% SAM: /projects/compbio/bin/i686/modelfromalign v3.5 (July 15, 2005) compiled 07/18/05_14:54:15 % (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz % % Sequence Alignment and Modeling Software System % http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html % % ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- % R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: % Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. % K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein % structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. % A. Krogh et al., Hidden Markov models in computational biology: % Applications to protein modeling, JMB 235:1501-1531, Feb 1994. % --------------------------------------------------------------------- % YEL009C-A Host: farm07.cse.ucsc.edu Sun Feb 12 17:50:17 2006 % karplus Dir: /projects/compbio/experiments/protein-predict/yeast/YEL0/YEL009C-A % --------------------------------------------------------------------- % Prior File: /projects/compbio/lib/recode3.20comp(Name: recode3.20comp) % 20 priors on 20 characters. % Alignment weights from internal calc. Total (1.00) Max (1.00) Min (1.00) % Weights from alignment method 1 (karplus), b=0.800000, e=10.000000 MODEL -- Model from alignment file YEL009C-A.a2m BINARY alphabet protein o=Qx?5B> K=Y=

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