# This file is the result of combining several RDB files, specifically # YDR527W.t2k.dssp-ebghstl.rdb (weight 1.53986) # YDR527W.t2k.stride-ebghtl.rdb (weight 1.24869) # YDR527W.t2k.str2.rdb (weight 1.54758) # YDR527W.t2k.alpha.rdb (weight 0.659012) # These files were combined by translating their predictions into EHL # predictions with tables generated by compare-real, and then combining # those predictions with weights proportional to their mutual information # with the EHL alphabet. The comments from the individual files follow. # # Comments from YDR527W.t2k.dssp-ebghstl.rdb # ============================================ # TARGET YDR527W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YDR527W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # # ============================================ # Comments from YDR527W.t2k.stride-ebghtl.rdb # ============================================ # TARGET YDR527W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YDR527W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # # ============================================ # Comments from YDR527W.t2k.str2.rdb # ============================================ # TARGET YDR527W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YDR527W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # # ============================================ # Comments from YDR527W.t2k.alpha.rdb # ============================================ # TARGET YDR527W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YDR527W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # # ============================================ Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.0622 0.1166 0.8212 2 D 0.1395 0.1541 0.7064 3 L 0.2275 0.1625 0.6100 4 L 0.3030 0.1780 0.5191 5 G 0.3261 0.1719 0.5020 6 D 0.3566 0.1881 0.4553 7 I 0.3629 0.2447 0.3924 8 V 0.3148 0.2164 0.4689 9 E 0.2159 0.1466 0.6375 10 K 0.1428 0.0797 0.7775 11 D 0.1179 0.0731 0.8089 12 T 0.0940 0.1663 0.7396 13 S 0.1011 0.1905 0.7084 14 D 0.1042 0.2955 0.6004 15 S 0.1900 0.2896 0.5205 16 V 0.3298 0.2258 0.4444 17 E 0.4122 0.1826 0.4052 18 S 0.3695 0.1558 0.4747 19 N 0.2420 0.1266 0.6314 20 D 0.1652 0.1398 0.6950 21 N 0.1327 0.0858 0.7814 22 G 0.1513 0.0612 0.7875 23 T 0.3736 0.0555 0.5710 24 L 0.6156 0.0516 0.3329 25 S 0.5560 0.0627 0.3813 26 T 0.5056 0.0826 0.4118 27 N 0.3463 0.1022 0.5514 28 N 0.2851 0.1166 0.5983 29 C 0.2120 0.1316 0.6564 30 G 0.1649 0.1260 0.7091 31 T 0.1322 0.1173 0.7505 32 G 0.1239 0.0868 0.7893 33 F 0.1476 0.0674 0.7849 34 P 0.1341 0.1435 0.7224 35 E 0.1566 0.1807 0.6627 36 L 0.1588 0.1712 0.6700 37 Y 0.1055 0.1465 0.7480 38 K 0.0811 0.1438 0.7750 39 P 0.0793 0.1686 0.7521 40 K 0.1121 0.2045 0.6834 41 K 0.1387 0.2447 0.6166 42 I 0.0702 0.4963 0.4334 43 S 0.0430 0.6942 0.2628 44 S 0.0177 0.8606 0.1217 45 W 0.0124 0.8957 0.0918 46 K 0.0106 0.9124 0.0770 47 E 0.0082 0.9226 0.0692 48 R 0.0067 0.9283 0.0650 49 L 0.0095 0.9087 0.0817 50 R 0.0111 0.8720 0.1169 51 E 0.0134 0.7908 0.1958 52 K 0.0253 0.6734 0.3013 53 R 0.0361 0.5487 0.4152 54 A 0.0307 0.5321 0.4372 55 Q 0.0397 0.4632 0.4971 56 K 0.0682 0.3086 0.6232 57 K 0.0619 0.2937 0.6444 58 K 0.0877 0.2651 0.6472 59 T 0.1162 0.2338 0.6500 60 S 0.0852 0.1689 0.7459 61 G 0.0712 0.0811 0.8477 62 K 0.1107 0.0991 0.7902 63 D 0.1471 0.0974 0.7555 64 A 0.1025 0.1525 0.7450 65 E 0.1042 0.2056 0.6903 66 K 0.0806 0.2700 0.6495 67 Q 0.0810 0.2112 0.7078 68 Q 0.1073 0.2283 0.6643 69 T 0.1355 0.2256 0.6389 70 S 0.0991 0.2805 0.6204 71 T 0.0930 0.3492 0.5578 72 D 0.0959 0.4004 0.5038 73 A 0.0855 0.3551 0.5594 74 P 0.0567 0.4143 0.5290 75 L 0.0354 0.5741 0.3905 76 S 0.0288 0.6250 0.3462 77 E 0.0292 0.6338 0.3370 78 A 0.0325 0.5981 0.3694 79 K 0.0338 0.5769 0.3893 80 S 0.0430 0.5815 0.3755 81 I 0.0583 0.5530 0.3886 82 H 0.0506 0.5790 0.3704 83 N 0.0149 0.8705 0.1146 84 E 0.0109 0.9077 0.0814 85 N 0.0139 0.9043 0.0818 86 I 0.0054 0.9455 0.0492 87 K 0.0056 0.9452 0.0492 88 V 0.0054 0.9415 0.0530 89 L 0.0076 0.9095 0.0829 90 Q 0.0089 0.8291 0.1620 91 G 0.0172 0.5867 0.3960 92 M 0.0565 0.2476 0.6960 93 S 0.0552 0.0804 0.8644 94 D 0.0061 0.8898 0.1041 95 E 0.0052 0.9166 0.0781 96 Q 0.0054 0.9154 0.0792 97 I 0.0049 0.9368 0.0583 98 V 0.0049 0.9376 0.0575 99 Q 0.0051 0.9239 0.0709 100 E 0.0053 0.9216 0.0731 101 R 0.0048 0.9433 0.0519 102 E 0.0049 0.9470 0.0481 103 D 0.0050 0.9437 0.0514 104 L 0.0050 0.9411 0.0539 105 Y 0.0051 0.9232 0.0717 106 N 0.0061 0.8586 0.1353 107 S 0.0111 0.6606 0.3283 108 L 0.0571 0.3042 0.6387 109 D 0.0779 0.0759 0.8462 110 P 0.0052 0.8921 0.1027 111 K 0.0049 0.9169 0.0782 112 L 0.0050 0.9458 0.0492 113 I 0.0048 0.9548 0.0405 114 A 0.0048 0.9472 0.0480 115 K 0.0050 0.9398 0.0552 116 L 0.0064 0.9222 0.0713 117 L 0.0075 0.8902 0.1023 118 K 0.0119 0.7874 0.2007 119 N 0.0313 0.6091 0.3595 120 I 0.0366 0.5066 0.4568 121 N 0.0347 0.5099 0.4554 122 K 0.0462 0.5348 0.4190 123 R 0.0744 0.5001 0.4256 124 A 0.1005 0.4030 0.4965 125 K 0.1255 0.2912 0.5833 126 D 0.0968 0.1420 0.7612 127 E 0.0403 0.1823 0.7774 128 N 0.0361 0.1339 0.8300 129 N 0.0552 0.1132 0.8315 130 T 0.0816 0.1260 0.7924 131 P 0.1351 0.2696 0.5953 132 L 0.1700 0.3541 0.4759 133 F 0.1754 0.3937 0.4309 134 A 0.1374 0.4289 0.4337 135 E 0.1183 0.4564 0.4252 136 I 0.1342 0.4746 0.3912 137 E 0.1342 0.4447 0.4210 138 G 0.1082 0.3962 0.4956 139 A 0.0948 0.3855 0.5196 140 S 0.0855 0.3424 0.5721 141 G 0.0862 0.2308 0.6830 142 T 0.1253 0.1836 0.6911 143 W 0.1495 0.1446 0.7059 144 V 0.0790 0.1782 0.7428 145 G 0.0708 0.1056 0.8235 146 G 0.0662 0.1437 0.7902 147 N 0.0846 0.1603 0.7552 148 K 0.0895 0.2408 0.6697 149 Q 0.0725 0.3061 0.6214 150 G 0.1416 0.2432 0.6152 151 I 0.2516 0.1550 0.5935 152 Y 0.2668 0.1281 0.6051 153 D 0.2030 0.0986 0.6984 154 L 0.1540 0.0702 0.7758 155 P 0.1291 0.0462 0.8247 156 P 0.1602 0.0561 0.7837 157 L 0.1585 0.0737 0.7677 158 D 0.1168 0.1010 0.7822 159 D 0.0804 0.1460 0.7736 160 E 0.0508 0.1903 0.7589 161 D 0.0787 0.1477 0.7735 162 V 0.0901 0.2276 0.6823 163 D 0.1318 0.3091 0.5591 164 V 0.2134 0.4201 0.3664 165 A 0.2561 0.4547 0.2892 166 L 0.2517 0.4304 0.3179 167 E 0.2487 0.3474 0.4039 168 I 0.2185 0.3254 0.4561 169 R 0.1982 0.3189 0.4828 170 P 0.1913 0.3540 0.4546 171 M 0.1809 0.3473 0.4718 172 L 0.1517 0.2882 0.5601 173 G 0.1267 0.2451 0.6282 174 K 0.0831 0.3584 0.5585 175 D 0.1053 0.3647 0.5301 176 A 0.1342 0.3645 0.5012 177 K 0.1500 0.3554 0.4946 178 H 0.2307 0.2829 0.4864 179 V 0.3533 0.1762 0.4705 180 Q 0.3442 0.1454 0.5104 181 F 0.2073 0.1295 0.6632 182 E 0.0565 0.4741 0.4694 183 E 0.0324 0.6685 0.2991 184 A 0.0330 0.6925 0.2745 185 G 0.0474 0.6170 0.3356 186 K 0.0545 0.5967 0.3488 187 E 0.0696 0.5003 0.4301 188 K 0.0739 0.3188 0.6073 189 D 0.0948 0.1599 0.7452 190 V 0.1078 0.1462 0.7461 191 E 0.0871 0.2231 0.6898 192 G 0.0907 0.2234 0.6859 193 E 0.0891 0.2067 0.7042 194 G 0.0783 0.1564 0.7654 195 K 0.1144 0.1684 0.7171 196 T 0.1086 0.2469 0.6444 197 N 0.0920 0.2508 0.6573 198 D 0.0846 0.2301 0.6853 199 D 0.0990 0.2232 0.6778 200 V 0.0722 0.4230 0.5048 201 D 0.0538 0.4289 0.5173 202 D 0.0411 0.4635 0.4955 203 I 0.0524 0.3845 0.5630 204 A 0.0610 0.2516 0.6875 205 P 0.0510 0.2505 0.6984 206 L 0.0637 0.2483 0.6880 207 D 0.0859 0.1502 0.7639 208 F 0.0384 0.5001 0.4616 209 Q 0.0606 0.5149 0.4245 210 M 0.0777 0.6006 0.3217 211 A 0.0745 0.5562 0.3693 212 Q 0.0816 0.4734 0.4450 213 C 0.1002 0.3906 0.5093 214 I 0.1269 0.2610 0.6121 215 D 0.0975 0.1941 0.7085 216 H 0.0612 0.2267 0.7121 217 M 0.0682 0.2148 0.7170 218 K 0.0660 0.2238 0.7102 219 N 0.0860 0.3138 0.6002 220 E 0.0893 0.4093 0.5014 221 E 0.1356 0.4035 0.4609 222 L 0.1521 0.4065 0.4414 223 F 0.2056 0.3109 0.4835 224 K 0.1980 0.2972 0.5048 225 D 0.1686 0.1776 0.6538 226 V 0.0784 0.3880 0.5337 227 H 0.0999 0.3543 0.5459 228 F 0.1663 0.3427 0.4910 229 I 0.2483 0.2468 0.5049 230 K 0.1923 0.2290 0.5786 231 E 0.1276 0.2396 0.6328 232 E 0.0834 0.3985 0.5182 233 S 0.1298 0.3448 0.5254 234 Q 0.2066 0.3494 0.4440 235 N 0.2698 0.2978 0.4323 236 E 0.3656 0.2329 0.4015 237 I 0.3623 0.1489 0.4888 238 N 0.2146 0.1234 0.6621 239 L 0.0416 0.6730 0.2854 240 E 0.0359 0.6780 0.2860 241 K 0.0521 0.6461 0.3017 242 L 0.0561 0.5047 0.4392 243 D 0.0782 0.3616 0.5601 244 I 0.0568 0.2823 0.6609 245 N 0.0500 0.1724 0.7776 246 D 0.0725 0.1058 0.8217 247 P 0.0412 0.2912 0.6675 248 N 0.0464 0.3900 0.5636 249 F 0.0210 0.6774 0.3016 250 N 0.0128 0.7429 0.2443 251 D 0.0134 0.7983 0.1883 252 K 0.0158 0.8037 0.1805 253 L 0.0326 0.7596 0.2078 254 H 0.0312 0.7274 0.2414 255 E 0.0228 0.6958 0.2814 256 K 0.0161 0.6514 0.3325 257 Y 0.0557 0.4512 0.4931 258 F 0.0750 0.2002 0.7248 259 P 0.0200 0.2025 0.7775 260 D 0.0354 0.1206 0.8440 261 L 0.0642 0.0979 0.8380 262 P 0.0668 0.3167 0.6165 263 K 0.0807 0.4761 0.4432 264 E 0.0980 0.5312 0.3708 265 V 0.1118 0.6039 0.2844 266 D 0.1322 0.5596 0.3082 267 K 0.1893 0.5274 0.2833 268 L 0.3233 0.3843 0.2924 269 K 0.3697 0.3048 0.3255 270 W 0.3331 0.2524 0.4145 271 M 0.2449 0.1758 0.5793 272 Q 0.1938 0.1310 0.6752 273 P 0.1278 0.1501 0.7221 274 V 0.0905 0.1823 0.7273 275 Q 0.0660 0.2367 0.6973 276 Q 0.0459 0.5115 0.4426 277 K 0.0456 0.5873 0.3672 278 T 0.0525 0.6010 0.3465 279 D 0.0566 0.5120 0.4313 280 K 0.0512 0.4527 0.4961 281 N 0.0765 0.2751 0.6484 282 Y 0.0986 0.2536 0.6478 283 I 0.1108 0.3236 0.5656 284 I 0.1269 0.4585 0.4146 285 E 0.1425 0.4371 0.4204 286 D 0.2165 0.3426 0.4409 287 V 0.2569 0.3133 0.4298 288 S 0.2986 0.2716 0.4298 289 E 0.4052 0.2201 0.3746 290 C 0.5682 0.0906 0.3412 291 R 0.6736 0.0380 0.2884 292 F 0.6971 0.0322 0.2707 293 D 0.4253 0.0396 0.5351 294 F 0.2737 0.0763 0.6500 295 N 0.2261 0.0697 0.7042 296 G 0.3847 0.0378 0.5775 297 D 0.6264 0.0171 0.3565 298 L 0.7534 0.0122 0.2343 299 V 0.6018 0.0163 0.3819 300 P 0.3893 0.0321 0.5785 301 P 0.2042 0.0597 0.7360 302 T 0.1574 0.0833 0.7593 303 R 0.1108 0.1088 0.7805 304 Q 0.1263 0.1060 0.7676 305 I 0.2621 0.1082 0.6297 306 D 0.3402 0.1145 0.5453 307 S 0.3639 0.1176 0.5185 308 T 0.3321 0.1787 0.4891 309 I 0.2484 0.2215 0.5301 310 H 0.1943 0.2788 0.5269 311 S 0.1262 0.2377 0.6361 312 G 0.1539 0.1552 0.6909 313 L 0.3583 0.1471 0.4946 314 H 0.5319 0.1055 0.3627 315 H 0.4042 0.1153 0.4805 316 H 0.2010 0.0907 0.7083 317 S 0.0829 0.1143 0.8028 318 D 0.0761 0.1526 0.7713 319 S 0.0800 0.1019 0.8180 320 P 0.0497 0.2153 0.7350 321 E 0.0575 0.2294 0.7130 322 L 0.0885 0.2308 0.6808 323 A 0.0690 0.2438 0.6872 324 G 0.0691 0.1945 0.7364 325 Y 0.2103 0.2700 0.5197 326 T 0.1128 0.3624 0.5247 327 I 0.0048 0.9524 0.0428 328 V 0.0047 0.9592 0.0362 329 E 0.0047 0.9601 0.0352 330 L 0.0047 0.9596 0.0357 331 E 0.0047 0.9582 0.0370 332 H 0.0049 0.9520 0.0431 333 L 0.0054 0.9385 0.0561 334 A 0.0090 0.8832 0.1077 335 R 0.0107 0.7086 0.2807 336 S 0.0203 0.5648 0.4149 337 T 0.0369 0.3648 0.5983 338 F 0.0597 0.1749 0.7654 339 P 0.0136 0.4206 0.5659 340 S 0.0127 0.5220 0.4653 341 Q 0.0385 0.7358 0.2258 342 R 0.0366 0.8694 0.0940 343 C 0.0246 0.9154 0.0601 344 I 0.0132 0.9355 0.0514 345 A 0.0090 0.9444 0.0466 346 I 0.0053 0.9537 0.0410 347 Q 0.0048 0.9546 0.0406 348 T 0.0047 0.9556 0.0397 349 L 0.0047 0.9566 0.0386 350 G 0.0047 0.9576 0.0377 351 R 0.0047 0.9553 0.0399 352 I 0.0047 0.9559 0.0394 353 L 0.0047 0.9519 0.0433 354 Y 0.0052 0.9324 0.0625 355 K 0.0059 0.8955 0.0985 356 L 0.0114 0.8193 0.1694 357 G 0.0149 0.6148 0.3703 358 Q 0.0376 0.3931 0.5693 359 K 0.0344 0.2501 0.7156 360 S 0.0666 0.3779 0.5555 361 Y 0.1251 0.4713 0.4036 362 Y 0.1177 0.5703 0.3121 363 Q 0.1441 0.5860 0.2700 364 L 0.1434 0.5555 0.3012 365 V 0.1139 0.5465 0.3396 366 P 0.0588 0.6202 0.3210 367 E 0.0619 0.6371 0.3009 368 I 0.0674 0.5914 0.3413 369 D 0.0655 0.5216 0.4130 370 A 0.0385 0.6549 0.3065 371 D 0.0475 0.6902 0.2623 372 T 0.0773 0.6178 0.3049 373 Y 0.0916 0.5309 0.3775 374 K 0.0871 0.4985 0.4144 375 E 0.0566 0.4379 0.5055 376 D 0.0833 0.2531 0.6636 377 G 0.0961 0.2987 0.6052 378 S 0.1353 0.3183 0.5464 379 I 0.1187 0.3343 0.5470 380 S 0.1130 0.2718 0.6152 381 N 0.0964 0.4041 0.4995 382 V 0.1163 0.4662 0.4175 383 M 0.1067 0.5113 0.3820 384 D 0.0963 0.4664 0.4373 385 K 0.0920 0.4973 0.4107 386 I 0.0922 0.5109 0.3969 387 Y 0.1540 0.4367 0.4093 388 S 0.1434 0.4470 0.4096 389 M 0.1910 0.4806 0.3283 390 F 0.2023 0.5361 0.2615 391 W 0.2296 0.4663 0.3041 392 D 0.2145 0.3997 0.3858 393 L 0.1441 0.4117 0.4442 394 I 0.0960 0.3140 0.5901 395 K 0.0573 0.3549 0.5878 396 D 0.0542 0.4365 0.5093 397 G 0.0394 0.6325 0.3280 398 K 0.0739 0.6633 0.2628 399 V 0.1535 0.7257 0.1208 400 I 0.1637 0.7531 0.0832 401 E 0.1964 0.7233 0.0804 402 S 0.1710 0.7555 0.0735 403 L 0.1562 0.7519 0.0919 404 E 0.2242 0.6527 0.1231 405 I 0.2753 0.5561 0.1686 406 S 0.3201 0.4274 0.2525 407 S 0.2999 0.2967 0.4034 408 D 0.1653 0.1286 0.7061 409 E 0.0418 0.2594 0.6988 410 K 0.0493 0.1729 0.7777 411 F 0.1003 0.1919 0.7078 412 T 0.0800 0.2533 0.6667 413 R 0.1075 0.3369 0.5555 414 N 0.3299 0.3491 0.3209 415 L 0.4679 0.3721 0.1600 416 S 0.4974 0.4064 0.0962 417 V 0.3324 0.5785 0.0891 418 R 0.1766 0.7307 0.0927 419 N 0.0808 0.8438 0.0754 420 Y 0.0463 0.8775 0.0761 421 A 0.0671 0.8648 0.0681 422 I 0.0470 0.8844 0.0686 423 D 0.0354 0.8647 0.0999 424 A 0.0286 0.8495 0.1219 425 L 0.0458 0.7593 0.1950 426 W 0.1088 0.5740 0.3171 427 L 0.1769 0.4334 0.3896 428 W 0.2132 0.2022 0.5846 429 K 0.1176 0.1564 0.7261 430 Q 0.0827 0.1533 0.7640 431 G 0.0671 0.1305 0.8024 432 G 0.0726 0.1126 0.8148 433 G 0.1034 0.1311 0.7655 434 D 0.1776 0.1675 0.6549 435 F 0.2561 0.2119 0.5319 436 R 0.3089 0.1659 0.5252 437 T 0.2682 0.1235 0.6084 438 K 0.1369 0.0883 0.7747 439 K 0.0431 0.0386 0.9182