# TARGET YDL011C # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YDL011C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.012 0.744 0.002 0.012 0.136 0.001 0.001 0.004 0.034 0.017 0.008 0.029 2 A 0.003 0.025 0.493 0.003 0.054 0.303 0.001 0.001 0.006 0.036 0.040 0.009 0.026 3 D 0.006 0.012 0.235 0.005 0.107 0.361 0.001 0.001 0.008 0.138 0.088 0.022 0.017 4 K 0.008 0.009 0.187 0.005 0.126 0.405 0.001 0.002 0.008 0.084 0.127 0.011 0.028 5 L 0.015 0.020 0.213 0.003 0.076 0.404 0.002 0.003 0.009 0.096 0.097 0.027 0.035 6 S 0.010 0.025 0.326 0.003 0.045 0.314 0.001 0.003 0.008 0.097 0.105 0.025 0.037 7 S 0.006 0.016 0.295 0.003 0.050 0.318 0.001 0.001 0.005 0.130 0.137 0.013 0.023 8 T 0.004 0.011 0.236 0.004 0.082 0.278 0.001 0.001 0.003 0.158 0.199 0.010 0.015 9 D 0.004 0.017 0.227 0.004 0.140 0.226 0.001 0.001 0.004 0.149 0.202 0.010 0.016 10 A 0.009 0.019 0.183 0.004 0.222 0.233 0.002 0.002 0.006 0.098 0.184 0.012 0.027 11 M 0.008 0.018 0.135 0.005 0.221 0.172 0.002 0.003 0.008 0.096 0.300 0.010 0.022 12 G 0.014 0.015 0.179 0.007 0.163 0.095 0.002 0.001 0.008 0.107 0.360 0.026 0.023 13 C 0.018 0.033 0.342 0.004 0.071 0.072 0.003 0.001 0.008 0.180 0.165 0.019 0.084 14 W 0.012 0.051 0.379 0.005 0.029 0.055 0.002 0.001 0.009 0.227 0.128 0.039 0.062 15 S 0.004 0.021 0.461 0.009 0.026 0.041 0.001 0.001 0.004 0.262 0.094 0.033 0.044 16 P 0.004 0.006 0.245 0.021 0.067 0.084 0.001 0.001 0.002 0.186 0.332 0.012 0.040 17 T 0.031 0.012 0.214 0.025 0.069 0.103 0.003 0.001 0.011 0.177 0.246 0.043 0.065 18 F 0.127 0.019 0.250 0.013 0.022 0.090 0.017 0.005 0.051 0.072 0.035 0.073 0.226 19 C 0.259 0.011 0.129 0.037 0.008 0.063 0.055 0.014 0.065 0.031 0.013 0.162 0.154 20 F 0.345 0.009 0.065 0.015 0.008 0.064 0.063 0.029 0.069 0.015 0.009 0.081 0.226 21 I 0.351 0.007 0.061 0.035 0.011 0.078 0.078 0.042 0.059 0.013 0.010 0.118 0.137 22 S 0.318 0.005 0.072 0.025 0.011 0.067 0.064 0.029 0.054 0.019 0.011 0.170 0.154 23 L 0.229 0.013 0.078 0.023 0.031 0.079 0.052 0.018 0.045 0.030 0.037 0.072 0.293 24 I 0.157 0.018 0.160 0.066 0.039 0.086 0.033 0.010 0.034 0.083 0.066 0.107 0.141 25 S 0.059 0.017 0.306 0.028 0.039 0.068 0.010 0.002 0.020 0.126 0.087 0.088 0.150 26 S 0.011 0.012 0.336 0.008 0.045 0.073 0.002 0.001 0.008 0.233 0.148 0.048 0.076 27 S 0.006 0.033 0.316 0.008 0.058 0.059 0.001 0.001 0.004 0.191 0.244 0.023 0.056 28 T 0.006 0.016 0.308 0.004 0.106 0.091 0.001 0.001 0.002 0.200 0.210 0.013 0.043 29 S 0.005 0.013 0.207 0.020 0.110 0.112 0.001 0.001 0.003 0.230 0.257 0.024 0.019 30 E 0.009 0.017 0.236 0.018 0.081 0.093 0.002 0.001 0.004 0.219 0.224 0.014 0.082 31 L 0.017 0.013 0.425 0.026 0.020 0.068 0.002 0.001 0.009 0.218 0.044 0.110 0.046 32 P 0.040 0.013 0.465 0.016 0.016 0.058 0.007 0.003 0.025 0.063 0.039 0.039 0.215 33 L 0.261 0.013 0.141 0.021 0.013 0.082 0.042 0.030 0.083 0.034 0.028 0.074 0.179 34 F 0.437 0.006 0.052 0.005 0.004 0.037 0.052 0.038 0.085 0.010 0.006 0.188 0.080 35 V 0.426 0.006 0.030 0.008 0.003 0.036 0.067 0.034 0.075 0.005 0.004 0.021 0.285 36 V 0.401 0.002 0.041 0.074 0.002 0.024 0.044 0.020 0.049 0.009 0.005 0.285 0.044 37 E 0.312 0.004 0.054 0.019 0.004 0.024 0.044 0.017 0.064 0.016 0.007 0.080 0.356 38 V 0.241 0.006 0.110 0.042 0.023 0.079 0.029 0.023 0.049 0.041 0.036 0.122 0.200 39 G 0.210 0.011 0.122 0.030 0.041 0.111 0.038 0.016 0.038 0.050 0.064 0.124 0.146 40 I 0.166 0.015 0.112 0.023 0.070 0.169 0.029 0.006 0.030 0.048 0.064 0.058 0.209 41 A 0.139 0.009 0.119 0.030 0.061 0.209 0.027 0.009 0.029 0.054 0.081 0.133 0.099 42 A 0.113 0.017 0.131 0.038 0.073 0.196 0.024 0.004 0.024 0.068 0.124 0.054 0.133 43 Y 0.072 0.014 0.188 0.010 0.063 0.209 0.012 0.003 0.017 0.116 0.114 0.112 0.072 44 S 0.048 0.040 0.273 0.006 0.053 0.197 0.006 0.002 0.008 0.104 0.107 0.033 0.123 45 L 0.017 0.037 0.199 0.006 0.076 0.288 0.003 0.001 0.004 0.115 0.181 0.019 0.056 46 E 0.006 0.012 0.247 0.014 0.049 0.186 0.001 0.001 0.002 0.171 0.279 0.014 0.018 47 D 0.001 0.005 0.307 0.002 0.026 0.123 0.001 0.001 0.001 0.367 0.150 0.006 0.011 48 P 0.001 0.008 0.401 0.003 0.032 0.230 0.001 0.001 0.001 0.195 0.116 0.004 0.011 49 P 0.003 0.008 0.244 0.003 0.056 0.446 0.001 0.001 0.002 0.088 0.130 0.005 0.014 50 A 0.020 0.010 0.132 0.003 0.051 0.573 0.003 0.002 0.011 0.064 0.088 0.026 0.019 51 I 0.047 0.011 0.080 0.003 0.037 0.666 0.005 0.005 0.015 0.022 0.035 0.007 0.067 52 L 0.097 0.004 0.053 0.020 0.019 0.662 0.007 0.005 0.013 0.025 0.029 0.045 0.021 53 S 0.124 0.003 0.045 0.010 0.023 0.635 0.012 0.008 0.018 0.018 0.027 0.024 0.054 54 I 0.197 0.004 0.033 0.010 0.031 0.527 0.021 0.014 0.023 0.015 0.024 0.023 0.076 55 L 0.188 0.003 0.030 0.009 0.024 0.554 0.018 0.023 0.021 0.012 0.029 0.050 0.040 56 V 0.133 0.006 0.034 0.011 0.021 0.584 0.015 0.019 0.024 0.015 0.042 0.023 0.074 57 L 0.090 0.006 0.072 0.031 0.024 0.544 0.012 0.010 0.013 0.038 0.065 0.048 0.047 58 N 0.058 0.008 0.122 0.027 0.025 0.485 0.005 0.004 0.010 0.076 0.080 0.043 0.055 59 A 0.034 0.006 0.063 0.004 0.053 0.627 0.003 0.003 0.005 0.037 0.114 0.008 0.044 60 L 0.062 0.007 0.070 0.006 0.048 0.596 0.007 0.006 0.008 0.042 0.093 0.033 0.021 61 E 0.053 0.012 0.085 0.003 0.039 0.590 0.007 0.004 0.011 0.033 0.084 0.025 0.053 62 V 0.026 0.008 0.075 0.004 0.025 0.718 0.003 0.003 0.008 0.030 0.056 0.008 0.036 63 S 0.028 0.004 0.082 0.012 0.028 0.686 0.003 0.002 0.005 0.043 0.065 0.029 0.013 64 S 0.033 0.005 0.068 0.002 0.035 0.662 0.004 0.001 0.007 0.044 0.092 0.012 0.035 65 F 0.030 0.007 0.061 0.002 0.039 0.697 0.004 0.003 0.007 0.031 0.081 0.009 0.029 66 I 0.031 0.008 0.072 0.008 0.046 0.680 0.005 0.003 0.007 0.029 0.073 0.016 0.021 67 S 0.036 0.003 0.093 0.010 0.047 0.581 0.003 0.001 0.004 0.048 0.109 0.035 0.029 68 T 0.033 0.007 0.089 0.004 0.039 0.573 0.003 0.001 0.005 0.057 0.107 0.020 0.063 69 V 0.060 0.019 0.095 0.008 0.032 0.543 0.005 0.002 0.006 0.052 0.066 0.026 0.086 70 K 0.058 0.008 0.125 0.050 0.034 0.464 0.005 0.003 0.006 0.061 0.074 0.068 0.044 71 K 0.063 0.007 0.115 0.023 0.051 0.402 0.005 0.002 0.009 0.055 0.122 0.035 0.110 72 F 0.114 0.011 0.125 0.023 0.037 0.350 0.008 0.005 0.011 0.061 0.068 0.058 0.129 73 A 0.159 0.011 0.127 0.019 0.028 0.285 0.012 0.007 0.014 0.051 0.063 0.120 0.103 74 F 0.187 0.011 0.114 0.018 0.031 0.254 0.014 0.011 0.017 0.042 0.054 0.065 0.181 75 C 0.229 0.015 0.127 0.031 0.025 0.186 0.010 0.013 0.012 0.046 0.054 0.116 0.136 76 A 0.219 0.015 0.138 0.024 0.024 0.148 0.007 0.006 0.008 0.064 0.059 0.105 0.181 77 T 0.145 0.019 0.209 0.017 0.024 0.122 0.004 0.005 0.008 0.095 0.073 0.111 0.168 78 K 0.072 0.018 0.218 0.021 0.033 0.099 0.002 0.003 0.006 0.178 0.149 0.079 0.120 79 N 0.033 0.022 0.322 0.016 0.036 0.070 0.001 0.002 0.006 0.177 0.169 0.048 0.099 80 T 0.022 0.030 0.320 0.010 0.040 0.057 0.001 0.002 0.004 0.215 0.174 0.053 0.071 81 N 0.013 0.020 0.289 0.009 0.034 0.046 0.001 0.001 0.002 0.243 0.250 0.037 0.056 82 N 0.008 0.013 0.253 0.010 0.033 0.068 0.001 0.001 0.001 0.294 0.272 0.018 0.031 83 N 0.017 0.017 0.242 0.011 0.027 0.083 0.001 0.001 0.001 0.265 0.281 0.024 0.032 84 N 0.043 0.009 0.277 0.011 0.018 0.129 0.001 0.001 0.002 0.228 0.187 0.038 0.056 85 S 0.169 0.014 0.252 0.004 0.010 0.212 0.004 0.002 0.008 0.106 0.053 0.057 0.108 86 V 0.316 0.016 0.092 0.002 0.005 0.338 0.015 0.005 0.016 0.019 0.010 0.036 0.131 87 V 0.355 0.007 0.049 0.009 0.004 0.398 0.015 0.006 0.015 0.015 0.007 0.083 0.038 88 M 0.179 0.003 0.029 0.004 0.009 0.641 0.010 0.004 0.011 0.009 0.008 0.012 0.080 89 L 0.122 0.001 0.024 0.013 0.020 0.757 0.006 0.002 0.005 0.009 0.007 0.016 0.018 90 K 0.119 0.001 0.016 0.006 0.024 0.772 0.004 0.001 0.003 0.009 0.008 0.015 0.021 91 I 0.070 0.001 0.006 0.002 0.024 0.850 0.003 0.001 0.002 0.004 0.010 0.006 0.022 92 L 0.060 0.001 0.005 0.005 0.015 0.884 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 0.005 0.007 93 A 0.030 0.001 0.004 0.004 0.016 0.916 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.004 0.005 94 F 0.014 0.001 0.004 0.001 0.013 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.002 0.004 95 L 0.012 0.001 0.004 0.001 0.012 0.925 0.001 0.002 0.001 0.004 0.030 0.002 0.005 96 L 0.008 0.001 0.007 0.001 0.013 0.900 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.001 0.003 97 L 0.006 0.001 0.013 0.001 0.019 0.871 0.001 0.001 0.001 0.009 0.069 0.003 0.004 98 E 0.007 0.002 0.018 0.009 0.025 0.727 0.001 0.001 0.001 0.028 0.173 0.003 0.007 99 G 0.010 0.002 0.033 0.005 0.033 0.574 0.001 0.001 0.002 0.038 0.281 0.009 0.010 100 I 0.046 0.010 0.124 0.004 0.019 0.586 0.008 0.004 0.015 0.052 0.051 0.028 0.051 101 I 0.099 0.020 0.085 0.011 0.010 0.441 0.020 0.005 0.041 0.027 0.027 0.047 0.168 102 I 0.125 0.008 0.086 0.055 0.008 0.404 0.041 0.013 0.059 0.032 0.015 0.068 0.086 103 K 0.169 0.006 0.091 0.037 0.019 0.379 0.047 0.012 0.052 0.030 0.022 0.049 0.086 104 L 0.221 0.009 0.067 0.012 0.041 0.299 0.083 0.008 0.045 0.029 0.030 0.055 0.102 105 F 0.174 0.019 0.127 0.004 0.034 0.213 0.098 0.005 0.052 0.037 0.065 0.078 0.093 106 L 0.046 0.023 0.401 0.003 0.013 0.084 0.056 0.002 0.067 0.026 0.089 0.041 0.149 107 Y 0.001 0.001 0.963 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.015