# TARGET YAR031W # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment YAR031W.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.992 2 S 0.059 0.028 0.001 0.001 0.012 0.007 0.893 3 P 0.090 0.069 0.015 0.007 0.270 0.056 0.491 4 Q 0.134 0.007 0.017 0.004 0.214 0.058 0.567 5 Y 0.576 0.009 0.011 0.004 0.122 0.036 0.242 6 H 0.909 0.011 0.003 0.003 0.014 0.012 0.049 7 F 0.943 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.044 8 Y 0.948 0.001 0.001 0.002 0.015 0.004 0.029 9 F 0.940 0.004 0.001 0.001 0.011 0.004 0.039 10 V 0.887 0.004 0.002 0.001 0.019 0.006 0.082 11 S 0.799 0.011 0.003 0.002 0.040 0.011 0.134 12 F 0.636 0.020 0.027 0.016 0.088 0.049 0.164 13 R 0.388 0.014 0.077 0.059 0.204 0.082 0.176 14 N 0.478 0.010 0.085 0.074 0.098 0.079 0.175 15 L 0.526 0.009 0.063 0.085 0.048 0.163 0.105 16 V 0.692 0.022 0.016 0.053 0.053 0.098 0.065 17 L 0.660 0.034 0.005 0.046 0.073 0.031 0.150 18 N 0.288 0.008 0.002 0.025 0.063 0.019 0.596 19 E 0.045 0.007 0.077 0.606 0.058 0.130 0.077 20 K 0.030 0.006 0.078 0.601 0.100 0.137 0.048 21 C 0.037 0.005 0.119 0.604 0.054 0.125 0.057 22 L 0.028 0.014 0.072 0.590 0.077 0.103 0.117 23 R 0.016 0.010 0.047 0.493 0.065 0.290 0.079 24 S 0.006 0.003 0.024 0.260 0.090 0.544 0.072 25 K 0.009 0.005 0.025 0.128 0.221 0.397 0.216 26 K 0.030 0.014 0.028 0.092 0.220 0.066 0.550 27 Q 0.093 0.030 0.077 0.155 0.108 0.104 0.433 28 V 0.107 0.036 0.118 0.152 0.087 0.091 0.409 29 M 0.104 0.023 0.158 0.079 0.125 0.088 0.423 30 K 0.104 0.007 0.163 0.070 0.222 0.224 0.211 31 S 0.146 0.022 0.138 0.061 0.157 0.207 0.268 32 F 0.165 0.036 0.051 0.041 0.206 0.055 0.446 33 N 0.288 0.039 0.028 0.032 0.102 0.065 0.446 34 W 0.252 0.025 0.103 0.103 0.096 0.139 0.282 35 Y 0.271 0.025 0.095 0.095 0.126 0.145 0.243 36 K 0.249 0.028 0.090 0.102 0.137 0.130 0.264 37 T 0.210 0.028 0.038 0.104 0.197 0.111 0.312 38 D 0.176 0.018 0.037 0.094 0.173 0.141 0.361 39 R 0.261 0.032 0.046 0.094 0.181 0.155 0.231 40 Y 0.232 0.034 0.023 0.074 0.181 0.089 0.367 41 F 0.174 0.109 0.012 0.048 0.214 0.043 0.400 42 D 0.050 0.025 0.004 0.025 0.142 0.023 0.732 43 P 0.006 0.005 0.080 0.543 0.082 0.186 0.097 44 H 0.002 0.001 0.088 0.708 0.039 0.140 0.022 45 N 0.003 0.004 0.139 0.643 0.030 0.147 0.034 46 I 0.002 0.003 0.103 0.814 0.013 0.041 0.024 47 L 0.004 0.004 0.123 0.756 0.019 0.067 0.027 48 Q 0.008 0.002 0.154 0.634 0.026 0.152 0.024 49 H 0.007 0.007 0.111 0.599 0.051 0.168 0.057 50 H 0.015 0.014 0.046 0.601 0.089 0.100 0.136 51 S 0.006 0.003 0.057 0.685 0.049 0.109 0.090 52 R 0.005 0.002 0.028 0.833 0.033 0.058 0.040 53 A 0.004 0.002 0.030 0.869 0.013 0.042 0.039 54 I 0.006 0.004 0.009 0.897 0.020 0.037 0.026 55 E 0.009 0.001 0.007 0.891 0.018 0.041 0.033 56 K 0.009 0.001 0.007 0.916 0.016 0.032 0.019 57 T 0.020 0.002 0.008 0.882 0.017 0.041 0.029 58 R 0.046 0.004 0.017 0.817 0.027 0.040 0.050 59 Y 0.047 0.004 0.032 0.780 0.030 0.058 0.049 60 K 0.041 0.006 0.036 0.678 0.039 0.150 0.050 61 L 0.038 0.008 0.030 0.357 0.072 0.410 0.087 62 G 0.040 0.008 0.028 0.077 0.119 0.538 0.190 63 M 0.077 0.017 0.032 0.043 0.204 0.155 0.472 64 Q 0.111 0.039 0.040 0.031 0.267 0.087 0.424 65 T 0.121 0.051 0.029 0.024 0.309 0.051 0.415 66 S 0.067 0.031 0.024 0.015 0.156 0.063 0.644 67 S 0.052 0.024 0.049 0.020 0.150 0.162 0.543 68 E 0.024 0.015 0.104 0.032 0.174 0.464 0.187 69 S 0.019 0.014 0.137 0.036 0.205 0.325 0.264 70 T 0.035 0.021 0.060 0.035 0.464 0.119 0.266 71 D 0.093 0.030 0.039 0.057 0.190 0.140 0.451 72 A 0.152 0.053 0.031 0.059 0.124 0.062 0.520 73 K 0.154 0.091 0.033 0.043 0.088 0.043 0.548 74 S 0.094 0.022 0.151 0.084 0.137 0.157 0.355 75 D 0.055 0.024 0.152 0.079 0.213 0.173 0.304 76 F 0.024 0.036 0.119 0.085 0.179 0.090 0.467 77 L 0.012 0.009 0.096 0.163 0.206 0.203 0.311 78 D 0.010 0.008 0.081 0.126 0.239 0.327 0.209 79 E 0.015 0.017 0.045 0.197 0.320 0.116 0.291 80 P 0.019 0.011 0.065 0.306 0.065 0.169 0.364 81 S 0.051 0.013 0.178 0.289 0.094 0.138 0.237 82 A 0.097 0.012 0.216 0.380 0.075 0.054 0.166 83 Y 0.062 0.016 0.148 0.550 0.046 0.057 0.121 84 L 0.142 0.013 0.065 0.524 0.053 0.068 0.136 85 I 0.162 0.015 0.084 0.424 0.042 0.108 0.164 86 E 0.135 0.007 0.073 0.433 0.078 0.142 0.132 87 K 0.172 0.008 0.053 0.304 0.155 0.133 0.175 88 N 0.193 0.013 0.037 0.083 0.186 0.124 0.364 89 V 0.353 0.009 0.022 0.031 0.110 0.055 0.419 90 A 0.418 0.034 0.015 0.021 0.111 0.042 0.359 91 L 0.286 0.067 0.007 0.025 0.152 0.014 0.450 92 P 0.098 0.014 0.009 0.031 0.036 0.015 0.796 93 K 0.016 0.003 0.260 0.424 0.057 0.173 0.066 94 D 0.018 0.003 0.374 0.317 0.047 0.203 0.039 95 I 0.029 0.006 0.375 0.333 0.049 0.138 0.070 96 F 0.073 0.018 0.114 0.340 0.096 0.172 0.186 97 G 0.033 0.008 0.097 0.357 0.145 0.218 0.141 98 S 0.023 0.006 0.060 0.549 0.119 0.137 0.107 99 Y 0.011 0.002 0.023 0.842 0.027 0.060 0.034 100 L 0.018 0.002 0.006 0.925 0.007 0.021 0.022 101 S 0.018 0.001 0.002 0.944 0.008 0.007 0.020 102 Y 0.015 0.001 0.003 0.961 0.006 0.005 0.010 103 W 0.011 0.001 0.003 0.973 0.002 0.007 0.004 104 I 0.010 0.001 0.004 0.969 0.002 0.009 0.005 105 Y 0.010 0.001 0.007 0.966 0.004 0.008 0.004 106 E 0.016 0.001 0.014 0.942 0.004 0.018 0.005 107 V 0.009 0.001 0.019 0.943 0.003 0.020 0.005 108 T 0.007 0.001 0.021 0.903 0.009 0.050 0.009 109 R 0.004 0.001 0.021 0.798 0.028 0.124 0.025 110 H 0.005 0.002 0.015 0.746 0.061 0.084 0.087 111 K 0.003 0.002 0.010 0.824 0.035 0.064 0.061 112 A 0.001 0.001 0.008 0.936 0.009 0.035 0.011 113 A 0.002 0.001 0.007 0.956 0.008 0.018 0.008 114 V 0.004 0.001 0.007 0.963 0.008 0.011 0.007 115 I 0.004 0.001 0.007 0.968 0.006 0.008 0.007 116 L 0.002 0.001 0.006 0.970 0.004 0.012 0.005 117 L 0.002 0.001 0.006 0.959 0.006 0.022 0.005 118 V 0.001 0.001 0.004 0.951 0.005 0.031 0.007 119 L 0.001 0.001 0.002 0.961 0.009 0.019 0.008 120 I 0.001 0.001 0.001 0.973 0.007 0.011 0.006 121 V 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.009 0.005 122 T 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.008 0.003 123 S 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.003 124 I 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.013 0.002 125 L 0.003 0.001 0.001 0.979 0.003 0.011 0.003 126 L 0.005 0.001 0.002 0.981 0.004 0.005 0.003 127 L 0.006 0.001 0.005 0.979 0.002 0.006 0.003 128 V 0.007 0.001 0.009 0.958 0.002 0.021 0.002 129 F 0.011 0.001 0.010 0.914 0.005 0.055 0.004 130 F 0.018 0.002 0.009 0.784 0.019 0.154 0.015 131 Y 0.024 0.004 0.011 0.511 0.119 0.235 0.097 132 N 0.019 0.005 0.022 0.247 0.206 0.228 0.274 133 T 0.007 0.002 0.091 0.489 0.100 0.257 0.055 134 E 0.010 0.003 0.098 0.480 0.086 0.264 0.059 135 F 0.016 0.004 0.052 0.676 0.068 0.111 0.073 136 C 0.029 0.004 0.015 0.736 0.044 0.038 0.133 137 V 0.021 0.002 0.007 0.913 0.012 0.016 0.028 138 A 0.018 0.001 0.004 0.953 0.005 0.008 0.011 139 F 0.013 0.001 0.004 0.970 0.003 0.004 0.006 140 E 0.014 0.001 0.003 0.972 0.003 0.004 0.004 141 I 0.009 0.001 0.003 0.978 0.002 0.005 0.003 142 L 0.007 0.001 0.003 0.980 0.002 0.006 0.002 143 L 0.007 0.001 0.005 0.973 0.002 0.010 0.002 144 F 0.006 0.001 0.011 0.964 0.003 0.013 0.004 145 S 0.004 0.001 0.018 0.953 0.003 0.019 0.004 146 F 0.003 0.001 0.020 0.925 0.005 0.041 0.005 147 C 0.003 0.001 0.023 0.905 0.008 0.052 0.008 148 F 0.005 0.001 0.014 0.928 0.011 0.029 0.012 149 P 0.003 0.001 0.009 0.960 0.005 0.016 0.006 150 G 0.004 0.001 0.009 0.963 0.003 0.015 0.004 151 T 0.006 0.001 0.009 0.959 0.003 0.019 0.003 152 C 0.012 0.001 0.007 0.958 0.005 0.013 0.005 153 M 0.019 0.001 0.013 0.942 0.004 0.016 0.005 154 V 0.015 0.001 0.022 0.916 0.006 0.033 0.007 155 V 0.024 0.002 0.034 0.871 0.009 0.046 0.013 156 I 0.033 0.003 0.060 0.768 0.023 0.087 0.027 157 A 0.044 0.002 0.069 0.578 0.050 0.210 0.047 158 F 0.053 0.006 0.067 0.435 0.101 0.215 0.123 159 S 0.077 0.023 0.055 0.224 0.153 0.179 0.289 160 E 0.068 0.010 0.072 0.195 0.171 0.156 0.327 161 P 0.070 0.009 0.078 0.198 0.141 0.214 0.290 162 I 0.072 0.021 0.061 0.198 0.158 0.148 0.341 163 G 0.040 0.015 0.034 0.201 0.166 0.142 0.402 164 D 0.025 0.005 0.026 0.300 0.166 0.140 0.337 165 R 0.012 0.002 0.034 0.718 0.067 0.103 0.066 166 E 0.016 0.003 0.021 0.800 0.042 0.068 0.050 167 F 0.037 0.006 0.023 0.818 0.022 0.027 0.066 168 K 0.053 0.003 0.012 0.871 0.011 0.014 0.036 169 V 0.042 0.002 0.006 0.917 0.006 0.010 0.018 170 K 0.023 0.001 0.006 0.941 0.007 0.010 0.012 171 L 0.024 0.001 0.005 0.935 0.007 0.012 0.015 172 L 0.012 0.001 0.008 0.952 0.005 0.010 0.013 173 M 0.017 0.001 0.013 0.929 0.009 0.024 0.008 174 E 0.012 0.001 0.021 0.912 0.009 0.036 0.009 175 I 0.021 0.005 0.017 0.882 0.021 0.033 0.021 176 I 0.046 0.009 0.016 0.767 0.035 0.085 0.041 177 T 0.046 0.005 0.010 0.405 0.125 0.295 0.114 178 R 0.031 0.012 0.008 0.089 0.268 0.157 0.434 179 K 0.027 0.032 0.014 0.027 0.182 0.037 0.681 180 P 0.026 0.025 0.099 0.045 0.183 0.235 0.386 181 A 0.019 0.035 0.129 0.028 0.140 0.318 0.331 182 V 0.013 0.042 0.050 0.018 0.381 0.133 0.363 183 K 0.007 0.011 0.012 0.019 0.297 0.085 0.569 184 G 0.002 0.006 0.053 0.229 0.213 0.300 0.196 185 K 0.002 0.009 0.041 0.357 0.162 0.315 0.113 186 E 0.002 0.008 0.017 0.749 0.079 0.059 0.086 187 W 0.001 0.001 0.004 0.980 0.003 0.006 0.007 188 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 0.003 189 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 191 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 192 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 193 K 0.001 0.001 0.001 0.977 0.002 0.018 0.002 194 M 0.001 0.001 0.001 0.976 0.002 0.018 0.003 195 N 0.001 0.001 0.002 0.961 0.006 0.021 0.009 196 Q 0.001 0.001 0.003 0.969 0.006 0.014 0.007 197 Y 0.001 0.001 0.003 0.970 0.005 0.016 0.005 198 L 0.002 0.001 0.004 0.960 0.006 0.020 0.007 199 F 0.003 0.002 0.010 0.910 0.011 0.045 0.018 200 D 0.003 0.002 0.025 0.796 0.020 0.131 0.023 201 H 0.002 0.001 0.031 0.332 0.034 0.577 0.022 202 G 0.003 0.007 0.025 0.104 0.078 0.704 0.079 203 L 0.011 0.032 0.039 0.037 0.147 0.180 0.553 204 W 0.025 0.052 0.033 0.026 0.224 0.129 0.511 205 D 0.010 0.024 0.020 0.013 0.352 0.236 0.345 206 T 0.009 0.015 0.007 0.011 0.551 0.032 0.376 207 P 0.017 0.007 0.060 0.034 0.214 0.425 0.243 208 Y 0.133 0.042 0.093 0.030 0.119 0.383 0.199 209 Y 0.504 0.088 0.063 0.034 0.076 0.065 0.170 210 F 0.619 0.069 0.013 0.017 0.037 0.039 0.205 211 Y 0.385 0.031 0.004 0.012 0.200 0.046 0.322 212 R 0.101 0.016 0.001 0.008 0.222 0.014 0.638 213 D 0.004 0.001 0.028 0.849 0.051 0.041 0.026 214 E 0.001 0.001 0.022 0.945 0.008 0.022 0.003 215 D 0.001 0.001 0.022 0.959 0.002 0.014 0.002 216 C 0.001 0.001 0.009 0.980 0.001 0.007 0.002 217 H 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.001 218 R 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.011 0.002 219 Y 0.001 0.001 0.003 0.976 0.002 0.017 0.002 220 F 0.001 0.001 0.007 0.963 0.003 0.020 0.005 221 L 0.001 0.001 0.028 0.936 0.004 0.028 0.003 222 S 0.002 0.001 0.036 0.888 0.007 0.063 0.005 223 L 0.003 0.003 0.078 0.768 0.009 0.128 0.012 224 I 0.031 0.025 0.042 0.594 0.057 0.166 0.085 225 K 0.066 0.010 0.063 0.353 0.066 0.269 0.173 226 G 0.074 0.006 0.029 0.218 0.227 0.189 0.257 227 R 0.100 0.019 0.028 0.118 0.188 0.094 0.453 228 T 0.118 0.032 0.032 0.107 0.181 0.057 0.473 229 F 0.102 0.016 0.060 0.096 0.116 0.133 0.476 230 K 0.093 0.011 0.083 0.093 0.133 0.209 0.377 231 K 0.102 0.019 0.095 0.123 0.157 0.164 0.340 232 Q 0.099 0.033 0.074 0.100 0.179 0.115 0.401 233 K 0.094 0.022 0.060 0.069 0.178 0.110 0.466 234 E 0.065 0.020 0.067 0.089 0.219 0.129 0.410 235 S 0.036 0.028 0.073 0.082 0.170 0.107 0.504 236 S 0.022 0.017 0.090 0.101 0.145 0.114 0.510 237 A 0.018 0.009 0.177 0.190 0.117 0.202 0.287 238 S 0.014 0.007 0.180 0.181 0.137 0.287 0.193 239 N 0.018 0.020 0.122 0.197 0.167 0.170 0.307 240 V 0.023 0.022 0.129 0.255 0.113 0.098 0.362 241 K 0.037 0.010 0.121 0.331 0.106 0.259 0.135 242 D 0.046 0.025 0.105 0.293 0.108 0.276 0.145 243 A 0.033 0.026 0.031 0.147 0.223 0.083 0.457 244 Q 0.048 0.032 0.026 0.097 0.185 0.192 0.419 245 S 0.075 0.033 0.028 0.091 0.221 0.213 0.339 246 N 0.052 0.039 0.026 0.068 0.239 0.103 0.473 247 D 0.036 0.018 0.037 0.060 0.162 0.087 0.600 248 E 0.031 0.024 0.081 0.127 0.176 0.306 0.254 249 T 0.018 0.023 0.075 0.145 0.177 0.284 0.278 250 A 0.012 0.005 0.029 0.081 0.362 0.251 0.261 251 G 0.022 0.023 0.019 0.077 0.251 0.179 0.429 252 T 0.032 0.054 0.007 0.067 0.209 0.027 0.605 253 P 0.021 0.017 0.033 0.364 0.114 0.088 0.363 254 N 0.012 0.007 0.086 0.630 0.055 0.110 0.100 255 E 0.012 0.004 0.107 0.688 0.044 0.079 0.066 256 A 0.020 0.006 0.116 0.663 0.039 0.066 0.090 257 A 0.032 0.006 0.095 0.617 0.046 0.109 0.095 258 E 0.035 0.019 0.071 0.528 0.055 0.209 0.084 259 S 0.033 0.012 0.046 0.288 0.201 0.195 0.225 260 S 0.026 0.019 0.048 0.192 0.160 0.296 0.260 261 S 0.021 0.027 0.040 0.103 0.223 0.157 0.430 262 F 0.013 0.011 0.076 0.185 0.247 0.178 0.290 263 S 0.014 0.014 0.095 0.151 0.143 0.280 0.303 264 A 0.013 0.022 0.112 0.218 0.204 0.191 0.241 265 G 0.011 0.006 0.047 0.231 0.131 0.085 0.489 266 P 0.001 0.001 0.118 0.741 0.023 0.092 0.024 267 N 0.001 0.003 0.084 0.778 0.014 0.099 0.022 268 F 0.001 0.001 0.025 0.923 0.011 0.027 0.012 269 I 0.001 0.001 0.004 0.974 0.004 0.008 0.008 270 K 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.007 0.002 271 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 272 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 273 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 274 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 275 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.002 276 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.002 277 E 0.001 0.001 0.001 0.972 0.004 0.017 0.005 278 I 0.001 0.001 0.002 0.964 0.008 0.015 0.010 279 E 0.001 0.001 0.003 0.953 0.006 0.026 0.010 280 Q 0.001 0.001 0.005 0.907 0.007 0.070 0.009 281 Q 0.003 0.001 0.007 0.842 0.018 0.108 0.023 282 F 0.004 0.003 0.010 0.812 0.031 0.078 0.063 283 Q 0.003 0.003 0.017 0.803 0.033 0.039 0.102 284 K 0.004 0.001 0.016 0.886 0.018 0.033 0.041 285 E 0.003 0.001 0.014 0.900 0.012 0.046 0.025 286 Y 0.001 0.001 0.010 0.929 0.011 0.033 0.015 287 W 0.003 0.001 0.012 0.932 0.010 0.024 0.019 288 R 0.002 0.001 0.027 0.928 0.008 0.022 0.011 289 Q 0.002 0.001 0.020 0.915 0.008 0.047 0.007 290 E 0.001 0.001 0.019 0.842 0.021 0.100 0.017 291 Y 0.003 0.008 0.021 0.208 0.175 0.077 0.509 292 P 0.001 0.002 0.155 0.211 0.052 0.500 0.079 293 G 0.001 0.001 0.125 0.107 0.053 0.667 0.046 294 V 0.005 0.006 0.214 0.201 0.124 0.119 0.331 295 D 0.023 0.009 0.184 0.219 0.110 0.197 0.259 296 E 0.057 0.010 0.200 0.164 0.123 0.254 0.192 297 F 0.051 0.060 0.135 0.137 0.014 0.183 0.420 298 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.991