# TARGET YCL021W-A # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YCL021W-A.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.213 0.059 0.015 0.340 0.013 0.020 0.068 0.050 0.039 0.034 2 V 0.186 0.192 0.045 0.006 0.405 0.005 0.011 0.047 0.024 0.032 0.047 3 L 0.230 0.140 0.049 0.014 0.295 0.011 0.014 0.062 0.035 0.071 0.079 4 T 0.053 0.254 0.128 0.052 0.149 0.050 0.056 0.134 0.055 0.045 0.024 5 D 0.154 0.209 0.118 0.019 0.202 0.007 0.007 0.071 0.045 0.092 0.076 6 A 0.039 0.036 0.012 0.010 0.066 0.009 0.013 0.308 0.379 0.101 0.026 7 E 0.014 0.060 0.031 0.017 0.034 0.016 0.053 0.475 0.247 0.044 0.008 8 E 0.038 0.058 0.018 0.009 0.070 0.013 0.069 0.320 0.164 0.219 0.024 9 L 0.099 0.105 0.029 0.012 0.167 0.018 0.053 0.243 0.101 0.127 0.045 10 R 0.089 0.076 0.050 0.049 0.112 0.036 0.050 0.141 0.109 0.208 0.079 11 S 0.039 0.307 0.233 0.049 0.148 0.013 0.018 0.089 0.049 0.038 0.017 12 P 0.110 0.203 0.073 0.009 0.222 0.008 0.030 0.172 0.090 0.048 0.034 13 V 0.143 0.189 0.048 0.007 0.310 0.011 0.034 0.137 0.056 0.035 0.030 14 I 0.198 0.148 0.033 0.010 0.320 0.012 0.024 0.097 0.038 0.054 0.067 15 T 0.110 0.196 0.092 0.047 0.211 0.031 0.029 0.109 0.068 0.069 0.037 16 S 0.044 0.114 0.081 0.052 0.095 0.039 0.057 0.279 0.152 0.066 0.021 17 D 0.095 0.080 0.034 0.019 0.117 0.014 0.036 0.171 0.133 0.221 0.081 18 M 0.140 0.140 0.034 0.022 0.214 0.015 0.020 0.113 0.112 0.115 0.076 19 S 0.073 0.167 0.062 0.025 0.183 0.026 0.057 0.224 0.101 0.056 0.026 20 F 0.193 0.065 0.019 0.012 0.199 0.012 0.029 0.178 0.104 0.117 0.072 21 F 0.087 0.232 0.071 0.040 0.233 0.034 0.035 0.117 0.061 0.056 0.034 22 D 0.222 0.120 0.053 0.011 0.317 0.007 0.012 0.075 0.042 0.058 0.083 23 L 0.102 0.124 0.050 0.020 0.163 0.019 0.035 0.216 0.147 0.079 0.045 24 E 0.075 0.124 0.054 0.035 0.134 0.036 0.073 0.228 0.123 0.084 0.035 25 S 0.069 0.136 0.055 0.031 0.140 0.038 0.063 0.203 0.129 0.101 0.035 26 N 0.090 0.087 0.046 0.033 0.130 0.027 0.048 0.158 0.116 0.194 0.071 27 H 0.106 0.137 0.080 0.040 0.145 0.024 0.031 0.131 0.099 0.140 0.066 28 S 0.071 0.139 0.088 0.050 0.136 0.034 0.043 0.176 0.111 0.113 0.038 29 S 0.060 0.120 0.054 0.041 0.104 0.038 0.072 0.235 0.135 0.109 0.033 30 D 0.056 0.087 0.055 0.036 0.087 0.029 0.051 0.235 0.119 0.191 0.055 31 S 0.130 0.119 0.032 0.013 0.200 0.014 0.028 0.224 0.099 0.093 0.049 32 V 0.211 0.122 0.025 0.010 0.302 0.009 0.016 0.162 0.061 0.041 0.042 33 H 0.149 0.148 0.039 0.013 0.319 0.010 0.020 0.192 0.053 0.025 0.032 34 L 0.197 0.101 0.028 0.009 0.256 0.012 0.021 0.248 0.056 0.028 0.044 35 L 0.149 0.103 0.042 0.022 0.192 0.022 0.033 0.242 0.065 0.075 0.055 36 C 0.102 0.131 0.056 0.030 0.160 0.016 0.021 0.259 0.112 0.074 0.039 37 E 0.035 0.108 0.051 0.027 0.080 0.023 0.047 0.403 0.164 0.048 0.013 38 K 0.062 0.087 0.032 0.017 0.110 0.026 0.096 0.348 0.114 0.082 0.028 39 Y 0.120 0.092 0.037 0.023 0.183 0.024 0.057 0.199 0.093 0.108 0.065 40 T 0.126 0.110 0.032 0.030 0.172 0.038 0.057 0.168 0.106 0.105 0.058 41 H 0.089 0.156 0.062 0.025 0.228 0.017 0.033 0.137 0.086 0.128 0.040 42 K 0.148 0.110 0.055 0.025 0.172 0.016 0.038 0.093 0.081 0.185 0.077 43 L 0.045 0.437 0.233 0.025 0.192 0.007 0.008 0.021 0.010 0.011 0.011 44 P 0.138 0.326 0.086 0.005 0.326 0.004 0.008 0.036 0.017 0.019 0.036 45 I 0.186 0.171 0.053 0.010 0.291 0.013 0.017 0.103 0.064 0.047 0.046 46 E 0.105 0.147 0.068 0.032 0.186 0.040 0.053 0.200 0.077 0.051 0.041 47 S 0.093 0.179 0.090 0.034 0.172 0.025 0.033 0.163 0.085 0.092 0.036 48 E 0.070 0.087 0.051 0.043 0.102 0.032 0.053 0.257 0.153 0.115 0.036 49 S 0.075 0.152 0.070 0.034 0.148 0.023 0.040 0.191 0.104 0.119 0.044 50 Q 0.139 0.123 0.032 0.019 0.185 0.018 0.032 0.153 0.098 0.124 0.077 51 T 0.130 0.165 0.051 0.022 0.255 0.024 0.037 0.131 0.065 0.073 0.046 52 T 0.212 0.107 0.032 0.018 0.282 0.016 0.028 0.112 0.066 0.063 0.064 53 F 0.157 0.199 0.059 0.022 0.320 0.015 0.016 0.071 0.044 0.049 0.049 54 R 0.170 0.197 0.061 0.011 0.340 0.007 0.016 0.075 0.034 0.038 0.050 55 L 0.146 0.186 0.098 0.025 0.230 0.017 0.022 0.073 0.050 0.093 0.059 56 A 0.048 0.371 0.255 0.038 0.173 0.011 0.013 0.047 0.018 0.013 0.013 57 P 0.086 0.170 0.083 0.022 0.132 0.023 0.037 0.232 0.110 0.066 0.038 58 T 0.055 0.172 0.088 0.023 0.131 0.022 0.040 0.263 0.114 0.069 0.023 59 K 0.086 0.095 0.037 0.016 0.123 0.018 0.033 0.316 0.133 0.098 0.044 60 Q 0.082 0.115 0.040 0.018 0.129 0.020 0.034 0.314 0.119 0.090 0.037 61 R 0.099 0.131 0.040 0.011 0.194 0.012 0.026 0.306 0.089 0.060 0.033 62 L 0.134 0.091 0.026 0.013 0.184 0.017 0.031 0.294 0.096 0.070 0.044 63 Y 0.112 0.138 0.055 0.029 0.183 0.020 0.037 0.244 0.074 0.065 0.043 64 R 0.087 0.144 0.056 0.023 0.158 0.025 0.046 0.274 0.094 0.064 0.031 65 Q 0.109 0.112 0.045 0.027 0.180 0.024 0.038 0.211 0.112 0.092 0.050 66 S 0.081 0.125 0.053 0.036 0.172 0.033 0.059 0.212 0.108 0.086 0.035 67 T 0.157 0.135 0.031 0.012 0.278 0.013 0.028 0.124 0.077 0.097 0.049 68 L 0.165 0.166 0.028 0.008 0.425 0.008 0.016 0.069 0.034 0.042 0.039 69 Y 0.273 0.104 0.033 0.011 0.322 0.009 0.015 0.039 0.029 0.077 0.089 70 V 0.052 0.418 0.221 0.022 0.221 0.007 0.008 0.023 0.009 0.008 0.011 71 P 0.193 0.240 0.066 0.007 0.310 0.006 0.011 0.053 0.028 0.032 0.054 72 L 0.119 0.174 0.072 0.027 0.240 0.030 0.035 0.132 0.083 0.049 0.037 73 S 0.124 0.196 0.088 0.019 0.223 0.016 0.027 0.137 0.062 0.065 0.043 74 L 0.104 0.096 0.034 0.022 0.135 0.020 0.032 0.266 0.142 0.111 0.040 75 K 0.051 0.092 0.044 0.032 0.093 0.037 0.075 0.333 0.134 0.084 0.024 76 Q 0.102 0.128 0.046 0.025 0.179 0.020 0.035 0.230 0.097 0.092 0.047 77 R 0.154 0.112 0.027 0.014 0.279 0.017 0.034 0.205 0.059 0.055 0.043 78 V 0.243 0.105 0.015 0.008 0.396 0.009 0.014 0.102 0.032 0.029 0.048 79 F 0.188 0.126 0.021 0.007 0.448 0.008 0.013 0.104 0.026 0.019 0.039 80 L 0.221 0.121 0.030 0.009 0.311 0.012 0.023 0.146 0.036 0.032 0.057 81 F 0.165 0.128 0.054 0.024 0.217 0.018 0.023 0.170 0.060 0.076 0.066 82 T 0.063 0.158 0.060 0.030 0.142 0.020 0.028 0.302 0.126 0.048 0.025 83 E 0.029 0.071 0.050 0.029 0.057 0.028 0.052 0.461 0.155 0.051 0.017 84 R 0.059 0.062 0.028 0.009 0.083 0.011 0.038 0.454 0.132 0.093 0.031 85 V 0.101 0.068 0.018 0.007 0.118 0.007 0.015 0.387 0.170 0.072 0.037 86 K 0.018 0.061 0.024 0.018 0.045 0.021 0.058 0.543 0.175 0.030 0.008 87 S 0.060 0.056 0.021 0.010 0.095 0.009 0.047 0.479 0.132 0.069 0.024 88 I 0.059 0.049 0.019 0.014 0.080 0.022 0.070 0.463 0.137 0.062 0.023 89 W 0.092 0.062 0.039 0.035 0.108 0.027 0.040 0.277 0.121 0.140 0.058 90 A 0.018 0.148 0.080 0.066 0.058 0.059 0.104 0.309 0.111 0.038 0.008 91 G 0.040 0.060 0.059 0.033 0.056 0.016 0.025 0.118 0.105 0.423 0.063 92 L 0.090 0.245 0.138 0.027 0.194 0.013 0.022 0.111 0.077 0.048 0.035 93 P 0.045 0.187 0.072 0.019 0.133 0.020 0.049 0.238 0.152 0.062 0.023 94 R 0.095 0.130 0.056 0.011 0.174 0.010 0.040 0.159 0.129 0.151 0.045 95 C 0.096 0.228 0.108 0.022 0.184 0.021 0.037 0.088 0.061 0.113 0.042 96 K 0.051 0.312 0.291 0.043 0.144 0.014 0.018 0.053 0.023 0.027 0.024 97 P 0.049 0.129 0.050 0.027 0.091 0.050 0.107 0.249 0.150 0.074 0.025 98 N 0.059 0.080 0.055 0.034 0.096 0.025 0.032 0.184 0.166 0.214 0.055 99 K 0.055 0.102 0.038 0.015 0.105 0.024 0.064 0.300 0.136 0.132 0.030 100 Y 0.153 0.096 0.028 0.009 0.177 0.009 0.023 0.204 0.098 0.134 0.070 101 F 0.104 0.214 0.041 0.014 0.245 0.010 0.015 0.217 0.068 0.040 0.030 102 K 0.136 0.094 0.027 0.009 0.191 0.013 0.030 0.368 0.066 0.034 0.032 103 V 0.153 0.086 0.022 0.012 0.191 0.012 0.020 0.375 0.065 0.029 0.036 104 A 0.116 0.074 0.019 0.015 0.171 0.015 0.025 0.432 0.072 0.026 0.034 105 F 0.085 0.086 0.032 0.014 0.152 0.014 0.017 0.452 0.084 0.038 0.026 106 A 0.078 0.056 0.016 0.008 0.116 0.011 0.025 0.511 0.113 0.040 0.025 107 L 0.061 0.050 0.015 0.012 0.105 0.013 0.031 0.481 0.165 0.044 0.023 108 A 0.045 0.073 0.026 0.014 0.094 0.019 0.068 0.456 0.146 0.042 0.018 109 V 0.080 0.080 0.018 0.007 0.140 0.014 0.079 0.377 0.111 0.068 0.028 110 L 0.110 0.064 0.028 0.019 0.119 0.028 0.056 0.199 0.134 0.184 0.061 111 T 0.023 0.286 0.261 0.045 0.104 0.022 0.038 0.145 0.048 0.020 0.006 112 P 0.068 0.089 0.038 0.008 0.095 0.010 0.039 0.385 0.163 0.075 0.030 113 L 0.052 0.095 0.032 0.009 0.135 0.015 0.051 0.381 0.144 0.066 0.019 114 A 0.125 0.078 0.014 0.005 0.250 0.010 0.035 0.345 0.072 0.036 0.030 115 I 0.203 0.097 0.010 0.006 0.429 0.011 0.021 0.163 0.026 0.015 0.018 116 W 0.223 0.066 0.008 0.008 0.480 0.013 0.024 0.120 0.019 0.012 0.027 117 I 0.336 0.054 0.007 0.004 0.446 0.007 0.012 0.061 0.013 0.011 0.050 118 F 0.164 0.163 0.021 0.010 0.428 0.014 0.032 0.096 0.020 0.019 0.034 119 Y 0.331 0.068 0.014 0.005 0.336 0.010 0.020 0.061 0.023 0.036 0.096 120 I 0.147 0.175 0.048 0.031 0.315 0.040 0.038 0.093 0.048 0.029 0.037 121 D 0.234 0.076 0.027 0.017 0.258 0.019 0.039 0.081 0.058 0.091 0.099 122 F 0.133 0.205 0.055 0.022 0.275 0.016 0.023 0.081 0.077 0.069 0.046 123 R 0.136 0.178 0.062 0.018 0.292 0.016 0.035 0.104 0.060 0.055 0.044 124 V 0.140 0.140 0.050 0.023 0.217 0.031 0.048 0.120 0.078 0.092 0.060 125 H 0.095 0.176 0.104 0.049 0.207 0.030 0.043 0.098 0.061 0.091 0.045