# TARGET YDL011C # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YDL011C.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 2 A 0.052 0.025 0.034 0.148 0.005 0.077 0.660 3 D 0.064 0.014 0.066 0.120 0.156 0.166 0.415 4 K 0.077 0.020 0.071 0.133 0.195 0.142 0.362 5 L 0.102 0.023 0.045 0.121 0.196 0.095 0.417 6 S 0.095 0.021 0.043 0.111 0.182 0.102 0.447 7 S 0.117 0.025 0.058 0.156 0.179 0.117 0.349 8 T 0.121 0.019 0.072 0.181 0.153 0.175 0.278 9 D 0.102 0.021 0.091 0.147 0.176 0.207 0.257 10 A 0.120 0.034 0.085 0.149 0.149 0.186 0.277 11 M 0.114 0.026 0.083 0.108 0.152 0.301 0.216 12 G 0.116 0.014 0.053 0.054 0.181 0.312 0.270 13 C 0.148 0.028 0.029 0.040 0.184 0.109 0.461 14 W 0.192 0.060 0.021 0.057 0.198 0.070 0.402 15 S 0.128 0.016 0.019 0.053 0.176 0.045 0.561 16 P 0.119 0.015 0.065 0.144 0.138 0.186 0.333 17 T 0.237 0.019 0.073 0.183 0.107 0.173 0.209 18 F 0.446 0.022 0.051 0.170 0.064 0.049 0.198 19 C 0.611 0.018 0.025 0.149 0.035 0.027 0.134 20 F 0.691 0.010 0.028 0.146 0.026 0.026 0.074 21 I 0.663 0.007 0.044 0.165 0.021 0.025 0.074 22 S 0.577 0.007 0.054 0.210 0.034 0.038 0.079 23 L 0.546 0.013 0.059 0.188 0.047 0.063 0.084 24 I 0.524 0.029 0.034 0.142 0.071 0.058 0.142 25 S 0.318 0.015 0.036 0.138 0.129 0.093 0.270 26 S 0.118 0.007 0.051 0.155 0.225 0.207 0.237 27 S 0.073 0.011 0.072 0.130 0.205 0.259 0.251 28 T 0.066 0.013 0.122 0.164 0.195 0.197 0.244 29 S 0.073 0.008 0.097 0.190 0.184 0.218 0.230 30 E 0.119 0.011 0.072 0.198 0.151 0.217 0.231 31 L 0.226 0.016 0.021 0.112 0.182 0.042 0.401 32 P 0.341 0.013 0.015 0.082 0.086 0.035 0.428 33 L 0.700 0.012 0.016 0.083 0.032 0.019 0.137 34 F 0.824 0.007 0.012 0.074 0.015 0.008 0.060 35 V 0.862 0.004 0.007 0.069 0.009 0.006 0.043 36 V 0.818 0.005 0.009 0.099 0.013 0.009 0.048 37 E 0.734 0.008 0.014 0.126 0.021 0.020 0.078 38 V 0.559 0.007 0.030 0.172 0.046 0.074 0.112 39 G 0.457 0.009 0.040 0.136 0.094 0.126 0.139 40 I 0.443 0.014 0.064 0.165 0.081 0.059 0.174 41 A 0.392 0.017 0.104 0.173 0.078 0.062 0.174 42 A 0.307 0.015 0.134 0.187 0.083 0.135 0.140 43 Y 0.213 0.020 0.108 0.187 0.127 0.133 0.212 44 S 0.156 0.021 0.072 0.159 0.144 0.120 0.329 45 L 0.074 0.007 0.087 0.194 0.160 0.206 0.272 46 E 0.042 0.009 0.064 0.202 0.245 0.202 0.235 47 D 0.033 0.012 0.017 0.134 0.357 0.060 0.386 48 P 0.020 0.006 0.018 0.223 0.149 0.068 0.515 49 P 0.023 0.005 0.054 0.550 0.066 0.135 0.168 50 A 0.048 0.007 0.063 0.650 0.048 0.087 0.097 51 I 0.085 0.007 0.044 0.754 0.022 0.031 0.057 52 L 0.152 0.005 0.035 0.720 0.018 0.022 0.047 53 S 0.197 0.003 0.039 0.677 0.022 0.026 0.036 54 I 0.263 0.004 0.040 0.623 0.016 0.023 0.031 55 L 0.281 0.004 0.033 0.608 0.015 0.030 0.029 56 V 0.274 0.007 0.034 0.547 0.025 0.064 0.050 57 L 0.213 0.007 0.053 0.463 0.066 0.097 0.100 58 N 0.189 0.005 0.079 0.375 0.078 0.127 0.147 59 A 0.124 0.007 0.112 0.444 0.068 0.130 0.116 60 L 0.132 0.012 0.094 0.414 0.093 0.126 0.129 61 E 0.183 0.016 0.067 0.384 0.084 0.098 0.169 62 V 0.130 0.011 0.058 0.547 0.056 0.062 0.135 63 S 0.074 0.004 0.049 0.665 0.042 0.069 0.096 64 S 0.077 0.005 0.061 0.661 0.037 0.092 0.067 65 F 0.075 0.008 0.047 0.704 0.035 0.072 0.059 66 I 0.064 0.006 0.037 0.747 0.029 0.049 0.068 67 S 0.060 0.002 0.046 0.724 0.032 0.079 0.056 68 T 0.062 0.004 0.040 0.680 0.042 0.119 0.053 69 V 0.103 0.008 0.035 0.668 0.039 0.069 0.078 70 K 0.135 0.007 0.040 0.604 0.048 0.073 0.093 71 K 0.144 0.005 0.043 0.566 0.063 0.096 0.082 72 F 0.211 0.008 0.051 0.509 0.043 0.082 0.097 73 A 0.302 0.016 0.043 0.381 0.060 0.078 0.120 74 F 0.401 0.015 0.036 0.266 0.062 0.084 0.135 75 C 0.387 0.012 0.041 0.196 0.079 0.101 0.184 76 A 0.422 0.016 0.036 0.122 0.107 0.110 0.186 77 T 0.281 0.020 0.040 0.115 0.133 0.125 0.285 78 K 0.190 0.022 0.044 0.095 0.213 0.198 0.239 79 N 0.171 0.024 0.037 0.064 0.190 0.195 0.320 80 T 0.101 0.028 0.035 0.049 0.240 0.208 0.339 81 N 0.049 0.015 0.027 0.037 0.240 0.286 0.345 82 N 0.037 0.010 0.029 0.040 0.291 0.316 0.277 83 N 0.035 0.007 0.023 0.072 0.307 0.281 0.276 84 N 0.080 0.007 0.017 0.109 0.287 0.154 0.345 85 S 0.187 0.016 0.016 0.242 0.137 0.054 0.349 86 V 0.343 0.023 0.010 0.351 0.040 0.015 0.219 87 V 0.345 0.012 0.011 0.480 0.022 0.010 0.121 88 M 0.232 0.004 0.013 0.679 0.013 0.010 0.049 89 L 0.162 0.002 0.013 0.768 0.009 0.008 0.039 90 K 0.123 0.001 0.011 0.821 0.011 0.007 0.026 91 I 0.109 0.001 0.006 0.852 0.010 0.006 0.017 92 L 0.062 0.001 0.007 0.903 0.008 0.007 0.012 93 A 0.040 0.001 0.010 0.924 0.006 0.013 0.007 94 F 0.023 0.001 0.011 0.935 0.005 0.019 0.007 95 L 0.021 0.001 0.014 0.914 0.009 0.029 0.012 96 L 0.018 0.001 0.018 0.868 0.014 0.064 0.018 97 L 0.018 0.002 0.017 0.816 0.033 0.074 0.040 98 E 0.017 0.002 0.022 0.799 0.023 0.099 0.038 99 G 0.030 0.002 0.021 0.774 0.024 0.110 0.039 100 I 0.068 0.005 0.019 0.780 0.026 0.044 0.058 101 I 0.152 0.004 0.022 0.726 0.025 0.022 0.049 102 I 0.210 0.005 0.026 0.666 0.025 0.028 0.041 103 K 0.264 0.002 0.039 0.576 0.026 0.051 0.042 104 L 0.258 0.003 0.049 0.484 0.050 0.078 0.078 105 F 0.298 0.006 0.033 0.346 0.081 0.093 0.143 106 L 0.167 0.012 0.022 0.189 0.006 0.138 0.466 107 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997