# TARGET YDR031W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YDR031W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 S 0.002 0.012 0.004 0.033 0.008 0.017 0.923 3 D 0.001 0.005 0.019 0.310 0.288 0.081 0.295 4 I 0.001 0.002 0.023 0.692 0.066 0.082 0.134 5 L 0.001 0.001 0.018 0.829 0.018 0.057 0.077 6 D 0.001 0.001 0.005 0.914 0.018 0.013 0.049 7 E 0.001 0.001 0.001 0.964 0.010 0.006 0.017 8 I 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.006 0.007 9 V 0.001 0.001 0.001 0.974 0.002 0.017 0.006 10 I 0.001 0.001 0.001 0.974 0.002 0.020 0.003 11 E 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.014 0.002 12 D 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.004 0.005 13 V 0.001 0.001 0.004 0.987 0.002 0.005 0.003 14 V 0.001 0.001 0.012 0.968 0.002 0.016 0.002 15 A 0.001 0.001 0.011 0.832 0.004 0.150 0.002 16 N 0.001 0.001 0.009 0.679 0.006 0.299 0.005 17 C 0.001 0.006 0.009 0.516 0.170 0.070 0.229 18 P 0.001 0.001 0.029 0.767 0.060 0.080 0.063 19 Q 0.001 0.001 0.065 0.802 0.020 0.093 0.018 20 E 0.001 0.002 0.056 0.827 0.021 0.062 0.030 21 F 0.003 0.001 0.035 0.899 0.008 0.034 0.019 22 L 0.004 0.001 0.039 0.882 0.012 0.051 0.012 23 Q 0.010 0.001 0.042 0.837 0.014 0.080 0.017 24 Y 0.011 0.004 0.029 0.835 0.019 0.071 0.031 25 H 0.064 0.007 0.018 0.661 0.043 0.138 0.071 26 K 0.109 0.005 0.026 0.618 0.054 0.124 0.065 27 C 0.150 0.011 0.023 0.621 0.038 0.070 0.087 28 I 0.183 0.013 0.027 0.605 0.032 0.055 0.085 29 R 0.138 0.006 0.022 0.506 0.093 0.131 0.105 30 D 0.057 0.007 0.015 0.203 0.249 0.170 0.299 31 N 0.018 0.010 0.007 0.032 0.212 0.057 0.665 32 E 0.008 0.005 0.090 0.089 0.167 0.407 0.234 33 E 0.005 0.004 0.105 0.062 0.163 0.497 0.165 34 N 0.008 0.013 0.097 0.075 0.262 0.152 0.393 35 P 0.013 0.012 0.057 0.175 0.228 0.137 0.379 36 G 0.016 0.012 0.090 0.333 0.107 0.166 0.275 37 K 0.026 0.015 0.121 0.416 0.124 0.122 0.176 38 C 0.042 0.015 0.074 0.517 0.070 0.112 0.169 39 K 0.032 0.013 0.044 0.575 0.065 0.105 0.166 40 D 0.020 0.008 0.031 0.596 0.075 0.122 0.149 41 G 0.018 0.005 0.019 0.671 0.063 0.114 0.111 42 R 0.024 0.004 0.014 0.658 0.055 0.150 0.093 43 M 0.041 0.005 0.016 0.583 0.072 0.147 0.137 44 I 0.116 0.013 0.016 0.577 0.061 0.039 0.178 45 L 0.182 0.013 0.019 0.651 0.033 0.032 0.070 46 S 0.241 0.010 0.019 0.597 0.023 0.039 0.070 47 T 0.234 0.007 0.022 0.596 0.026 0.055 0.061 48 C 0.197 0.006 0.029 0.550 0.046 0.106 0.066 49 I 0.112 0.011 0.042 0.540 0.059 0.096 0.139 50 R 0.053 0.011 0.091 0.478 0.076 0.121 0.170 51 E 0.014 0.002 0.056 0.327 0.069 0.481 0.051 52 K 0.008 0.003 0.042 0.249 0.079 0.575 0.044 53 V 0.028 0.011 0.005 0.161 0.459 0.032 0.305 54 P 0.053 0.021 0.007 0.162 0.104 0.088 0.565 55 S 0.059 0.042 0.016 0.475 0.032 0.045 0.332 56 V 0.020 0.006 0.026 0.824 0.017 0.032 0.076 57 K 0.018 0.001 0.023 0.877 0.020 0.035 0.026 58 S 0.019 0.002 0.022 0.888 0.015 0.032 0.022 59 I 0.007 0.002 0.020 0.903 0.021 0.023 0.024 60 M 0.005 0.001 0.017 0.915 0.014 0.026 0.021 61 S 0.002 0.001 0.016 0.896 0.020 0.057 0.008 62 E 0.001 0.001 0.016 0.844 0.007 0.123 0.009 63 C 0.001 0.002 0.013 0.816 0.018 0.107 0.043 64 S 0.001 0.002 0.017 0.821 0.034 0.060 0.066 65 E 0.001 0.001 0.016 0.889 0.021 0.058 0.015 66 P 0.001 0.001 0.012 0.901 0.010 0.060 0.017 67 M 0.001 0.001 0.005 0.939 0.010 0.023 0.021 68 K 0.001 0.001 0.003 0.974 0.004 0.012 0.006 69 K 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.009 0.004 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.002 71 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 73 C 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.012 0.002 74 I 0.001 0.001 0.005 0.970 0.004 0.016 0.004 75 R 0.002 0.001 0.008 0.919 0.008 0.053 0.009 76 D 0.001 0.001 0.008 0.781 0.027 0.159 0.024 77 N 0.002 0.003 0.010 0.480 0.105 0.215 0.184 78 M 0.002 0.003 0.037 0.394 0.097 0.324 0.143 79 G 0.004 0.004 0.071 0.456 0.110 0.260 0.095 80 T 0.007 0.005 0.069 0.442 0.146 0.154 0.176 81 R 0.013 0.009 0.055 0.587 0.083 0.088 0.165 82 T 0.017 0.006 0.041 0.685 0.057 0.087 0.107 83 I 0.011 0.009 0.045 0.686 0.043 0.100 0.107 84 N 0.007 0.004 0.021 0.758 0.037 0.051 0.122 85 E 0.003 0.002 0.014 0.877 0.027 0.039 0.039 86 N 0.002 0.001 0.017 0.885 0.016 0.054 0.025 87 C 0.001 0.001 0.011 0.903 0.015 0.042 0.027 88 L 0.001 0.001 0.006 0.935 0.012 0.027 0.018 89 G 0.001 0.001 0.005 0.944 0.011 0.026 0.013 90 F 0.001 0.001 0.002 0.955 0.007 0.025 0.010 91 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.006 0.003 92 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 93 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 94 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.008 0.003 95 R 0.001 0.001 0.002 0.971 0.003 0.019 0.005 96 K 0.001 0.001 0.004 0.866 0.007 0.113 0.008 97 C 0.001 0.001 0.009 0.667 0.022 0.264 0.037 98 A 0.001 0.007 0.029 0.502 0.055 0.234 0.172 99 E 0.003 0.007 0.071 0.316 0.107 0.264 0.233 100 L 0.005 0.004 0.134 0.213 0.098 0.329 0.217 101 Q 0.010 0.010 0.126 0.174 0.154 0.121 0.404 102 V 0.030 0.034 0.110 0.176 0.133 0.096 0.422 103 K 0.056 0.020 0.086 0.139 0.147 0.155 0.396 104 N 0.048 0.015 0.040 0.061 0.117 0.171 0.548 105 K 0.041 0.018 0.014 0.029 0.142 0.046 0.711 106 N 0.030 0.012 0.007 0.009 0.113 0.031 0.797 107 I 0.030 0.043 0.007 0.012 0.204 0.022 0.682 108 K 0.022 0.022 0.004 0.010 0.103 0.013 0.827 109 P 0.014 0.013 0.071 0.091 0.129 0.129 0.553 110 S 0.011 0.013 0.114 0.085 0.140 0.214 0.422 111 I 0.008 0.017 0.217 0.084 0.165 0.233 0.277 112 N 0.008 0.005 0.089 0.081 0.152 0.498 0.167 113 G 0.017 0.008 0.061 0.059 0.191 0.476 0.189 114 V 0.073 0.033 0.028 0.070 0.246 0.053 0.497 115 N 0.244 0.038 0.034 0.121 0.074 0.038 0.451 116 L 0.412 0.018 0.067 0.220 0.048 0.054 0.181 117 E 0.498 0.013 0.090 0.211 0.034 0.046 0.109 118 L 0.565 0.017 0.067 0.178 0.037 0.034 0.103 119 I 0.560 0.018 0.033 0.136 0.049 0.034 0.170 120 K 0.353 0.024 0.018 0.099 0.040 0.055 0.411 121 D 0.012 0.001 0.002 0.011 0.016 0.005 0.952