# TARGET YDR525W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YDR525W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.118 0.069 0.028 0.110 0.024 0.039 0.297 0.115 0.092 0.036 2 E 0.079 0.109 0.052 0.020 0.119 0.017 0.022 0.329 0.146 0.071 0.035 3 K 0.053 0.088 0.050 0.020 0.087 0.018 0.033 0.424 0.150 0.052 0.027 4 K 0.056 0.088 0.039 0.012 0.090 0.010 0.026 0.430 0.143 0.080 0.026 5 I 0.080 0.063 0.022 0.011 0.109 0.010 0.021 0.382 0.175 0.097 0.031 6 K 0.020 0.093 0.031 0.025 0.060 0.043 0.082 0.444 0.163 0.030 0.008 7 N 0.127 0.057 0.024 0.013 0.111 0.011 0.032 0.232 0.104 0.211 0.077 8 F 0.098 0.117 0.053 0.020 0.143 0.020 0.025 0.219 0.106 0.137 0.061 9 S 0.069 0.108 0.049 0.026 0.109 0.027 0.038 0.337 0.130 0.071 0.035 10 S 0.031 0.066 0.041 0.029 0.056 0.018 0.028 0.425 0.176 0.110 0.021 11 S 0.043 0.063 0.023 0.011 0.084 0.012 0.034 0.507 0.131 0.073 0.018 12 L 0.079 0.063 0.014 0.007 0.119 0.011 0.023 0.486 0.123 0.049 0.025 13 Y 0.089 0.065 0.021 0.010 0.126 0.009 0.023 0.452 0.091 0.072 0.042 14 M 0.076 0.097 0.031 0.012 0.108 0.013 0.024 0.462 0.098 0.053 0.026 15 R 0.046 0.096 0.040 0.016 0.087 0.014 0.026 0.487 0.118 0.051 0.018 16 R 0.044 0.079 0.041 0.021 0.075 0.018 0.034 0.492 0.125 0.049 0.021 17 K 0.041 0.071 0.039 0.019 0.065 0.016 0.038 0.448 0.132 0.104 0.026 18 A 0.058 0.102 0.039 0.017 0.095 0.019 0.040 0.410 0.116 0.079 0.025 19 R 0.053 0.160 0.057 0.019 0.116 0.022 0.038 0.337 0.108 0.066 0.024 20 K 0.086 0.090 0.038 0.019 0.124 0.020 0.039 0.319 0.115 0.103 0.048 21 T 0.107 0.113 0.040 0.021 0.160 0.020 0.033 0.271 0.102 0.091 0.043 22 T 0.079 0.129 0.051 0.023 0.175 0.018 0.030 0.287 0.111 0.067 0.030 23 A 0.115 0.104 0.039 0.015 0.181 0.015 0.031 0.271 0.108 0.077 0.044 24 M 0.127 0.128 0.046 0.020 0.212 0.021 0.034 0.219 0.081 0.069 0.043 25 T 0.084 0.151 0.058 0.026 0.181 0.027 0.049 0.242 0.089 0.064 0.029 26 H 0.116 0.096 0.046 0.026 0.161 0.015 0.024 0.195 0.133 0.133 0.057 27 S 0.068 0.126 0.051 0.026 0.139 0.022 0.043 0.299 0.133 0.064 0.028 28 T 0.088 0.128 0.037 0.012 0.160 0.014 0.034 0.275 0.114 0.101 0.036 29 I 0.143 0.071 0.023 0.014 0.185 0.012 0.020 0.252 0.140 0.087 0.054 30 S 0.043 0.087 0.043 0.030 0.086 0.043 0.069 0.395 0.141 0.041 0.021 31 H 0.100 0.087 0.036 0.011 0.137 0.009 0.022 0.267 0.115 0.160 0.057 32 V 0.133 0.083 0.022 0.013 0.176 0.015 0.024 0.279 0.118 0.094 0.043 33 T 0.022 0.130 0.057 0.037 0.072 0.064 0.092 0.381 0.100 0.034 0.011 34 N 0.145 0.056 0.027 0.009 0.110 0.006 0.014 0.241 0.087 0.203 0.101 35 V 0.051 0.059 0.018 0.009 0.060 0.013 0.018 0.485 0.180 0.080 0.029 36 K 0.014 0.045 0.030 0.014 0.029 0.015 0.029 0.674 0.122 0.024 0.005 37 K 0.015 0.021 0.011 0.005 0.023 0.003 0.019 0.704 0.137 0.052 0.010 38 A 0.023 0.034 0.010 0.007 0.041 0.008 0.022 0.715 0.102 0.029 0.008 39 M 0.019 0.028 0.007 0.004 0.054 0.005 0.020 0.752 0.088 0.019 0.004 40 I 0.052 0.013 0.003 0.002 0.073 0.004 0.022 0.722 0.081 0.015 0.012 41 F 0.058 0.030 0.006 0.012 0.091 0.019 0.035 0.640 0.079 0.016 0.013 42 F 0.048 0.052 0.013 0.004 0.150 0.007 0.026 0.599 0.072 0.018 0.011 43 L 0.110 0.029 0.007 0.003 0.131 0.007 0.034 0.482 0.118 0.045 0.032 44 L 0.055 0.097 0.029 0.020 0.125 0.045 0.076 0.390 0.110 0.037 0.016 45 S 0.102 0.106 0.036 0.014 0.164 0.018 0.054 0.275 0.097 0.089 0.045 46 F 0.098 0.076 0.022 0.013 0.144 0.013 0.029 0.255 0.200 0.104 0.047 47 S 0.027 0.071 0.029 0.025 0.067 0.036 0.074 0.402 0.203 0.052 0.014 48 H 0.084 0.062 0.024 0.013 0.113 0.015 0.054 0.264 0.155 0.173 0.044 49 F 0.115 0.117 0.041 0.021 0.153 0.019 0.039 0.210 0.109 0.124 0.053 50 S 0.062 0.116 0.092 0.082 0.106 0.065 0.063 0.198 0.084 0.096 0.037 51 S 0.025 0.122 0.084 0.089 0.057 0.068 0.114 0.240 0.100 0.081 0.019 52 G 0.050 0.064 0.082 0.075 0.057 0.028 0.025 0.128 0.075 0.324 0.093 53 Y 0.123 0.145 0.041 0.015 0.187 0.013 0.022 0.198 0.113 0.091 0.052 54 S 0.082 0.122 0.065 0.023 0.156 0.017 0.030 0.299 0.106 0.063 0.037 55 A 0.068 0.090 0.039 0.017 0.103 0.015 0.039 0.374 0.128 0.097 0.030 56 C 0.083 0.134 0.055 0.019 0.136 0.018 0.029 0.304 0.113 0.082 0.029 57 K 0.058 0.126 0.052 0.019 0.106 0.015 0.034 0.336 0.136 0.082 0.036 58 K 0.085 0.149 0.046 0.013 0.172 0.012 0.038 0.267 0.104 0.082 0.033 59 K 0.078 0.182 0.068 0.024 0.145 0.025 0.057 0.242 0.084 0.064 0.030 60 R 0.106 0.112 0.095 0.042 0.135 0.037 0.059 0.218 0.076 0.075 0.044 61 R 0.038 0.139 0.098 0.094 0.070 0.074 0.087 0.235 0.079 0.066 0.020 62 G 0.039 0.073 0.108 0.138 0.057 0.062 0.036 0.136 0.069 0.228 0.053 63 S 0.056 0.191 0.140 0.076 0.107 0.036 0.041 0.154 0.071 0.091 0.037 64 G 0.050 0.106 0.129 0.109 0.085 0.035 0.021 0.147 0.069 0.179 0.070 65 L 0.176 0.124 0.022 0.007 0.282 0.007 0.015 0.183 0.102 0.048 0.034 66 R 0.136 0.138 0.062 0.018 0.225 0.019 0.041 0.222 0.075 0.030 0.035 67 Y 0.163 0.080 0.043 0.026 0.156 0.029 0.060 0.238 0.071 0.082 0.052 68 F 0.052 0.146 0.101 0.110 0.101 0.054 0.065 0.186 0.073 0.083 0.027 69 G 0.035 0.099 0.085 0.169 0.055 0.066 0.048 0.133 0.089 0.173 0.046 70 N 0.061 0.117 0.071 0.034 0.115 0.022 0.043 0.183 0.144 0.157 0.054 71 K 0.091 0.184 0.067 0.017 0.168 0.013 0.036 0.166 0.118 0.100 0.041 72 L 0.152 0.158 0.045 0.013 0.277 0.012 0.031 0.110 0.074 0.076 0.052 73 W 0.140 0.176 0.077 0.030 0.252 0.021 0.033 0.067 0.050 0.098 0.056 74 R 0.074 0.351 0.212 0.023 0.223 0.006 0.009 0.033 0.020 0.027 0.023 75 P 0.092 0.296 0.140 0.019 0.202 0.015 0.028 0.070 0.052 0.052 0.034 76 T 0.059 0.378 0.245 0.020 0.204 0.006 0.011 0.028 0.016 0.015 0.017 77 P 0.099 0.245 0.101 0.020 0.192 0.021 0.044 0.118 0.068 0.049 0.041 78 R 0.074 0.169 0.172 0.062 0.134 0.045 0.055 0.114 0.062 0.073 0.040 79 S 0.042 0.146 0.082 0.082 0.093 0.081 0.119 0.141 0.087 0.097 0.031 80 G 0.057 0.082 0.098 0.109 0.072 0.040 0.030 0.082 0.079 0.259 0.093 81 Q 0.081 0.154 0.140 0.069 0.130 0.039 0.041 0.112 0.075 0.110 0.048 82 S 0.046 0.188 0.109 0.098 0.103 0.064 0.072 0.120 0.080 0.083 0.037 83 G 0.050 0.065 0.057 0.083 0.076 0.026 0.026 0.081 0.101 0.336 0.100 84 Q 0.102 0.165 0.087 0.024 0.186 0.012 0.027 0.121 0.090 0.138 0.048 85 S 0.087 0.238 0.105 0.024 0.194 0.019 0.034 0.091 0.067 0.097 0.044 86 R 0.074 0.306 0.225 0.031 0.207 0.007 0.012 0.045 0.034 0.032 0.027 87 P 0.088 0.287 0.137 0.015 0.180 0.014 0.030 0.094 0.074 0.048 0.033 88 K 0.102 0.159 0.102 0.019 0.183 0.027 0.075 0.158 0.073 0.064 0.039 89 T 0.070 0.165 0.090 0.061 0.129 0.064 0.103 0.103 0.056 0.119 0.042 90 G 0.028 0.125 0.262 0.302 0.066 0.069 0.025 0.041 0.020 0.038 0.023 91 P 0.080 0.094 0.079 0.046 0.111 0.065 0.081 0.211 0.106 0.088 0.039 92 H 0.063 0.146 0.134 0.071 0.112 0.039 0.060 0.112 0.067 0.147 0.050 93 G 0.048 0.094 0.103 0.139 0.082 0.051 0.043 0.095 0.071 0.202 0.073 94 S 0.136 0.153 0.062 0.029 0.199 0.025 0.032 0.110 0.077 0.121 0.058 95 Q 0.122 0.200 0.066 0.020 0.225 0.017 0.037 0.135 0.060 0.079 0.039 96 R 0.169 0.210 0.037 0.007 0.360 0.007 0.017 0.087 0.028 0.040 0.037 97 V 0.335 0.117 0.011 0.004 0.419 0.005 0.006 0.044 0.009 0.008 0.042 98 V 0.156 0.205 0.036 0.009 0.407 0.016 0.022 0.095 0.014 0.014 0.029 99 F 0.342 0.076 0.017 0.006 0.320 0.005 0.006 0.098 0.027 0.023 0.081 100 L 0.100 0.175 0.050 0.042 0.173 0.049 0.032 0.265 0.061 0.023 0.030 101 E 0.192 0.143 0.050 0.009 0.223 0.007 0.014 0.190 0.047 0.053 0.073 102 L 0.066 0.076 0.032 0.020 0.092 0.019 0.019 0.405 0.166 0.072 0.032 103 K 0.035 0.136 0.061 0.035 0.065 0.024 0.040 0.424 0.130 0.033 0.015 104 K 0.044 0.056 0.032 0.019 0.057 0.017 0.038 0.399 0.172 0.136 0.029 105 A 0.045 0.094 0.037 0.020 0.084 0.020 0.048 0.372 0.168 0.084 0.028 106 Q 0.058 0.091 0.036 0.021 0.102 0.020 0.046 0.333 0.166 0.090 0.038 107 R 0.056 0.074 0.039 0.020 0.095 0.030 0.073 0.333 0.138 0.109 0.034 108 W 0.085 0.120 0.064 0.028 0.144 0.021 0.037 0.215 0.111 0.122 0.052 109 A 0.055 0.135 0.084 0.036 0.118 0.030 0.055 0.247 0.117 0.093 0.030