16 I 0.267 0.088 0.025 0.026 0.290 0.021 0.014 0.060 0.036 0.053 0.119 17 S 0.067 0.277 0.125 0.056 0.177 0.031 0.039 0.120 0.052 0.033 0.024 18 K 0.143 0.160 0.063 0.013 0.218 0.013 0.028 0.117 0.058 0.114 0.074 19 I 0.142 0.168 0.055 0.027 0.230 0.045 0.047 0.136 0.060 0.046 0.046 20 N 0.101 0.167 0.124 0.069 0.130 0.034 0.044 0.147 0.076 0.064 0.043 21 E 0.050 0.082 0.075 0.042 0.078 0.037 0.061 0.283 0.166 0.098 0.029 22 E 0.047 0.151 0.054 0.040 0.094 0.057 0.099 0.224 0.120 0.086 0.028 23 N 0.067 0.114 0.065 0.052 0.112 0.035 0.044 0.107 0.063 0.267 0.075 24 S 0.180 0.161 0.033 0.011 0.318 0.011 0.030 0.096 0.040 0.072 0.048 25 I 0.324 0.102 0.014 0.005 0.444 0.004 0.005 0.028 0.012 0.014 0.049 26 Y 0.119 0.251 0.043 0.008 0.496 0.009 0.011 0.035 0.006 0.007 0.015 27 L 0.498 0.038 0.005 0.001 0.354 0.002 0.003 0.023 0.005 0.008 0.063 28 V 0.159 0.158 0.032 0.044 0.350 0.057 0.041 0.092 0.023 0.014 0.029 29 S 0.237 0.139 0.029 0.006 0.447 0.006 0.009 0.057 0.016 0.013 0.041 30 L 0.220 0.087 0.018 0.012 0.310 0.021 0.029 0.175 0.053 0.029 0.048 31 Y 0.216 0.077 0.019 0.017 0.250 0.023 0.042 0.155 0.061 0.065 0.076 32 Y 0.134 0.152 0.054 0.027 0.231 0.028 0.035 0.165 0.077 0.048 0.050 33 S 0.139 0.120 0.046 0.021 0.193 0.018 0.047 0.196 0.088 0.082 0.051 34 F 0.106 0.137 0.053 0.029 0.164 0.026 0.040 0.178 0.113 0.108 0.045 35 S 0.105 0.135 0.054 0.032 0.174 0.025 0.045 0.209 0.102 0.076 0.043 36 T 0.067 0.124 0.062 0.034 0.128 0.031 0.055 0.285 0.119 0.072 0.024 37 K 0.095 0.093 0.042 0.021 0.147 0.022 0.054 0.245 0.105 0.121 0.056 38 C 0.197 0.132 0.031 0.014 0.269 0.013 0.017 0.138 0.071 0.061 0.056 39 R 0.062 0.156 0.067 0.027 0.154 0.027 0.052 0.260 0.102 0.068 0.026 40 A 0.249 0.102 0.024 0.007 0.271 0.007 0.019 0.141 0.054 0.063 0.062 41 I 0.113 0.226 0.058 0.033 0.277 0.028 0.032 0.121 0.049 0.035 0.027 42 S 0.180 0.179 0.054 0.012 0.328 0.008 0.015 0.067 0.039 0.059 0.060 43 M 0.125 0.173 0.072 0.024 0.227 0.015 0.028 0.130 0.091 0.072 0.043 44 Q 0.087 0.175 0.082 0.029 0.157 0.031 0.076 0.146 0.085 0.090 0.042 45 E 0.109 0.250 0.201 0.040 0.223 0.014 0.015 0.053 0.030 0.030 0.035 46 P 0.027 0.103 0.053 0.064 0.063 0.097 0.157 0.218 0.145 0.056 0.017 47 G 0.069 0.079 0.084 0.047 0.089 0.022 0.020 0.075 0.101 0.321 0.094 48 I 0.155 0.187 0.048 0.011 0.236 0.010 0.016 0.076 0.071 0.118 0.072 49 S 0.097 0.188 0.134 0.037 0.190 0.025 0.027 0.100 0.066 0.084 0.052 50 S 0.040 0.113 0.080 0.053 0.079 0.034 0.046 0.260 0.176 0.095 0.025 51 D 0.061 0.071 0.037 0.024 0.084 0.017 0.027 0.241 0.183 0.207 0.048 52 S 0.049 0.099 0.030 0.016 0.093 0.017 0.029 0.300 0.209 0.123 0.034 53 K 0.041 0.065 0.029 0.011 0.078 0.014 0.060 0.453 0.145 0.084 0.019 54 F 0.091 0.071 0.019 0.008 0.099 0.008 0.030 0.373 0.137 0.123 0.040 55 F 0.089 0.100 0.025 0.013 0.153 0.017 0.026 0.355 0.108 0.068 0.045 56 S 0.067 0.083 0.028 0.011 0.139 0.014 0.038 0.492 0.079 0.032 0.016 57 L 0.157 0.040 0.011 0.007 0.181 0.007 0.022 0.402 0.081 0.056 0.035 58 F 0.115 0.086 0.012 0.011 0.288 0.014 0.022 0.342 0.069 0.022 0.020 59 L 0.150 0.099 0.018 0.005 0.345 0.006 0.019 0.272 0.041 0.019 0.024 60 I 0.139 0.072 0.015 0.006 0.259 0.013 0.048 0.320 0.052 0.042 0.035 61 I 0.232 0.054 0.012 0.016 0.215 0.021 0.033 0.208 0.073 0.060 0.077 62 R 0.029 0.185 0.074 0.051 0.123 0.070 0.102 0.260 0.070 0.027 0.009 63 K 0.252 0.067 0.014 0.004 0.247 0.005 0.018 0.118 0.059 0.111 0.106 64 V 0.134 0.235 0.047 0.018 0.308 0.029 0.022 0.090 0.048 0.031 0.038 65 S 0.171 0.141 0.046 0.011 0.256 0.011 0.030 0.174 0.053 0.040 0.067 66 V 0.088 0.133 0.065 0.021 0.109 0.015 0.019 0.224 0.128 0.143 0.055 67 A 0.051 0.124 0.044 0.034 0.118 0.021 0.028 0.302 0.175 0.078 0.024 68 S 0.018 0.075 0.049 0.034 0.045 0.034 0.067 0.472 0.164 0.033 0.010 69 D 0.039 0.033 0.023 0.014 0.041 0.014 0.055 0.328 0.141 0.264 0.047 70 C 0.095 0.078 0.019 0.007 0.134 0.008 0.015 0.321 0.168 0.106 0.049 71 R 0.023 0.060 0.022 0.011 0.046 0.016 0.044 0.524 0.192 0.047 0.015 72 Q 0.046 0.074 0.027 0.009 0.082 0.011 0.056 0.456 0.126 0.094 0.018 73 L 0.079 0.056 0.020 0.014 0.096 0.021 0.054 0.414 0.135 0.080 0.031 74 Y 0.065 0.110 0.042 0.021 0.133 0.021 0.036 0.344 0.133 0.061 0.033 75 E 0.108 0.084 0.037 0.014 0.142 0.013 0.029 0.272 0.125 0.116 0.060 76 C 0.073 0.136 0.051 0.019 0.165 0.019 0.040 0.267 0.110 0.091 0.029 77 K 0.054 0.144 0.056 0.020 0.119 0.019 0.045 0.315 0.137 0.065 0.025 78 K 0.065 0.098 0.067 0.038 0.090 0.039 0.066 0.262 0.118 0.119 0.039 79 S 0.040 0.168 0.092 0.054 0.086 0.042 0.073 0.238 0.099 0.086 0.022 80 N 0.072 0.087 0.052 0.033 0.090 0.023 0.023 0.210 0.126 0.221 0.065 81 E 0.032 0.100 0.044 0.029 0.068 0.044 0.054 0.394 0.143 0.068 0.025 82 N 0.077 0.081 0.040 0.010 0.120 0.006 0.016 0.388 0.099 0.109 0.054 83 I 0.020 0.041 0.014 0.004 0.026 0.003 0.008 0.663 0.171 0.043 0.008 84 W 0.012 0.016 0.006 0.004 0.021 0.005 0.010 0.764 0.141 0.017 0.005 85 E 0.009 0.014 0.006 0.004 0.015 0.004 0.017 0.821 0.099 0.008 0.005 86 Y 0.009 0.007 0.005 0.004 0.011 0.007 0.026 0.772 0.102 0.052 0.006 87 F 0.019 0.028 0.008 0.003 0.031 0.003 0.009 0.707 0.140 0.042 0.009 88 K 0.009 0.023 0.009 0.007 0.016 0.010 0.023 0.712 0.145 0.040 0.005 89 R 0.011 0.043 0.025 0.011 0.029 0.015 0.054 0.641 0.105 0.056 0.010 90 R 0.042 0.040 0.019 0.009 0.050 0.010 0.040 0.578 0.122 0.068 0.023 91 L 0.039 0.073 0.019 0.006 0.075 0.010 0.027 0.520 0.156 0.056 0.019 92 E 0.038 0.033 0.010 0.008 0.056 0.013 0.032 0.534 0.178 0.076 0.023 93 T 0.033 0.102 0.045 0.017 0.077 0.021 0.050 0.448 0.135 0.058 0.014 94 R 0.062 0.089 0.031 0.009 0.113 0.010 0.036 0.379 0.130 0.108 0.032 95 L 0.101 0.061 0.018 0.010 0.115 0.016 0.026 0.326 0.175 0.106 0.045 96 S 0.021 0.072 0.045 0.029 0.064 0.034 0.065 0.477 0.140 0.045 0.009 97 S 0.061 0.046 0.019 0.009 0.069 0.009 0.036 0.412 0.166 0.142 0.030 98 F 0.092 0.122 0.035 0.013 0.176 0.008 0.015 0.274 0.123 0.102 0.040 99 S 0.068 0.104 0.024 0.008 0.182 0.010 0.038 0.432 0.087 0.028 0.018 100 I 0.175 0.077 0.014 0.004 0.289 0.007 0.019 0.306 0.055 0.027 0.028 101 I 0.182 0.070 0.017 0.015 0.243 0.025 0.041 0.293 0.051 0.026 0.037 102 L 0.124 0.073 0.024 0.017 0.180 0.019 0.024 0.300 0.130 0.062 0.046 103 S 0.048 0.126 0.043 0.025 0.114 0.019 0.044 0.309 0.182 0.065 0.026 104 A 0.083 0.100 0.032 0.011 0.157 0.014 0.073 0.294 0.127 0.081 0.029 105 V 0.099 0.110 0.045 0.020 0.146 0.034 0.093 0.154 0.089 0.157 0.053 106 F 0.116 0.241 0.154 0.044 0.237 0.011 0.010 0.067 0.041 0.041 0.037 107 P 0.012 0.080 0.043 0.027 0.034 0.037 0.083 0.423 0.221 0.034 0.006 108 D 0.037 0.038 0.022 0.008 0.054 0.011 0.060 0.357 0.212 0.168 0.032 109 V 0.115 0.119 0.019 0.005 0.221 0.008 0.031 0.279 0.102 0.069 0.032 110 L 0.164 0.072 0.013 0.009 0.235 0.017 0.041 0.275 0.077 0.052 0.045 111 F 0.168 0.094 0.024 0.020 0.288 0.018 0.021 0.204 0.071 0.049 0.044 112 T 0.150 0.103 0.026 0.014 0.290 0.018 0.043 0.213 0.072 0.034 0.039 113 F 0.187 0.115 0.026 0.009 0.337 0.010 0.026 0.143 0.054 0.040 0.054 114 L 0.147 0.104 0.027 0.015 0.241 0.021 0.058 0.175 0.075 0.075 0.062 115 F 0.110 0.154 0.067 0.034 0.202 0.027 0.038 0.123 0.077 0.112 0.056 116 S 0.075 0.188 0.111 0.046 0.169 0.030 0.049 0.138 0.080 0.080 0.034