# TARGET YEL009C # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YEL009C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 323 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 S 0.061 0.044 0.011 0.064 0.008 0.054 0.758 3 E 0.039 0.018 0.026 0.087 0.294 0.126 0.409 4 Y 0.031 0.010 0.048 0.142 0.228 0.131 0.411 5 Q 0.043 0.010 0.084 0.181 0.143 0.205 0.335 6 P 0.044 0.011 0.119 0.180 0.157 0.191 0.297 7 S 0.053 0.027 0.120 0.175 0.170 0.108 0.347 8 L 0.051 0.028 0.100 0.199 0.152 0.128 0.341 9 F 0.043 0.025 0.088 0.171 0.150 0.206 0.317 10 A 0.029 0.024 0.072 0.116 0.140 0.193 0.427 11 L 0.019 0.017 0.089 0.120 0.199 0.207 0.348 12 N 0.018 0.020 0.108 0.125 0.185 0.196 0.347 13 P 0.014 0.016 0.182 0.148 0.192 0.199 0.250 14 M 0.019 0.014 0.163 0.127 0.145 0.255 0.277 15 G 0.020 0.026 0.163 0.120 0.126 0.225 0.320 16 F 0.023 0.042 0.112 0.137 0.232 0.109 0.344 17 S 0.024 0.018 0.126 0.138 0.141 0.160 0.392 18 P 0.019 0.016 0.136 0.136 0.124 0.364 0.206 19 L 0.017 0.032 0.130 0.109 0.152 0.238 0.324 20 D 0.022 0.029 0.110 0.094 0.191 0.214 0.341 21 G 0.021 0.014 0.100 0.078 0.143 0.399 0.246 22 S 0.028 0.028 0.138 0.068 0.189 0.253 0.295 23 K 0.051 0.051 0.113 0.081 0.205 0.152 0.347 24 S 0.071 0.053 0.088 0.079 0.154 0.194 0.362 25 T 0.052 0.038 0.077 0.069 0.207 0.203 0.355 26 N 0.038 0.032 0.058 0.044 0.196 0.176 0.457 27 E 0.042 0.021 0.089 0.057 0.184 0.294 0.311 28 N 0.042 0.018 0.093 0.048 0.198 0.375 0.227 29 V 0.049 0.028 0.117 0.059 0.245 0.188 0.315 30 S 0.080 0.037 0.095 0.068 0.180 0.143 0.397 31 A 0.107 0.035 0.097 0.082 0.153 0.202 0.325 32 S 0.124 0.044 0.069 0.065 0.190 0.131 0.376 33 T 0.103 0.057 0.042 0.061 0.179 0.069 0.488 34 S 0.082 0.029 0.048 0.078 0.124 0.118 0.521 35 T 0.044 0.011 0.095 0.098 0.106 0.379 0.266 36 A 0.043 0.017 0.128 0.077 0.164 0.320 0.250 37 K 0.071 0.027 0.114 0.083 0.230 0.142 0.332 38 P 0.093 0.051 0.073 0.099 0.179 0.120 0.385 39 M 0.073 0.036 0.056 0.097 0.193 0.114 0.431 40 V 0.052 0.026 0.047 0.090 0.150 0.150 0.486 41 G 0.027 0.012 0.153 0.286 0.121 0.150 0.251 42 Q 0.020 0.008 0.300 0.344 0.077 0.128 0.123 43 L 0.027 0.008 0.290 0.347 0.072 0.147 0.108 44 I 0.032 0.017 0.219 0.365 0.074 0.147 0.146 45 F 0.041 0.022 0.112 0.322 0.115 0.160 0.229 46 D 0.046 0.012 0.112 0.263 0.111 0.194 0.262 47 K 0.057 0.015 0.098 0.267 0.154 0.163 0.246 48 F 0.076 0.027 0.092 0.259 0.108 0.148 0.291 49 I 0.082 0.028 0.088 0.238 0.104 0.098 0.361 50 K 0.082 0.014 0.099 0.225 0.117 0.173 0.289 51 T 0.081 0.014 0.138 0.214 0.118 0.183 0.252 52 E 0.094 0.030 0.114 0.200 0.147 0.122 0.293 53 E 0.096 0.023 0.071 0.145 0.153 0.110 0.401 54 D 0.075 0.019 0.063 0.099 0.155 0.130 0.460 55 P 0.057 0.023 0.058 0.077 0.224 0.155 0.406 56 I 0.042 0.020 0.054 0.063 0.169 0.121 0.531 57 I 0.036 0.017 0.092 0.066 0.145 0.335 0.309 58 K 0.046 0.010 0.082 0.043 0.186 0.354 0.280 59 Q 0.085 0.028 0.048 0.034 0.286 0.112 0.407 60 D 0.144 0.068 0.016 0.039 0.171 0.034 0.529 61 T 0.110 0.034 0.014 0.034 0.101 0.035 0.673 62 P 0.069 0.026 0.087 0.163 0.113 0.132 0.411 63 S 0.046 0.017 0.163 0.178 0.123 0.172 0.300 64 N 0.043 0.010 0.219 0.197 0.117 0.159 0.255 65 L 0.066 0.018 0.169 0.221 0.111 0.107 0.308 66 D 0.084 0.026 0.158 0.182 0.113 0.124 0.313 67 F 0.089 0.019 0.169 0.216 0.110 0.136 0.263 68 D 0.068 0.023 0.195 0.201 0.111 0.127 0.276 69 F 0.062 0.016 0.180 0.179 0.129 0.208 0.227 70 A 0.058 0.026 0.112 0.144 0.140 0.241 0.279 71 L 0.048 0.028 0.045 0.087 0.270 0.084 0.437 72 P 0.040 0.019 0.049 0.073 0.164 0.137 0.517 73 Q 0.037 0.023 0.099 0.114 0.163 0.205 0.360 74 T 0.036 0.018 0.161 0.122 0.161 0.216 0.287 75 A 0.051 0.018 0.141 0.111 0.155 0.245 0.279 76 T 0.059 0.040 0.093 0.097 0.215 0.155 0.342 77 A 0.049 0.039 0.055 0.071 0.206 0.111 0.469 78 P 0.052 0.023 0.063 0.084 0.179 0.244 0.356 79 D 0.059 0.023 0.064 0.077 0.179 0.265 0.334 80 A 0.068 0.031 0.073 0.081 0.189 0.155 0.403 81 K 0.095 0.031 0.070 0.083 0.189 0.127 0.406 82 T 0.102 0.033 0.080 0.121 0.184 0.120 0.361 83 V 0.090 0.037 0.072 0.139 0.140 0.101 0.421 84 L 0.078 0.025 0.066 0.124 0.133 0.132 0.441 85 P 0.057 0.027 0.078 0.154 0.146 0.142 0.397 86 I 0.039 0.021 0.092 0.164 0.129 0.085 0.470 87 P 0.037 0.012 0.151 0.194 0.123 0.156 0.327 88 E 0.032 0.013 0.203 0.222 0.108 0.194 0.228 89 L 0.030 0.019 0.212 0.203 0.131 0.147 0.258 90 D 0.038 0.016 0.164 0.206 0.122 0.197 0.257 91 D 0.046 0.015 0.120 0.170 0.158 0.223 0.268 92 A 0.045 0.023 0.075 0.134 0.217 0.157 0.350 93 V 0.047 0.043 0.044 0.112 0.172 0.104 0.477 94 V 0.050 0.030 0.050 0.127 0.152 0.160 0.430 95 E 0.047 0.019 0.065 0.114 0.158 0.271 0.327 96 S 0.047 0.020 0.071 0.103 0.188 0.213 0.358 97 F 0.067 0.033 0.068 0.128 0.194 0.147 0.364 98 F 0.081 0.039 0.070 0.147 0.135 0.132 0.396 99 S 0.082 0.029 0.087 0.130 0.150 0.182 0.340 100 S 0.071 0.025 0.098 0.146 0.184 0.224 0.252 101 S 0.069 0.029 0.090 0.152 0.183 0.188 0.290 102 T 0.068 0.022 0.080 0.149 0.167 0.240 0.275 103 D 0.064 0.019 0.060 0.123 0.162 0.272 0.301 104 S 0.074 0.030 0.051 0.126 0.226 0.138 0.353 105 T 0.079 0.032 0.052 0.131 0.189 0.146 0.372 106 P 0.084 0.029 0.059 0.141 0.152 0.182 0.352 107 M 0.093 0.040 0.066 0.124 0.133 0.157 0.386 108 F 0.091 0.033 0.078 0.119 0.151 0.167 0.360 109 E 0.079 0.034 0.081 0.122 0.154 0.174 0.355 110 Y 0.061 0.025 0.080 0.125 0.208 0.183 0.318 111 E 0.056 0.019 0.072 0.114 0.179 0.262 0.299 112 N 0.046 0.027 0.061 0.092 0.170 0.185 0.420 113 L 0.041 0.028 0.071 0.104 0.244 0.202 0.309 114 E 0.040 0.023 0.066 0.105 0.184 0.236 0.345 115 D 0.028 0.031 0.069 0.116 0.210 0.191 0.354 116 N 0.024 0.024 0.055 0.113 0.202 0.159 0.424 117 S 0.021 0.015 0.086 0.180 0.184 0.246 0.268 118 K 0.022 0.014 0.115 0.222 0.167 0.238 0.222 119 E 0.035 0.016 0.114 0.215 0.172 0.198 0.250 120 W 0.055 0.029 0.127 0.205 0.117 0.177 0.290 121 T 0.076 0.040 0.107 0.204 0.132 0.139 0.303 122 S 0.085 0.035 0.089 0.178 0.144 0.171 0.298 123 L 0.080 0.032 0.066 0.136 0.151 0.212 0.323 124 F 0.060 0.051 0.048 0.098 0.163 0.133 0.447 125 D 0.040 0.028 0.047 0.068 0.175 0.155 0.487 126 N 0.033 0.015 0.061 0.081 0.185 0.386 0.239 127 D 0.032 0.022 0.066 0.072 0.224 0.270 0.314 128 I 0.037 0.026 0.054 0.067 0.298 0.138 0.381 129 P 0.054 0.036 0.054 0.086 0.156 0.164 0.450 130 V 0.053 0.034 0.072 0.109 0.200 0.132 0.399 131 T 0.059 0.026 0.080 0.121 0.157 0.176 0.381 132 T 0.056 0.030 0.087 0.151 0.149 0.194 0.332 133 D 0.055 0.025 0.088 0.148 0.173 0.147 0.365 134 D 0.059 0.017 0.098 0.162 0.143 0.211 0.310 135 V 0.076 0.020 0.093 0.160 0.156 0.183 0.313 136 S 0.093 0.025 0.080 0.132 0.181 0.139 0.349 137 L 0.113 0.028 0.072 0.128 0.165 0.132 0.362 138 A 0.119 0.035 0.072 0.104 0.154 0.128 0.389 139 D 0.094 0.020 0.076 0.103 0.176 0.164 0.366 140 K 0.108 0.020 0.067 0.086 0.153 0.217 0.348 141 A 0.145 0.024 0.051 0.074 0.183 0.132 0.391 142 I 0.175 0.039 0.036 0.062 0.219 0.080 0.390 143 E 0.152 0.036 0.031 0.058 0.137 0.052 0.534 144 S 0.137 0.028 0.077 0.105 0.137 0.128 0.387 145 T 0.132 0.021 0.096 0.106 0.149 0.181 0.315 146 E 0.132 0.026 0.100 0.098 0.165 0.167 0.312 147 E 0.116 0.033 0.077 0.110 0.165 0.120 0.378 148 V 0.112 0.025 0.089 0.105 0.158 0.144 0.367 149 S 0.112 0.019 0.092 0.100 0.164 0.204 0.307 150 L 0.132 0.035 0.083 0.088 0.189 0.178 0.294 151 V 0.147 0.035 0.053 0.065 0.182 0.103 0.415 152 P 0.148 0.037 0.048 0.049 0.153 0.127 0.438 153 S 0.150 0.031 0.052 0.054 0.180 0.164 0.369 154 N 0.134 0.031 0.045 0.047 0.187 0.141 0.415 155 L 0.101 0.028 0.029 0.034 0.160 0.066 0.582 156 E 0.122 0.037 0.035 0.038 0.151 0.108 0.509 157 V 0.103 0.036 0.033 0.040 0.186 0.096 0.506 158 S 0.094 0.032 0.035 0.032 0.179 0.093 0.535 159 T 0.101 0.030 0.048 0.037 0.184 0.124 0.477 160 T 0.107 0.034 0.060 0.038 0.193 0.137 0.431 161 S 0.110 0.031 0.050 0.038 0.200 0.115 0.455 162 F 0.123 0.034 0.038 0.035 0.162 0.104 0.503 163 L 0.130 0.030 0.028 0.035 0.174 0.091 0.513 164 P 0.133 0.051 0.027 0.038 0.172 0.080 0.498 165 T 0.111 0.033 0.029 0.038 0.156 0.064 0.570 166 P 0.138 0.031 0.048 0.046 0.159 0.156 0.422 167 V 0.145 0.040 0.052 0.045 0.152 0.154 0.411 168 L 0.123 0.039 0.042 0.036 0.219 0.106 0.436 169 E 0.113 0.029 0.037 0.039 0.201 0.116 0.464 170 D 0.109 0.031 0.056 0.047 0.201 0.146 0.410 171 A 0.108 0.032 0.061 0.046 0.195 0.167 0.391 172 K 0.116 0.042 0.058 0.044 0.202 0.152 0.385 173 L 0.113 0.038 0.050 0.040 0.217 0.148 0.395 174 T 0.112 0.040 0.048 0.042 0.217 0.169 0.373 175 Q 0.110 0.034 0.047 0.035 0.213 0.151 0.411 176 T 0.121 0.044 0.064 0.049 0.205 0.175 0.342 177 R 0.116 0.048 0.062 0.051 0.203 0.168 0.352 178 K 0.108 0.041 0.060 0.044 0.227 0.159 0.360 179 V 0.106 0.046 0.057 0.045 0.208 0.186 0.352 180 K 0.095 0.060 0.045 0.041 0.216 0.159 0.384 181 K 0.076 0.034 0.033 0.038 0.277 0.171 0.370 182 P 0.069 0.032 0.032 0.034 0.228 0.210 0.396 183 N 0.086 0.050 0.034 0.036 0.241 0.137 0.415 184 S 0.104 0.063 0.037 0.037 0.216 0.109 0.433 185 V 0.108 0.050 0.044 0.045 0.185 0.123 0.445 186 V 0.109 0.043 0.049 0.051 0.175 0.165 0.407 187 K 0.102 0.039 0.048 0.054 0.208 0.178 0.371 188 K 0.086 0.032 0.050 0.058 0.227 0.177 0.369 189 S 0.086 0.031 0.059 0.067 0.201 0.184 0.372 190 H 0.107 0.035 0.068 0.073 0.183 0.222 0.311 191 H 0.123 0.049 0.060 0.073 0.180 0.179 0.336 192 V 0.102 0.060 0.046 0.067 0.215 0.124 0.387 193 G 0.081 0.031 0.041 0.066 0.212 0.178 0.391 194 K 0.061 0.022 0.052 0.087 0.187 0.286 0.307 195 D 0.053 0.021 0.055 0.085 0.214 0.241 0.331 196 D 0.069 0.029 0.053 0.091 0.210 0.172 0.375 197 E 0.079 0.033 0.072 0.126 0.197 0.157 0.337 198 S 0.102 0.037 0.073 0.127 0.173 0.151 0.337 199 R 0.087 0.042 0.063 0.138 0.165 0.167 0.337 200 L 0.077 0.033 0.045 0.125 0.190 0.150 0.380 201 D 0.053 0.017 0.049 0.133 0.208 0.261 0.279 202 H 0.055 0.016 0.049 0.135 0.196 0.299 0.249 203 L 0.087 0.025 0.040 0.123 0.193 0.191 0.342 204 G 0.119 0.035 0.029 0.091 0.178 0.130 0.419 205 V 0.169 0.043 0.028 0.087 0.163 0.085 0.426 206 V 0.151 0.044 0.032 0.109 0.157 0.085 0.422 207 A 0.145 0.034 0.041 0.126 0.141 0.110 0.403 208 Y 0.112 0.022 0.058 0.148 0.117 0.160 0.382 209 N 0.106 0.022 0.070 0.137 0.138 0.183 0.344 210 R 0.082 0.017 0.092 0.151 0.152 0.180 0.326 211 K 0.073 0.023 0.095 0.145 0.168 0.219 0.277 212 Q 0.057 0.016 0.096 0.118 0.178 0.220 0.315 213 R 0.068 0.017 0.082 0.094 0.194 0.225 0.319 214 S 0.058 0.028 0.066 0.087 0.198 0.147 0.417 215 I 0.052 0.024 0.045 0.067 0.240 0.100 0.473 216 P 0.054 0.018 0.037 0.071 0.144 0.155 0.521 217 L 0.043 0.035 0.030 0.064 0.209 0.092 0.525 218 S 0.027 0.021 0.025 0.057 0.162 0.046 0.663 219 P 0.023 0.015 0.059 0.117 0.120 0.154 0.512 220 I 0.016 0.016 0.077 0.153 0.105 0.130 0.503 221 V 0.010 0.013 0.070 0.169 0.151 0.099 0.489 222 P 0.006 0.007 0.052 0.256 0.132 0.129 0.417 223 E 0.004 0.004 0.056 0.423 0.108 0.121 0.283 224 S 0.002 0.002 0.039 0.579 0.074 0.104 0.199 225 S 0.002 0.002 0.017 0.700 0.055 0.054 0.170 226 D 0.002 0.002 0.006 0.867 0.027 0.027 0.069 227 P 0.001 0.001 0.002 0.934 0.011 0.015 0.036 228 A 0.001 0.001 0.001 0.977 0.004 0.007 0.011 229 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.004 0.004 230 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 0.002 231 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 232 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 233 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 234 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.017 0.001 235 N 0.001 0.001 0.001 0.970 0.006 0.012 0.011 236 T 0.001 0.001 0.001 0.974 0.008 0.009 0.008 237 E 0.001 0.001 0.001 0.977 0.006 0.013 0.003 238 A 0.001 0.001 0.001 0.968 0.003 0.025 0.003 239 A 0.001 0.001 0.001 0.972 0.006 0.013 0.008 240 R 0.001 0.001 0.001 0.978 0.006 0.011 0.004 241 R 0.001 0.001 0.001 0.966 0.006 0.021 0.006 242 S 0.001 0.001 0.001 0.957 0.003 0.032 0.007 243 R 0.001 0.001 0.001 0.962 0.009 0.018 0.010 244 A 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.013 0.006 245 R 0.001 0.001 0.001 0.979 0.004 0.009 0.007 246 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.004 0.004 247 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 248 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 249 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 250 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 251 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.009 0.001 252 Q 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.002 253 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 254 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 0.001 255 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 256 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 257 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 258 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 259 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 260 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 261 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.007 0.001 262 S 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.009 0.003 263 K 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.010 0.003 264 N 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.014 0.003 265 Y 0.001 0.001 0.001 0.969 0.004 0.023 0.003 266 H 0.001 0.001 0.001 0.969 0.002 0.024 0.004 267 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.010 0.005 268 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 0.002 269 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 270 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 271 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 272 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 273 R 0.001 0.001 0.001 0.967 0.001 0.030 0.001 274 L 0.001 0.001 0.001 0.974 0.002 0.018 0.005 275 K 0.001 0.001 0.003 0.969 0.006 0.019 0.004 276 K 0.001 0.001 0.007 0.935 0.012 0.033 0.012 277 L 0.001 0.001 0.010 0.912 0.015 0.036 0.025 278 V 0.002 0.003 0.017 0.814 0.026 0.089 0.050 279 G 0.003 0.001 0.017 0.414 0.046 0.474 0.044 280 E 0.004 0.004 0.016 0.276 0.004 0.488 0.208 281 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999