# TARGET YCL046W # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YCL046W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.010 0.825 0.002 0.011 0.052 0.001 0.001 0.009 0.024 0.019 0.011 0.036 2 V 0.006 0.050 0.679 0.003 0.014 0.092 0.002 0.001 0.027 0.028 0.033 0.020 0.045 3 K 0.009 0.022 0.420 0.005 0.018 0.166 0.001 0.001 0.016 0.144 0.107 0.042 0.047 4 G 0.006 0.006 0.257 0.006 0.020 0.259 0.001 0.001 0.006 0.179 0.216 0.013 0.031 5 K 0.008 0.008 0.251 0.003 0.029 0.469 0.002 0.001 0.005 0.093 0.074 0.026 0.032 6 T 0.016 0.009 0.171 0.004 0.027 0.576 0.004 0.002 0.009 0.052 0.043 0.023 0.063 7 F 0.018 0.013 0.152 0.004 0.041 0.586 0.006 0.004 0.020 0.035 0.044 0.029 0.049 8 L 0.016 0.010 0.101 0.006 0.068 0.639 0.008 0.003 0.011 0.031 0.058 0.012 0.036 9 K 0.017 0.004 0.106 0.011 0.088 0.563 0.004 0.001 0.005 0.061 0.085 0.033 0.020 10 R 0.010 0.010 0.121 0.004 0.059 0.487 0.005 0.001 0.008 0.075 0.144 0.016 0.060 11 I 0.009 0.033 0.243 0.003 0.028 0.383 0.004 0.001 0.010 0.114 0.114 0.020 0.037 12 C 0.002 0.010 0.621 0.004 0.012 0.130 0.001 0.001 0.004 0.151 0.024 0.023 0.019 13 P 0.001 0.004 0.241 0.003 0.100 0.401 0.001 0.001 0.003 0.068 0.157 0.003 0.020 14 E 0.002 0.005 0.093 0.002 0.182 0.437 0.001 0.001 0.001 0.056 0.213 0.004 0.005 15 E 0.003 0.007 0.134 0.001 0.150 0.480 0.001 0.001 0.005 0.069 0.133 0.008 0.010 16 T 0.004 0.015 0.298 0.002 0.069 0.403 0.001 0.001 0.011 0.060 0.099 0.006 0.031 17 L 0.008 0.015 0.252 0.003 0.038 0.396 0.001 0.001 0.007 0.096 0.139 0.026 0.018 18 N 0.004 0.016 0.333 0.003 0.035 0.303 0.001 0.001 0.004 0.150 0.105 0.010 0.035 19 E 0.003 0.006 0.188 0.004 0.073 0.426 0.001 0.001 0.002 0.121 0.151 0.008 0.016 20 E 0.004 0.011 0.209 0.003 0.068 0.437 0.001 0.002 0.005 0.088 0.132 0.018 0.020 21 T 0.006 0.021 0.222 0.006 0.075 0.387 0.001 0.004 0.009 0.082 0.124 0.018 0.044 22 K 0.009 0.012 0.217 0.012 0.073 0.376 0.001 0.005 0.011 0.105 0.125 0.014 0.041 23 Q 0.019 0.010 0.179 0.020 0.047 0.383 0.003 0.005 0.016 0.130 0.087 0.063 0.038 24 E 0.030 0.024 0.205 0.012 0.042 0.330 0.006 0.006 0.033 0.053 0.076 0.021 0.162 25 V 0.052 0.021 0.244 0.022 0.019 0.254 0.011 0.013 0.043 0.070 0.046 0.127 0.078 26 S 0.067 0.024 0.270 0.013 0.015 0.195 0.012 0.008 0.050 0.059 0.055 0.084 0.148 27 V 0.063 0.019 0.251 0.005 0.028 0.187 0.010 0.007 0.025 0.102 0.120 0.067 0.116 28 G 0.020 0.016 0.319 0.005 0.032 0.199 0.003 0.004 0.018 0.107 0.194 0.027 0.057 29 F 0.016 0.009 0.199 0.005 0.059 0.382 0.002 0.002 0.007 0.107 0.155 0.019 0.037 30 D 0.014 0.007 0.133 0.007 0.045 0.507 0.001 0.002 0.005 0.102 0.132 0.020 0.024 31 K 0.020 0.008 0.125 0.007 0.041 0.556 0.002 0.001 0.005 0.073 0.110 0.017 0.035 32 M 0.039 0.008 0.103 0.005 0.027 0.651 0.003 0.002 0.006 0.044 0.043 0.020 0.050 33 R 0.064 0.009 0.088 0.011 0.025 0.613 0.005 0.004 0.007 0.036 0.037 0.051 0.050 34 T 0.070 0.007 0.065 0.005 0.023 0.642 0.004 0.002 0.007 0.025 0.037 0.036 0.076 35 L 0.059 0.007 0.051 0.007 0.019 0.711 0.005 0.003 0.006 0.018 0.038 0.017 0.059 36 L 0.068 0.008 0.097 0.018 0.024 0.583 0.005 0.003 0.005 0.042 0.052 0.049 0.045 37 R 0.050 0.009 0.138 0.012 0.025 0.519 0.003 0.001 0.004 0.055 0.068 0.041 0.075 38 S 0.035 0.015 0.214 0.004 0.034 0.370 0.003 0.003 0.004 0.098 0.112 0.031 0.077 39 R 0.016 0.015 0.238 0.008 0.048 0.260 0.002 0.002 0.004 0.144 0.192 0.034 0.038 40 E 0.015 0.016 0.240 0.005 0.072 0.223 0.001 0.002 0.004 0.125 0.230 0.022 0.044 41 S 0.009 0.015 0.153 0.010 0.057 0.133 0.001 0.002 0.005 0.171 0.405 0.020 0.019 42 G 0.008 0.005 0.238 0.018 0.030 0.067 0.001 0.001 0.007 0.189 0.400 0.011 0.027 43 M 0.026 0.022 0.533 0.002 0.014 0.048 0.004 0.003 0.017 0.127 0.034 0.093 0.077 44 T 0.026 0.119 0.403 0.004 0.016 0.059 0.007 0.007 0.036 0.069 0.038 0.036 0.180 45 F 0.043 0.035 0.376 0.008 0.037 0.097 0.006 0.007 0.026 0.098 0.090 0.097 0.080 46 S 0.020 0.016 0.374 0.013 0.046 0.093 0.003 0.003 0.013 0.119 0.188 0.032 0.079 47 Q 0.009 0.021 0.281 0.011 0.052 0.093 0.001 0.001 0.004 0.231 0.233 0.024 0.039 48 G 0.005 0.013 0.393 0.006 0.034 0.115 0.001 0.001 0.003 0.292 0.082 0.030 0.027 49 P 0.004 0.015 0.460 0.005 0.058 0.167 0.001 0.001 0.004 0.114 0.120 0.010 0.041 50 K 0.015 0.033 0.311 0.004 0.080 0.237 0.002 0.002 0.006 0.087 0.143 0.039 0.039 51 L 0.013 0.022 0.208 0.004 0.127 0.356 0.002 0.003 0.008 0.091 0.097 0.010 0.058 52 A 0.018 0.010 0.166 0.009 0.116 0.365 0.002 0.002 0.007 0.085 0.170 0.031 0.019 53 S 0.026 0.018 0.160 0.005 0.096 0.344 0.003 0.003 0.007 0.084 0.187 0.020 0.047 54 C 0.028 0.021 0.234 0.009 0.073 0.317 0.003 0.003 0.011 0.094 0.126 0.021 0.059 55 Q 0.041 0.011 0.201 0.020 0.064 0.312 0.004 0.004 0.013 0.126 0.102 0.054 0.048 56 S 0.069 0.018 0.185 0.011 0.053 0.312 0.008 0.007 0.025 0.072 0.082 0.058 0.100 57 V 0.070 0.022 0.180 0.011 0.051 0.301 0.012 0.011 0.034 0.056 0.067 0.041 0.143 58 I 0.048 0.041 0.241 0.023 0.027 0.235 0.011 0.012 0.040 0.104 0.071 0.086 0.063 59 N 0.016 0.019 0.388 0.009 0.026 0.178 0.004 0.002 0.023 0.118 0.087 0.033 0.097 60 A 0.005 0.008 0.244 0.003 0.063 0.268 0.001 0.001 0.005 0.125 0.239 0.012 0.025 61 S 0.004 0.015 0.236 0.003 0.063 0.206 0.001 0.001 0.004 0.144 0.297 0.012 0.015 62 S 0.004 0.011 0.289 0.002 0.079 0.223 0.001 0.001 0.003 0.176 0.179 0.010 0.024 63 E 0.007 0.011 0.256 0.003 0.060 0.304 0.001 0.001 0.003 0.142 0.178 0.014 0.021 64 K 0.016 0.017 0.250 0.005 0.050 0.324 0.001 0.001 0.003 0.138 0.134 0.025 0.035 65 T 0.025 0.015 0.287 0.005 0.038 0.384 0.001 0.001 0.005 0.092 0.068 0.021 0.058 66 A 0.038 0.012 0.190 0.006 0.029 0.492 0.003 0.002 0.007 0.074 0.067 0.039 0.041 67 W 0.048 0.011 0.120 0.006 0.027 0.587 0.004 0.002 0.008 0.048 0.056 0.018 0.064 68 T 0.069 0.005 0.096 0.012 0.026 0.614 0.006 0.003 0.009 0.042 0.038 0.042 0.039 69 Q 0.079 0.004 0.074 0.008 0.024 0.633 0.008 0.004 0.013 0.030 0.034 0.030 0.059 70 L 0.133 0.005 0.060 0.005 0.022 0.575 0.012 0.006 0.014 0.020 0.032 0.040 0.076 71 V 0.151 0.008 0.073 0.009 0.018 0.520 0.013 0.006 0.015 0.022 0.040 0.053 0.072 72 F 0.125 0.008 0.126 0.009 0.018 0.429 0.010 0.004 0.011 0.043 0.055 0.069 0.094 73 R 0.063 0.009 0.187 0.012 0.020 0.391 0.005 0.002 0.009 0.078 0.081 0.052 0.091 74 K 0.031 0.009 0.161 0.008 0.049 0.438 0.003 0.001 0.004 0.077 0.128 0.024 0.067 75 S 0.023 0.007 0.178 0.014 0.065 0.357 0.002 0.001 0.004 0.109 0.170 0.040 0.029 76 K 0.021 0.009 0.179 0.009 0.077 0.314 0.002 0.001 0.005 0.096 0.193 0.028 0.066 77 M 0.040 0.013 0.229 0.013 0.048 0.314 0.003 0.003 0.007 0.109 0.094 0.047 0.080 78 K 0.058 0.016 0.254 0.016 0.033 0.238 0.005 0.003 0.009 0.097 0.087 0.101 0.083 79 T 0.051 0.016 0.264 0.010 0.027 0.218 0.005 0.003 0.011 0.096 0.099 0.052 0.148 80 Y 0.047 0.017 0.296 0.022 0.024 0.167 0.004 0.004 0.010 0.118 0.096 0.096 0.100 81 T 0.038 0.017 0.311 0.028 0.028 0.117 0.005 0.003 0.009 0.141 0.096 0.052 0.156 82 K 0.047 0.009 0.224 0.065 0.028 0.089 0.007 0.003 0.012 0.198 0.111 0.143 0.064 83 S 0.072 0.010 0.261 0.037 0.018 0.063 0.016 0.007 0.035 0.103 0.074 0.049 0.255 84 V 0.229 0.009 0.201 0.029 0.004 0.028 0.042 0.017 0.063 0.044 0.013 0.191 0.131 85 H 0.340 0.004 0.089 0.027 0.001 0.013 0.077 0.032 0.099 0.022 0.004 0.124 0.168 86 V 0.440 0.003 0.027 0.012 0.001 0.010 0.131 0.074 0.092 0.004 0.001 0.045 0.160 87 I 0.519 0.002 0.014 0.011 0.001 0.008 0.151 0.096 0.060 0.002 0.001 0.089 0.047 88 F 0.471 0.003 0.015 0.009 0.001 0.009 0.154 0.090 0.053 0.002 0.002 0.033 0.156 89 I 0.359 0.003 0.052 0.071 0.004 0.013 0.108 0.062 0.061 0.013 0.006 0.162 0.087 90 A 0.221 0.008 0.130 0.032 0.008 0.014 0.068 0.022 0.068 0.045 0.020 0.091 0.272 91 M 0.096 0.022 0.251 0.021 0.021 0.024 0.021 0.010 0.051 0.118 0.079 0.084 0.201 92 G 0.025 0.026 0.382 0.013 0.032 0.020 0.004 0.002 0.018 0.175 0.153 0.061 0.087 93 E 0.006 0.015 0.238 0.010 0.044 0.027 0.001 0.001 0.004 0.280 0.321 0.018 0.036 94 G 0.004 0.018 0.275 0.005 0.047 0.034 0.001 0.001 0.003 0.266 0.305 0.014 0.029 95 E 0.006 0.022 0.345 0.005 0.058 0.060 0.001 0.001 0.002 0.274 0.176 0.023 0.027 96 D 0.013 0.028 0.367 0.012 0.062 0.078 0.001 0.001 0.004 0.205 0.148 0.012 0.067 97 E 0.022 0.019 0.270 0.017 0.079 0.143 0.002 0.004 0.006 0.196 0.132 0.067 0.044 98 S 0.032 0.031 0.292 0.013 0.063 0.145 0.004 0.009 0.011 0.110 0.145 0.023 0.122 99 V 0.040 0.042 0.312 0.012 0.039 0.139 0.006 0.012 0.016 0.112 0.060 0.122 0.088 100 D 0.029 0.034 0.346 0.029 0.045 0.145 0.004 0.009 0.019 0.090 0.065 0.034 0.150 101 M 0.033 0.021 0.190 0.034 0.084 0.209 0.004 0.003 0.012 0.142 0.136 0.066 0.065 102 N 0.060 0.018 0.237 0.015 0.086 0.145 0.009 0.003 0.021 0.087 0.131 0.065 0.125 103 V 0.059 0.024 0.256 0.008 0.066 0.125 0.009 0.004 0.029 0.131 0.107 0.075 0.108 104 G 0.071 0.025 0.258 0.013 0.035 0.081 0.015 0.002 0.036 0.113 0.117 0.106 0.128 105 I 0.050 0.035 0.385 0.003 0.017 0.058 0.017 0.001 0.037 0.104 0.054 0.098 0.142 106 S 0.011 0.036 0.695 0.001 0.006 0.030 0.007 0.001 0.032 0.016 0.029 0.030 0.106 107 Y 0.001 0.002 0.968 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.011